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- EMDB-48256: In situ cryo-EM structure of bacteriophage Ur-lambda tail side fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48256
タイトルIn situ cryo-EM structure of bacteriophage Ur-lambda tail side fiber
マップデータIn situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail side fiber
試料
  • ウイルス: Escherichia phage Ur-lambda (λファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein
キーワードbacteriophage / tail tip complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Lambda-like tail fibre protein, N-terminal / Prophage tail fibre N-terminal / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-1 / Phage tail fibre repeat / Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-2 / Phage tail fibre repeat / Phage tail collar domain superfamily / Phage tail collar domain / : / Phage Tail Collar Domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Lambda (λファージ) / Escherichia phage Ur-lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Yu H / Liu J / Molineux IJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124378 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)110243 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of bacteriophage Ur-lambda infection initiation.
著者: Huaxin Yu / Chunyan Wang / Jian Yue / Wangbiao Guo / Ian J Molineux / Jun Liu /
要旨: Bacteriophages must recognize host receptors and penetrate the host cell envelope to initiate infection. How the classic phage λ initiates infection is not yet understood. Here, we combine cryo- ...Bacteriophages must recognize host receptors and penetrate the host cell envelope to initiate infection. How the classic phage λ initiates infection is not yet understood. Here, we combine cryo-electron microscopy and tomography to visualize infection initiation by Ur-λ, the original λ isolate that uses side fibers to adsorb rapidly to . We determine the structure of Ur-λ, resolving the full-length central and side fibers, thus providing a structural basis for host recognition. We show that Ur-λ contains six copies of its tape measure protein. We capture intermediates of the tail tip complex during infection initiation, revealing how extensive conformational changes enable adsorption, and visualize the trans-envelope channel required for genome ejection.
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48256.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail side fiber
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 131 pix.
= 143.838 Å		1.1 Å/pix.
x 131 pix.
= 143.838 Å		1.1 Å/pix.
x 42 pix.
= 46.116 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.098 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.4234489 - 0.72316015
平均 (標準偏差)0.019098775 (±0.08030312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin16091160
サイズ13142131
Spacing13113142
セルA: 143.83801 Å / B: 143.83801 Å / C: 46.116 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Bacteriophage Ur-lambda gpSTF N terminal half A map

ファイルemd_48256_half_map_1.map
注釈Bacteriophage Ur-lambda gpSTF N terminal half A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Bacteriophage Ur-lambda gpSTF N terminal half B map

ファイルemd_48256_half_map_2.map
注釈Bacteriophage Ur-lambda gpSTF N terminal half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage Ur-lambda

全体名称: Escherichia phage Ur-lambda (λファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage Ur-lambda (λファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein

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超分子 #1: Escherichia phage Ur-lambda

超分子名称: Escherichia phage Ur-lambda / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2681611 / 生物種: Escherichia phage Ur-lambda / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: Tail fiber protein

分子名称: Tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 10.092285 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVKISGVLK DGTGKPVQNC TIQLKARRNS TTVVVNTVGS ENPDEAGRYS MDVEYGQYSV ILQVDGFPPS HAGTITVYED SQPGTLNDF LCAMT

UniProtKB: Tail fiber protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 6517
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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