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- EMDB-48276: Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48276
タイトルCryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L)
マップデータComposite map, produced through VOP maximum command
試料
  • 複合体: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-1A
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: water
キーワードComplex / GTPase / GTP-binding / Autophagy / Kinase / Lipid Kinase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / positive regulation of glycoprotein metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / growth hormone secretion ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / positive regulation of glycoprotein metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / growth hormone secretion / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / host-mediated activation of viral genome replication / presynaptic endosome / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-coated vesicle cargo loading / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of protein complex stability / positive regulation of autophagosome assembly / early endosome to late endosome transport / response to L-leucine / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / receptor catabolic process / phagophore assembly site membrane / protein targeting to vacuole / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / SMAD protein signal transduction / late endosome to vacuole transport / endosome organization / melanosome transport / pexophagy / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / vesicle transport along microtubule / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / COPII-mediated vesicle transport / negative regulation of programmed cell death / phosphatidylinositol 3-kinase / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / lysosome organization / response to vitamin E / post-transcriptional regulation of gene expression / response to iron(II) ion / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / transport vesicle membrane / virion assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / phosphatidylinositol-mediated signaling / Macroautophagy / autophagosome membrane docking / RSV-host interactions / p38MAPK cascade / Golgi organization / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of protein phosphorylation / autolysosome / autophagosome membrane / PI3K Cascade / axoneme / synaptic vesicle endocytosis / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / neuron development / cellular defense response / cellular response to glucose starvation / mitophagy / phosphatidylinositol 3-kinase binding / intercellular bridge / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / JNK cascade / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of autophagy
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / : / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-1A / Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Cook ASI / Hurley JH / Chen M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000350 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural pathway for PI3-kinase regulation by VPS15 in autophagy.
著者: Annan S I Cook / Minghao Chen / Thanh N Nguyen / Ainara Claveras Cabezudo / Grace Khuu / Shanlin Rao / Samantha N Garcia / Mingxuan Yang / Anthony T Iavarone / Xuefeng Ren / Michael Lazarou / ...著者: Annan S I Cook / Minghao Chen / Thanh N Nguyen / Ainara Claveras Cabezudo / Grace Khuu / Shanlin Rao / Samantha N Garcia / Mingxuan Yang / Anthony T Iavarone / Xuefeng Ren / Michael Lazarou / Gerhard Hummer / James H Hurley /
要旨: The class III phosphatidylinositol-3 kinase complexes I and II (PI3KC3-C1 and PI3KC3-C2) have vital roles in macroautophagy and endosomal maturation, respectively. We elucidated a structural pathway ...The class III phosphatidylinositol-3 kinase complexes I and II (PI3KC3-C1 and PI3KC3-C2) have vital roles in macroautophagy and endosomal maturation, respectively. We elucidated a structural pathway of enzyme activation through cryo-electron microscopy analysis of PI3KC3-C1. The inactive conformation of the VPS15 pseudokinase stabilizes the inactive conformation, sequestering its -myristate in the N-lobe of the pseudokinase. Upon activation, the myristate is liberated such that the VPS34 lipid kinase catalyzes phosphatidylinositol-3 phosphate production on membranes. The VPS15 pseudokinase domain binds tightly to guanosine triphosphate and stabilizes a web of interactions to autoinhibit the cytosolic complex and promote activation upon membrane binding. These findings show in atomistic detail how the VPS34 lipid kinase is activated in the context of a complete PI3K complex.
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map, produced through VOP maximum command
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.3020463 - 4.3522673
平均 (標準偏差)0.024543652 (±0.05865554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

全体名称: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A
要素
  • 複合体: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
    • タンパク質・ペプチド: Ras-related protein Rab-1A
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

超分子名称: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 384.45 KDa

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分子 #1: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 158.808516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGNQLAGIAP SQILSVESYF SDIHDFEYDK SLGSTRFFKV ARAKHREGLV VVKVFAIQDP TLPLTSYKQE LEELKIRLNS AQNCLPFQK ASEKASEKAA MLFRQYVRDN LYDRISTRPF LNNIEKRWIA FQILTAVDQA HKSGVRHGDI KTENVMVTSW N WVLLTDFA ...文字列:
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UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

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分子 #2: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.680328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS ...文字列:
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UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

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分子 #3: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

分子名称: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.387266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH ...文字列:
MASPSGKGAR ALEAPGCGPR PLARDLVDSV DDAEGLYVAV ERCPLCNTTR RRLTCAKCVQ SGDFVYFDGR DRERFIDKKE RLSRLKSKQ EEFQKEVLKA MEGKWITDQL RWKIMSCKMR IEQLKQTICK GNEEMEKNSE GLLKTKEKNQ KLYSRAQRHQ E KKEKIQRH NRKLGDLVEK KTIDLRSHYE RLANLRRSHI LELTSVIFPI EEVKTGVRDP ADVSSESDSA MTSSTVSKLA EA RRTTYLS GRWVCDDHNG DTSISITGPW ISLPNNGDYS AYYSWVEEKK TTQGPDMEQS NPAYTISAAL CYATQLVNIL SHI LDVNLP KKLCNSEFCG ENLSKQKFTR AVKKLNANIL YLCFSQHVNL DQLQPLHTLR NLMYLVSPSS EHLGRSGPFE VRAD LEESM EFVDPGVAGE SDESGDERVS DEETDLGTDW ENLPSPRFCD IPSQSVEVSQ SQSTQASPPI ASSSAGGMIS SAAAS VTSW FKAYTGHR

UniProtKB: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

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分子 #4: Beclin-1

分子名称: Beclin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.953102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI ...文字列:
MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI LEQMNEDDSE QLQMELKELA LEEERLIQEL EDVEKNRKIV AENLEKVQAE AERLDQEEAQ YQREYSEFKR QQ LELDDEL KSVENQMRYA QTQLDKLKKT NVFNATFHIW HSGQFGTINN FRLGRLPSVP VEWNEINAAW GQTVLLLHAL ANK MGLKFQ RYRLVPYGNH SYLESLTDKS KELPLYCSGG LRFFWDNKFD HAMVAFLDCV QQFKEEVEKG ETRFCLPYRM DVEK GKIED TGGSGGSYSI KTQFNSEEQW TKALKFMLTN LKWGLAWVSS QFYNK

UniProtKB: Beclin-1

+
分子 #5: Ras-related protein Rab-1A

分子名称: Ras-related protein Rab-1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.206527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM GMSSMNPEYD YLFKLLLIGD SGVGKSCLLL RFADDTYTES YISTIGVDFK IRTIELDGKT IKLQIWDTA GLERFRTITS SYYRGAHGII VVYDVTDQES FNNVKQWLQE IDRYASENVN KLLVGNKCDL TTKKVVDYTT A KEFADSLG ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM GMSSMNPEYD YLFKLLLIGD SGVGKSCLLL RFADDTYTES YISTIGVDFK IRTIELDGKT IKLQIWDTA GLERFRTITS SYYRGAHGII VVYDVTDQES FNNVKQWLQE IDRYASENVN KLLVGNKCDL TTKKVVDYTT A KEFADSLG IPFLETSAKN ATNVEQSFMT MAAEIKKRMG PGATAGGAEK SNVKIQSTPV KQSGGGCC

UniProtKB: Ras-related protein Rab-1A

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 9 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil Active R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19300 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 721454
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: ISOLDE (ver. 1.7)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9mhf:
Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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