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万見
- EMDB-48280: cryo-EM structure of full-length and internally HIS-tagged yeast ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48280
タイトルcryo-EM structure of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture
マップデータcryo-EM sharpened map of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture.
試料
  • 複合体: yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
キーワードcell cycle / stress response / solenoid / E3 ubiquitin ligase / RNA / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Madrigal JA / Schubert HL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM064649 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tom1p ubiquitin ligase structure, interaction with Spt6p, and function in maintaining normal transcript levels and the stability of chromatin in promoters
著者: Madrigal JA / Schubert HL / Sdano MA / McCullough L / Connell Z / Formosa TG / Hill CP
履歴
登録2024年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48280.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM sharpened map of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å		1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å		1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.3385649 - 2.0940485
平均 (標準偏差)0.00067460607 (±0.047058415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 387.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48280_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM unsharpened map of full-length and internally HIS-tagged...

ファイルemd_48280_additional_1.map
注釈cryo-EM unsharpened map of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryo-EM half-map A of full-length and internally HIS-tagged...

ファイルemd_48280_half_map_1.map
注釈cryo-EM half-map A of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryo-EM half-map B of full-length and internally HIS-tagged...

ファイルemd_48280_half_map_2.map
注釈cryo-EM half-map B of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in a closed-conformation state with helical repeat solenoid architecture.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p

全体名称: yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
要素
  • 複合体: yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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超分子 #1: yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p

超分子名称: yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
分子量理論値: 377 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Internal tag insertion between 1074-1075 of the native sequence: SGGGGGGSRHHHHHHHHHHHH
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
分子量理論値: 376.741594 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: VLFTRCEKAR KEKLAAGYKP LVDYLIDCDT PTFLERIEAI QEWDRSRDDL YVWIPILDRM DGLLLKVAEK YKYKQDPKKE CEVKLVEME AHDVDYCLKM LKFTRRLLLN TENRFVYSSG DVLMYLLNCP NFTIKLAVMR ILAILGERFV IAREKIVAHN I FGDHNLRK ...文字列:
VLFTRCEKAR KEKLAAGYKP LVDYLIDCDT PTFLERIEAI QEWDRSRDDL YVWIPILDRM DGLLLKVAEK YKYKQDPKKE CEVKLVEME AHDVDYCLKM LKFTRRLLLN TENRFVYSSG DVLMYLLNCP NFTIKLAVMR ILAILGERFV IAREKIVAHN I FGDHNLRK KTLKLALSLS SSVMDEDGEH FSLVDLYFDK KKVPQKWRKL RFTHYTSNDF KKSSQQKNNI NETQTSIKKV TM TTQELCE HSLQQIFDKG MALLPAESWF DFSIKASVAK AFSDDSGENI DLRNIIIETK LNAIAFVNTI FSPPQVSSKL FEL DPYAFN SLTDLISLSE TKIPKELRTD ALFTLECISL KHVWCSDIIR NLGGNISHGL LFQILRYIAK TLREATDEID EEYN VRFFY LISNLADVKP LHESLFAAGL IPTLLEIVSI RNCPYKRTLA SATHLLETFI DNSETTTEFI ENDGFTMLIT SVANE IDFT LAHPETWQPP KYSVVYYSIS FRELAYIRSL LKLVLKLLST DSGDRIRNLI DSPILVSLKK ILENKLVFGL TLITYT LDV VQKVINSEPT IYPVLVEAGL IPYVIDNFPK LIGPSAELLS LLPDVVSAIC LNPEGLKQVK EKGLINNLFD FLLDADH AR ILTGGDRSTE YGTDIDELAR HYPDLKANIV EALCNVIRKM PSTFRNEREF LFTSPKDQKY FFHRKNEEIL TDKEEHEP A YWELLDKGTM LDTFTSVLFG MSLGNGSFSQ VPQHLEARDF LAIIFMENPP YEYFTSVAIS NVTEVLQYLD EKYEDYAFM DVMKVLNDQL ENLNDFLNSP NDRSFFLERD GENSVRSCHS KLCRLAAILN IVTNVYIDLT TLSCKRIMQI YSYFDKRGFS LIKNLKLLF QKCALEEMYI RQHMPDSVIT ETMPLPIVDV SGDGPPLQIY IDDPKKGDQK GKITSVKTRN TLQMRTILYT L QSNTAILF RCFLRLSHSR NMDLEHKDLT TEVHIFENVV ENVIEMLKAT ELEGHLPYIL VLLNFNTFVF TIPKASPNST EI LQTIPAY IFYQKGGYLL YLHIIRDLFT RMTKIKSGGG GGGSRHHHHH HHHHHHHLSS LDNINYIDES NGILTLSCLI NAL TFYNKS MQTETMENVQ SIGKYYVSID DDYNIMKALT VPIKVMALAM ILDLDKSDSL FKTQSRNVPY SVFKQLLSML KNIF TNVNI YTKELYELHW DLIFPPIKKI SLFEQVGIPG DVAANYLTDT GDDLPADNSI GLFSPEQWEK YKKLIGEDKS IYYPQ PMQA QYYKGCSSKE LDELRDTFFN DGLPSRIFTV LPFYPKLVNA FAKTLLQIFT KYDEPTEVFA GRILDRILET DLDDPA TLS SLIHLFGIFL NEKYIYQKAS HLMQRFIEYL EKSLKPEHVN TPWFSKALYV YEIILAKSEL PHLEELSKDV LLRYPLL SM AKVFRIPDPM KQKLFDILIR VSDISNFYSA LATSRILIFY SRDELYANNI ARSGILSRLL KVIGSFQKLD KINFLESS F LLLTRRCFET TENVDALIRA EINRSFTARP LGGGDDAVRE LTTILEEKAH VVMRSPSQFI DVLCETARFH EFDDQGALV DYSLKRFLGE RDKNTQASST EKSDIYERTG IMHLLLSQLM AASEKDWLSE PANSSDLPEN KKAQLDPSRN PVCAYMIFLL KLLVELVSS YNQCKFEFLT FSRRNTYAER PRPRTTAINF FLYRLLDKPV GTDHDKHEAK RREVIGMLAR SVIIGFLATV Q DDRTTKTD VKLADPHMNF IRKFAIEAII KAIRNATSSS KLLESNHLKL DMWFRIITSM VYVQAPYLRQ LLDSNKVEAD QY QLCKLVI DLGLPSVITE AMASIDLNYP FSKKIFNVAV EALNTISSTR NNFSEHFKIE DHDEVEDEVD ESDKEEIPDM FKN SALGMY DVEDIEEDDD DDTSLIGDDD AMAFVDSDNG FEVVFSDEDD DMGEEDADDA RSDSEENELS SEMQSSTADG TDVD YEVDD ADGLIINIDQ PSGDDEEMAD YDANISHSSH SENEDDASMD VIEVYDDELS SGYDVDLSDY DVDESDWDSG LSSLS ISDE DSESSEDEPI NSTRMGDSRR RWLIAEGVEL TDDSQGESEE DDRGVFRGIE HIFSNENEPL FRVHDEMRHR NHHRSI NRT HFHSAMSAPS LSLLNRGRRN QSNLINPLGP TGLEQVENDI SDQVTVAGSG SRPRSHHLHF SEVLVSGSFF DEPVLDG II LKSTVSRWKD IFDMFYDSKT YANCIIPTVI NRLYKVSLAL QKDLENKREQ EKLKNKNLLF NEAKVESHNS SDAISVEQ D DIQESNVTHD DHEPVYVTIQ GSEVDIGGTD IDPEFMNALP DDIRADVFAQ HVRERRAEAR LNSDHNVHSR EIDSDFLEA IPEDIREGIL DTEAEEQRMF GRIGSSADVI RADDDVSNND EEVENGLDHG NSNDRNNADP EKKKPARIYF APLIDRAGIA SLMKSVFIS KPYIQREIYH ELFYRLCSSK QNRNDLMNTF LFILSEGIID QHSLEKVYNI ISSRAMGHAK TTTVRQLPSD C TPLTVANQ TIEILQSLID ADSRLKYFLI AEHDNLIVNK ANNKSRKEAL PDKKLRWPLW HLFSLLDRKL ITDESVLMDL LT RILQVCT KTLAVLSTSS NGKENLSKKF HLPSFDEDDL MKILSIIMLD SCTTRVFQQT LNIIYNLSKL QGCMSIFTKH LVS LAISIM SKLKSALDGL SREVGTITTG MEINSELLQK FTLPSSDQAK LLKILTTVDF LYTHKRKEEE RNVKDLQSLY DKMN GGPVW SSLSECLSQF EKSQAINTSA TILLPLIESL MVVCRRSDLS QNRNTAVKYE DAKLLDFSKT RVENLFFPFT DAHKK LLNQ MIRSNPKLMS GPFALLVKNP KVLDFDNKRY FFNAKLKSDN QERPKLPITV RREQVFLDSY RALFFKTNDE IKNSKL EIT FKGESGVDAG GVTREWYQVL SRQMFNPDYA LFLPVPSDKT TFHPNRTSGI NPEHLSFFKF IGMIIGKAIR DQCFLDC HF SREVYKNILG RPVSLKDMES LDPDYYKSLV WILENDITDI IEETFSVETD DYGEHKVINL IEGGKDIIVT EANKQDYV K KVVEYKLQTS VKEQMDNFLV GFYALISKDL ITIFDEQELE LLISGLPDID VDDWKNNTTY VNYTATCKEV SYFWRAVRS FDAEERAKLL QFVTGTSKVP LNGFKELSGV NGVCKFSIHR DFGSSERLPS SHTCFNQLNL PPYESYETLR GSLLLAINEG HEGFGLA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 percent glycerol, 50 mM TrisCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
詳細: Specimens were prepared on Quantifoil R 2/2 Cu300 grids after glow discharge for 1 minute at 25 mA.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: 3,522 of 3,630 micrographs were selected for particle picking from grids containing Tom1pHis. Initial blob picks were curated via 2D-classification and 3D ab initio jobs to create 60 2D ...詳細: 3,522 of 3,630 micrographs were selected for particle picking from grids containing Tom1pHis. Initial blob picks were curated via 2D-classification and 3D ab initio jobs to create 60 2D templates for template-picking. 1,434,189 template-picked particles (lowpass filter 15 A) were narrowed through 6 rounds of 2D classification to give 201,930 particles, which were input to ab initio volume creation with 4 classes. 41,253 particles from one of these classes were used to refine the open/intermediate conformations and 160,667 total particles from the remaining 3 classes were combined for further refinement of the closed conformation map.
CTF補正詳細: Movies were motion-corrected for all 3 datasets using CryoSPARC Patch Motion Correction. CTF estimation was performed on motion-corrected micrographs using CryoSPARC Patch CTF with default parameters applied.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Initial blob picks were curated via 2D-classification and 3D ab initio jobs to create 60 2D templates for template-picking.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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