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- EMDB-48373: Xenorhabdus nematophilus XptA2 RBD C Chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48373
タイトルXenorhabdus nematophilus XptA2 RBD C Chimera
マップデータXenorhabdus nematophilus XptA2 RBD C Chimera
試料
  • 複合体: XptA2 RBD C Chimera
    • タンパク質・ペプチド: A component of insecticidal toxin complex (Tc)
キーワードTcA / Pore Forming Toxin / TOXIN
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Aller SG / Martin CL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL128203 米国
引用ジャーナル: BioTech (Basel) / 年: 2025
タイトル: Evaluating TcAs for Use in Biotechnology Applications.
著者: Cole L Martin / John H Hill / Brian D Wright / Solana R Fernandez / Aubrey L Miller / Karina J Yoon / Suzanne E Lapi / Stephen G Aller /
要旨: ABC toxin complexes (Tcs) are tripartite complexes that come together to form nano-syringe-like translocation systems. ABC Tcs are often compared with (Bt) toxins, and as such, they have been highly ...ABC toxin complexes (Tcs) are tripartite complexes that come together to form nano-syringe-like translocation systems. ABC Tcs are often compared with (Bt) toxins, and as such, they have been highly studied as a potential novel pesticide to combat growing insect resistance. Moreover, it is possible to substitute the cytotoxic hypervariable region with alternative peptides, which promise potential use as a novel peptide delivery system. These toxins possess the unique ability to form active chimeric holotoxins across species and display the capability to translocate a variety of payloads across membrane bilayers. Additionally, mutagenesis on the linker region and the receptor binding domains (RBDs) show that mutations do not inherently cause a loss of functionality for translocation. For these reasons, Tcs have emerged as an ideal candidate for targeted protein engineering. However, elucidation of the specific function of each RBD in relation to target receptor recognition currently limits the use of a rational design approach with any ABC Tc. Additionally, there is a distinct lack of targeting and biodistribution data for many Tcs among mammals and mammalian cell lines. Here, we outline two separate strategies for modifying the targeting capabilities of the A subunit (TcA) from , Xn-XptA2. We identify novel structural differences that make Xn-XptA2 different than other characterized TcAs and display the modular capabilities of substituting RBDs from alternative TcAs into the Xn-XptA2 scaffold. Finally, we show the first, to our knowledge, biodistribution data of any TcA in mice.
履歴
登録2024年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Xenorhabdus nematophilus XptA2 RBD C Chimera
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 485.46 Å		1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 485.46 Å		1.35 Å/pix.
x 360 pix.
= 485.46 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3485 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0894
最小 - 最大-0.40406588 - 0.96236914
平均 (標準偏差)0.00030195492 (±0.03186316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 485.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_48373_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_48373_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : XptA2 RBD C Chimera

全体名称: XptA2 RBD C Chimera
要素
  • 複合体: XptA2 RBD C Chimera
    • タンパク質・ペプチド: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

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超分子 #1: XptA2 RBD C Chimera

超分子名称: XptA2 RBD C Chimera / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)

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分子 #1: A component of insecticidal toxin complex (Tc)

分子名称: A component of insecticidal toxin complex (Tc) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
分子量理論値: 285.458281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYSTAVLLNK ISPTRDGQTM TLADLQYLSF SELRKIFDDQ LSWGEARHLY HETIEQKKNN RLLEARIFTR ANPQLSGAIR LGIERDSVS RSYDEMFGAR SSSFVKPGSV ASMFSPAGYL TELYREAKDL HFSSSAYHLD NRRPDLADLT LSQSNMDTEI S TLTLSNEL ...文字列:
MYSTAVLLNK ISPTRDGQTM TLADLQYLSF SELRKIFDDQ LSWGEARHLY HETIEQKKNN RLLEARIFTR ANPQLSGAIR LGIERDSVS RSYDEMFGAR SSSFVKPGSV ASMFSPAGYL TELYREAKDL HFSSSAYHLD NRRPDLADLT LSQSNMDTEI S TLTLSNEL LLEHITRKTG GDSDALMESL STYRQAIDTP YHQPYETIRQ VIMTHDSTLS ALSRNPEVMG QAEGASLLAI LA NISPELY NILTEEITEK NADALFAQNF SENITPENFA SQSWIAKYYG LELSEVQKYL GMLQNGYSDS TSAYVDNIST GLV VNNESK LEAYKITRVK TDDYDKNINY FDLMYEGNNQ FFIRANFKVS REFGATLRKN AGPSGIVGSL SGPLIANTNF KSNY LSNIS DSEYKNGVKI YAYRYTSSTS ATNQGGGIFT FESYPLTIFA LKLNKAIRLC LTSGLSPNEL QTIVRSDNAQ GIIND SVLT KVFYTLFYSH RYALSFDDAQ VLNGSVINQY ADDDSVSHFN RLFNTPPLKG KIFEADGNTV SIDPDEEQST FARSAL MRG LGVNSGELYQ LGKLAGVLDA QNTITLSVFV ISSLYRLTLL ARVHQLTVNE LCMLYGLSPF NGKTTASLSS GELPRLV IW LYQVTQWLTE AEITTEAIWL LCTPEFSGNI SPEISNLLNN LRPSISEDMA QSHNRELQAE ILAPFIAATL HLASPDMA R YILLWTDNLR PGGLDIAGFM TLVLKESLNA NETTQLVQFC HVMAQLSLSV QTLRLSEAEL SVLVISGFAV LGAKNQPAG QHNIDTLFSL YRFHQWINGL GNPGSDTLDM LRQQTLTADR LASVMGLDIS MVTQAMVSAG VNQLQCWQDI NTVLQWIDVA SALHTMPSV IRTLVNIRYV TALNKAESNL PSWDEWQTLA ENMEAGLSTQ QAQTLADYTA ERLSSVLCNW FLANIQPEGV S LHSRDDLY SYFLIDNQVS SAIKTTRLAE AIAGIQLYIN RALNRIEPNA RADVSTRQFF TDWTVNNRYS TWGGVSRLVY YP ENYIDPT QRIGQTRMMD ELLENISQSK LSRDTVEDAF KTYLTRFETV ADLKVVSAYH DNVNSNTGLT WFVGQTRENL PEY YWRNVD ISRMQAGELA ANAWKEWTKI DTAVNPYKDA IRPVIFRERL HLIWVEKEEV AKNGTDPVET YDRFTLKLAF LRHD GSWSA PWSYDITTQV EAVTDKKPDT ERLALAASGF QGEDTLLVFV YKTGKSYSDF GGSNKNVAGM TIYGDGSFKK MENTA LSRY SQLKNTFDII HTQGNDLVRK ASYRFAQDFE VPASLNMGSA IGDDSLTVME NGNIPQITSK YSSDNLAITL HNAAFT VRY DGSGNVIRNK QISAMKLTGV DGKSQYGNAF IIANTVKHYG GYSDLGGPIT VYNKTKNYIA SVQGHLMNAD YTRRLIL TP VENNYYARLF EFPFSPNTIL NTVFTVGSNK TSDFKKCSYA VDGNNSQGFQ IFSSYQSSGW LDIDTGINNT DIKITVMA G SKTHTFTASD HIASLPANSF DAMPYTFKPL EIDASSLAFT NNIAPLDIVF ETKAKDGRVL GKIKQTLSVK RVNYNPEDI LFLRETHSGA QYMQLGVYRI RLNTLLASQL VSRANTGIDT ILTMETQRLP EPPLGEGFYA TFVIPPYNLS THGDERWFKL YIKHVVDNN SHIIYSGQLT DTNINITLFI PLDDVPLNQD YHAKVYMTFK KSPSDGTWWG PHFVRDDKGI VTINPKSILT H FESVNVLN NYSAPMDFNS ASALYYWELF YYTPMMCFQR LLQEKQFDEA TQWINYVYNP AGYIVNGEIA PWIWNCRPLE ET TSWNANP LDAIDPDAVA QNDPMHYKIA TFMRLLDQLI LRGDMAYREL TRDALNEAKM WYVRTLELLG DEPEDYGSQQ WAA PSLSGA ASQTVQAAYQ QDLTMLGRGG VSKNLRTANS LVGLFLPEYN PALTDYWQTL RLRLFNLRHN LSIDGQPLSL AIYA EPTDP KALLTSMVQA SQGGSAVLPG TLSLYRFPVM LERTRNLVAQ LTQFGTSLLS MAEHDDADEL TTLLLQQGME LATQS IRIQ QRTVDEVDAD IAVLAESRRS AQNRLEKYQQ LYDEDINHGE QRAMSLLDAA AGQSLAGQVL SIAEGVADLV PNVFGL ACG GSRWGAALRA SASVMSLSAT ASQYSADKIS RSEAYRRRRQ EWEIQRDNAD GEVKQMDAQL ESLKIRREAA QMQVEYQ ET QQAHTQAQLE LLQRKFTNKA LYSWMRGKLS AIYYQFFDLT QSFCLMAQEA LRRELTDNGV TFIRGGAWNG TTAGLMAG E TLLLNLAEME KVWLERDERA LEVTRTVSLA QFYQALSSDN FNLTEKLTQF LREGKGNVGA SGNELKLSNR QIEASVRLS DLKIFSDYPE SLGNTRQLKQ VSVTLPALVG PYEDIRAVLN YGGSIVMPRG CSAIALSHGV NDSGQFMLDF NDSRYLPFEG ISVNDSGSL TLSFPDATDR QKALLESLSD IILHIRYTIR SENLYFQGDY KDDDDKLEHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77025
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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