[日本語] English
万見
- EMDB-48399: Cryo-EM structure of CRAF/MEK1 complex (kinase domain) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48399
タイトルCryo-EM structure of CRAF/MEK1 complex (kinase domain)
マップデータ
試料
  • 複合体: CRAF/MEK1 complex
    • 複合体: CRAF
      • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • 複合体: MEK1
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide
キーワードCRAF-MEK1-14-3-3 complex / MAPK pathway / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / placenta blood vessel development / positive regulation of muscle contraction ...death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / intermediate filament cytoskeleton organization / mitogen-activated protein kinase kinase / placenta blood vessel development / positive regulation of muscle contraction / Golgi inheritance / MAP-kinase scaffold activity / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / regulation of Rho protein signal transduction / melanosome transport / type B pancreatic cell proliferation / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / vesicle transport along microtubule / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / central nervous system neuron differentiation / triglyceride homeostasis / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / face development / pseudopodium / endodermal cell differentiation / MAP kinase kinase activity / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / protein kinase activator activity / type II interferon-mediated signaling pathway / Schwann cell development / response to axon injury / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / keratinocyte differentiation / neuron projection morphogenesis / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of autophagy / CD209 (DC-SIGN) signaling / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to glucocorticoid / thymus development / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / adenylate cyclase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / Signal transduction by L1 / cell motility / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / wound healing / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / small GTPase binding / Stimuli-sensing channels / neuron differentiation / chemotaxis / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / late endosome / MAPK cascade / heart development / response to oxidative stress / protein tyrosine kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jang DM / Jeon H / Eck MJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA242461-06 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of CRAF/MEK1/14-3-3 complexes in autoinhibited and open-monomer states reveal features of RAF regulation.
著者: Dong Man Jang / Kayla Boxer / Byung Hak Ha / Emre Tkacik / Talya Levitz / Shaun Rawson / Rebecca J Metivier / Anna Schmoker / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: CRAF (RAF1) is one of three RAF-family kinases that initiate MAP kinase signaling in response to activated RAS and is essential for oncogenic signaling from mutant KRAS. Like BRAF, CRAF is regulated ...CRAF (RAF1) is one of three RAF-family kinases that initiate MAP kinase signaling in response to activated RAS and is essential for oncogenic signaling from mutant KRAS. Like BRAF, CRAF is regulated by 14-3-3 engagement and by intramolecular autoinhibitory interactions of its N-terminal regulatory region. Unlike BRAF, it is thought to require tyrosine phosphorylation in its N-terminal acidic (NtA) motif for full catalytic activation. Here we describe cryo-EM reconstructions of full-length CRAF in complex with MEK1 and a 14-3-3 dimer. These structures reveal a fully autoinhibited conformation analogous to that observed for BRAF and two "open monomer" states in which the inhibitory interactions of the CRD and 14-3-3 dimer are released or rearranged, but the kinase domain remains inactive. Structure-function studies of the NtA motif indicate that phosphorylation or acidic mutations in this segment increase catalytic activity by destabilizing the inactive conformation of the kinase domain. Collectively, these studies provide a structural foundation for understanding the shared and unique regulatory features of CRAF and will inform efforts to selectively block CRAF signaling in cancer.
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48399.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.1127752 - 0.23623155
平均 (標準偏差)0.00000980028 (±0.0032793186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 262.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48399_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48399_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48399_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : CRAF/MEK1 complex

全体名称: CRAF/MEK1 complex
要素
  • 複合体: CRAF/MEK1 complex
    • 複合体: CRAF
      • タンパク質・ペプチド: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
    • 複合体: MEK1
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide

-
超分子 #1: CRAF/MEK1 complex

超分子名称: CRAF/MEK1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55 KDa

-
超分子 #2: CRAF

超分子名称: CRAF / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: MEK1

超分子名称: MEK1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

分子名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.977781 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMEHIQGAW KTISNGFGFK DAVFDGSSCI SPTIVQQFGY QRRASDDGKL TDPSKTSNTI RVFLPNKQR TVVNVRNGMS LHDCLMKALK VRGLQPECCA VFRLLHEHKG KKARLDWNTD AASLIGEELQ VDFLDHVPLT T HNFARKTF ...文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMEHIQGAW KTISNGFGFK DAVFDGSSCI SPTIVQQFGY QRRASDDGKL TDPSKTSNTI RVFLPNKQR TVVNVRNGMS LHDCLMKALK VRGLQPECCA VFRLLHEHKG KKARLDWNTD AASLIGEELQ VDFLDHVPLT T HNFARKTF LKLAFCDICR KFLLNGFRCQ TCGYKFHEHC STKVPTMCVD WSNIRQLLLF PNSTIGDSGV PALPSLTMRR MR ESVSRMP VSSQHRYSTP HAFTFNTSSP SSEGSLSQRQ RSTSTPNVHM VSTTLPVDSR MIEDAIRSHS ESASPSALSS SPN NLSPTG WSQPKTPVPA QRERAPVSGT QEKNKIRPRG QRDSSYYWEI EASEVMLSTR IGSGSFGTVY KGKWHGDVAV KILK VVDPT PEQFQAFRNE VAVLRKTRHV NILLFMGYMT KDNLAIVTQW CEGSSLYKHL HVQETKFQMF QLIDIARQTA QGMDY LHAK NIIHRDMKSN NIFLHEGLTV KIGDFGLATV KSRWSGSQQV EQPTGSVLWM APEVIRMQDN NPFSFQSDVY SYGIVL YEL MTGELPYSHI NNRDQIIFMV GRGYASPDLS KLYKNCPKAM KRLVAECVKK VKEERPLFPQ ILSSIELLQH SLPKINR SA SEPSLHRAAH TEDINACTLT TSPRLPVFVP AWSHPQFEK

UniProtKB: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

-
分子 #2: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.934543 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMPKKKPTP IQLNPAPDGS AVNGTSSAET NLEALQKKLE ELELDEQQRK RLEAFLTQKQ KVGELKDDD FEKISELGAG NGGVVFKVSH KPSGLVMARK LIHLEIKPAI RNQIIRELQV LHECNSPYIV GFYGAFYSDG E ISICMEHM ...文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMPKKKPTP IQLNPAPDGS AVNGTSSAET NLEALQKKLE ELELDEQQRK RLEAFLTQKQ KVGELKDDD FEKISELGAG NGGVVFKVSH KPSGLVMARK LIHLEIKPAI RNQIIRELQV LHECNSPYIV GFYGAFYSDG E ISICMEHM DGGSLDQVLK KAGRIPEQIL GKVSIAVIKG LTYLREKHKI MHRDVKPSNI LVNSRGEIKL CDFGVSGQLI DA MANAFVG TRSYMSPERL QGTHYSVQSD IWSMGLSLVE MAVGRYPIPP PDAKELELMF GCQVEGDAAE TPPRPRTPGR PLS SYGMDS RPPMAIFELL DYIVNEPPPK LPSGVFSLEF QDFVNKCLIK NPAERADLKQ LMVHAFIKRS DAEEVDFAGW LCST IGLNQ PSTPTHAAGV

UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

-
分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #5: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a...

分子名称: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LCJ
分子量理論値: 456.21 Da
Chemical component information

ChemComp-LCJ:
5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 2 uM ATPgS, 1 uM GDC0623
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9198 / 平均電子線量: 53.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9ay7

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: The final resolution was calculated without a mask / 使用した粒子像数: 168600
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction in CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: NU-refinement in CryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9mmq:
Cryo-EM structure of CRAF/MEK1 complex (kinase domain)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る