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- EMDB-48271: CryoEM Structure of Zaire Ebola Virus Envelope Glycoprotein GP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48271
タイトルCryoEM Structure of Zaire Ebola Virus Envelope Glycoprotein GP
マップデータ
試料
  • 複合体: Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 foldon attached to stabilize soluble trimer
    • タンパク質・ペプチド: GP2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein,GP1
キーワードEBOV / Ebola / GP / Zaire / Mayinga / MDT-000759 / VIRUS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Weidle C / Borst AJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-18-1-0001 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Towards a Pan-Ebola Virus Disease Nanoparticle Vaccine
著者: Brunette N / Weidle C / Wrenn SP / Fiala B / Ravichandran R / Carr KD / Zak SE / Zumbrun EE / Murphy M / Chan S / Skotheim R / Borst AJ / Lauren C / Correnti CE / Dye JM / Baker D / King NP / Stewart LJ
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0213
最小 - 最大-0.0018713884 - 2.1447322
平均 (標準偏差)0.0017808846 (±0.031518158)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #7

ファイルemd_48271_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #6

ファイルemd_48271_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #5

ファイルemd_48271_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_48271_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_48271_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_48271_additional_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_48271_additional_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48271_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48271_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 f...

全体名称: Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 foldon attached to stabilize soluble trimer
要素
  • 複合体: Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 foldon attached to stabilize soluble trimer
    • タンパク質・ペプチド: GP2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein,GP1

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超分子 #1: Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 f...

超分子名称: Ebola GP trimer. Furin Cleaved to form GP1 and GP2 subunits, T4 foldon attached to stabilize soluble trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 162.507 KDa

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分子 #1: GP2

分子名称: GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 18.989391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYIEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF L GTHHHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #2: Envelope glycoprotein,GP1

分子名称: Envelope glycoprotein,GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 35.406648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSSIPLGVIH NSALQVSDVD KLVCRDKLSS TNQLRSVGLN LEGNGVATDV PSATKRWGFR SGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLEIKKPDG SECLPAAPDG IRGFPRCRYV HKVSGTGPCA GDFAFHKEGA FFLYDRLAST VIYRGTTFAE GVVAFLILPQ A KKDFFSSH ...文字列:
GSSIPLGVIH NSALQVSDVD KLVCRDKLSS TNQLRSVGLN LEGNGVATDV PSATKRWGFR SGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLEIKKPDG SECLPAAPDG IRGFPRCRYV HKVSGTGPCA GDFAFHKEGA FFLYDRLAST VIYRGTTFAE GVVAFLILPQ A KKDFFSSH PLREPVNATE DPSSGYYSTT IRYQATGFGT NETEYLFEVD NLTYVQLESR FTPQFLLQLN ETIYTSGKRS NT TGKLIWK VNPEIDTTIG EWAFWETKKN LTRKIRSEEL SFTVVSTHHQ DTGEESASSG KLGLITNTIA GVAGLITGGR RTR R

UniProtKB: Envelope glycoprotein, Envelope glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
300.0 mMSodium ChlorideNaCl

詳細: 20mM Tris pH 7.5 300mM NaCl
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 39.0 kPa / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細20mM Tris pH 7.5, 300mM NaCl

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3128 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 56.69 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 540665
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Non Uniform Refinement / 使用した粒子像数: 189700
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 16 / 平均メンバー数/クラス: 11907 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5jq3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Crystal Structure 5JQ3 was used as a starting model and fit with Chimera. Structure was further refined in Coot, Phenix, ChimeraX, Isolde
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9mha:
CryoEM Structure of Zaire Ebola Virus Envelope Glycoprotein GP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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