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- EMDB-48345: A7M08 Fab bound to HPV16 L1 pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48345
タイトルA7M08 Fab bound to HPV16 L1 pentamer
マップデータHalf map A
試料
  • 複合体: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • タンパク質・ペプチド: A7M08 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: A7M08 Light Chain
キーワードHPV / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Major capsid protein L1
機能・相同性情報
生物種Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hurlburt NK / Singh S / Rodarte JV / Pancera M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Human monoclonal antibodies to HPV16 show evidence for common developmental pathways and public epitopes.
著者: Joseph J Carter / Nicholas K Hurlburt / Erin M Scherer / Suruchi Singh / Justas V Rodarte / Robin A Smith / Peter Lewis / Rachel Kinzelman / Jacqueline Kieltyka / Madelyn E Cabãn / Gregory C ...著者: Joseph J Carter / Nicholas K Hurlburt / Erin M Scherer / Suruchi Singh / Justas V Rodarte / Robin A Smith / Peter Lewis / Rachel Kinzelman / Jacqueline Kieltyka / Madelyn E Cabãn / Gregory C Wipf / Marie Pancera / Denise A Galloway /
要旨: Antibodies to human papillomavirus (HPV) primarily recognize surface exposed residues on five loops of the major capsid protein (L1) that vary significantly among HPV types. We determined which loops ...Antibodies to human papillomavirus (HPV) primarily recognize surface exposed residues on five loops of the major capsid protein (L1) that vary significantly among HPV types. We determined which loops were required for neutralization for 68 HPV16 specific human monoclonal antibodies (mAbs) cloned from participants who received an HPV vaccine and describe molecular features of those antibodies. Chimeric HPV16 pseudovirus (cpsV), each having one surface loop bearing multiple amino acid substitutions, were used to determine neutralization specificity. The HPV16-FG-loop was the loop most frequently required for neutralization (42 of 68, 61.8%), however, all surface loops were required for neutralization by multiple mAbs: HI (13, 19.1%), DE (15, 22.1%), EF (five, 7.4%), BC (four, 5.9%). Antibodies that required multiple loops were common (17, 25.0%). Three mAbs (4.4%) required sequences on the c-terminus of L1 and for another three mAbs the neutralization specificity could not be determined. Two types of mAbs appeared to be overrepresented: ten mAbs used immunoglobin heavy chain variable region 2-70 (IGHV2-70) with immunoglobin light chain variable region 1-40 (IGLV1-40), having characteristic mutations in complementarity determining region two (CDRL2) of the light chain. Cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) revealed that two of these antibodies bound five Fabs per capsomer interacting with all five L1-surface loops. The other type of mAbs that appeared to be overrepresented were nine mAbs using IGHV4-34, six of which also used DH3-16*02 with conserved CDRH3 sequences. Cryo-EM for one of these mAbs, that required the FG-loop for neutralization, was shown to bind one Fab per capsomer at the apex, interacting with the DE- and FG-loops, with sequences of the Fab CDRH3 inserted between the DE- and FG-loops from two L1 proteins. These two types of mAbs were found in the four participants suggesting that these antibodies shared developmental pathways and bound to similar immunodominant epitopes on the virus.
履歴
登録2024年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48345.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.04 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.04 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-5.365578 - 10.688936
平均 (標準偏差)-0.0018994574 (±0.24611856)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 359.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48345_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48345_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab

全体名称: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab
要素
  • 複合体: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • タンパク質・ペプチド: A7M08 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: A7M08 Light Chain

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超分子 #1: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab

超分子名称: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 280 KDa

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分子 #1: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 47.478469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AVVSTDEYVA RTNIYYHAGT SRLLAVGHPY FPIKKPNNNK ILVPKVSGLQ YRVFRIHLPD PNKFGFPDTS FYNPDTQRLV WACVGVEVG RGQPLGVGIS GHPLLNKLDD TENASAYAAN AGVDNRECIS MDYKQTQLCL IGCKPPIGEH WGKGSPCTNV A VNPGDCPP ...文字列:
AVVSTDEYVA RTNIYYHAGT SRLLAVGHPY FPIKKPNNNK ILVPKVSGLQ YRVFRIHLPD PNKFGFPDTS FYNPDTQRLV WACVGVEVG RGQPLGVGIS GHPLLNKLDD TENASAYAAN AGVDNRECIS MDYKQTQLCL IGCKPPIGEH WGKGSPCTNV A VNPGDCPP LELINTVIQD GDMVDTGFGA MDFTTLQANK SEVPLDICTS ICKYPDYIKM VSEPYGDSLF FYLRREQMFV RH LFNRAGT VGENVPDDLY IKGSGSTANL ASSNYFPTPS GSMVTSDAQI FNKPYWLQRA QGHNNGICWG NQLFVTVVDT TRS TNMSLC AAISTSETTY KNTNFKEYLR HGEEYDLQFI FQLCKITLTA DVMTYIHSMN STILEDWNGG SGGEDPLKKY TFWE VNLKE KFSADLDQFP LGRKFLLQAG L

UniProtKB: Major capsid protein L1

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分子 #2: A7M08 Heavy Chain

分子名称: A7M08 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.682852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVTLRESGPA LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TNGMCVSWIR QPPGKALEWL ALIDWDDDKY YSTSLKTRLT ISKNTSKNQV VLTMTNMDP VDTATYYCAR TYYNSNWSHW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVTLRESGPA LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TNGMCVSWIR QPPGKALEWL ALIDWDDDKY YSTSLKTRLT ISKNTSKNQV VLTMTNMDP VDTATYYCAR TYYNSNWSHW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCDK THHHHHH

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分子 #3: A7M08 Light Chain

分子名称: A7M08 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.004457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI FTYSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLRI WVFGGGTKLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI FTYSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLRI WVFGGGTKLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHRSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 36000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2r5h

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 301713
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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