EMDB-48260: PI3KC3-C1 bound to RAB1A. Local refinement of VPS34KD in the inac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-48260

タイトル

PI3KC3-C1 bound to RAB1A. Local refinement of VPS34KD in the inactive state, particle subset

マップデータ

試料

複合体: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

キーワード

Complex / GTPase / GTP-binding / Autophagy / Kinase / Lipid Kinase / SIGNALING PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Cook ASI / Chen M / Hurley JH

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural pathway for class III PI 3-kinase activation by the myristoylated GTPbinding pseudokinase VPS15
著者: Cook ASI / Chen M / Ngyuen TN / Claveras-Cabezudo A / Khuu G / Rao S / Garcia SN / Yang M / Iavarone AT / Ren X / Lazarou M / Hummer G / Hurley JH

履歴

登録	2024年12月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年2月12日	-
マップ公開	2025年2月12日	-
更新	2025年2月12日	-
現状	2025年2月12日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_48260.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_48260.map.gz	230.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-48260-v30.xml emd-48260.xml	17.8 KB 17.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_48260_fsc.xml	13.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_48260.png	73.5 KB
マスクデータ	emd_48260_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-48260.cif.gz	4.6 KB
その他	emd_48260_additional_1.map.gz emd_48260_half_map_1.map.gz emd_48260_half_map_2.map.gz	122.9 MB 226.8 MB 226.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48260	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48230C 48231C 48232C 48233C 48257C 48258C 48259C 48272C 48273C 48276C 48277C 48278C 9mhfC 9mhgC 9mhhC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_48260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.05 Å/pix. x 400 pix. = 419.2 Å	1.05 Å/pix. x 400 pix. = 419.2 Å	1.05 Å/pix. x 400 pix. = 419.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.048 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.15
最小 - 最大	-0.8786118 - 1.6464171
平均 (標準偏差)	-0.00034969888 (±0.03026643)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_48260_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_48260_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_48260_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_48260_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

全体	名称: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A
要素	複合体: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

-
超分子 #1: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A

超分子	名称: Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I bound to RAB1A タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 384.45 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.2 mg/mL

緩衝液

pH: 7.4
構成要素:

濃度	式	名称
25.0 mM	C₈H₁₈N₂O₄S	HEPES
200.0 mM	NaCl	sodium chloride
2.0 mM	MgCl₂	Magnesium chloride
1.0 mM	C₉H₁₅O₆P	TCEP

詳細: OG supplemented at time of grid preparation 0.05%

グリッド

モデル: Quantifoil Active R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

詳細

monodisperse sample

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19300 / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 88407
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化	空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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