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- EMDB-48221: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48221
タイトルJUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus membrane
マップデータ
試料
  • 複合体: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: JUNV GP1
    • タンパク質・ペプチド: JUNV GP2
    • タンパク質・ペプチド: CR1-28 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: CR1-28 Fab Heavy Chain
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードViral protein / Glycoprotein / GPC / JUNV / Junin mammarenavirus / GP1 / GP2 / signal peptide / virus membrane / CR1-28 Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mammarenavirus juninense (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Taylor LJ / Sawaya MR / Castells-Graells R / Rodriguez JA
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM145388 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128867 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI EPI 米国
Department of Defense (DOD, United States)FA9550-23-1-0281 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: In situ insights into antibody-mediated neutralization of a pre-fusion Junin virus glycoprotein complex.
著者: Lily J Taylor / Michael R Sawaya / Jonna B Westover / Chenyi Wang / Frederick Jimenez / Aldo J Muñoz / Julian Whitelegge / Brian B Gowen / Gustavo F Helguera / Roger Castells-Graells / Jose A Rodriguez /
要旨: A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image ...A transmembrane glycoprotein complex (GPC) decorates the Junin mammarenavirus (JUNV) that causes New World hemorrhagic fevers. We leveraged single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to image the full-length JUNV GPC directly on pseudotyped virus (PV) membranes and bound by two JUNV-neutralizing antibodies: Candid#1 vaccine-elicited CR1-28 and J199, a potent therapeutic against Argentine hemorrhagic fever (AHF). The 3.8 Å resolution in situ structures of the antibody-neutralized, 3-fold symmetric JUNV GPC reveal its ectodomain architecture, signal peptide-bound transmembrane region, zinc-binding luminal domain, and post-translational modifications. JUNV-GPC sequence variants highlight the functional importance of the signal peptide transmembrane helix register for virus infection and attenuating Candid#1-associated variants. Overlapping CR1-28 and J199 epitopes suggest a common receptor-blocking mechanism for JUNV neutralization, while a J199-induced, symmetric GPC reorientation may further drive its potent inhibition of JUNV lethality in mice, compared to receptor blockade alone. This underscores the utility of in situ insights into GPC function and neutralization.
履歴
登録2024年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å		1.11 Å/pix.
x 320 pix.
= 356.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-7.1991796 - 8.851379
平均 (標準偏差)0.008341014 (±0.16230042)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 356.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48221_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48221_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane

全体名称: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane
要素
  • 複合体: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: JUNV GP1
    • タンパク質・ペプチド: JUNV GP2
    • タンパク質・ペプチド: CR1-28 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: CR1-28 Fab Heavy Chain
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane

超分子名称: JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a virus membrane
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Mammarenavirus juninense (ウイルス)

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分子 #1: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus juninense (ウイルス)
分子量理論値: 6.373612 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGQFISFMQE IPTFLQEALN IALVAVSLIA IIKGVVNLYK SGLFQFFVFL ALAGRSCT

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #2: JUNV GP1

分子名称: JUNV GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus juninense (ウイルス)
分子量理論値: 22.311578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EEAFKIGLHT EFQTVSFSMV GLFSNNPHDL PLLCTLNKSH LYIKGGNASF KISFDDIAVL LPEYDVIIQH PADMSWCSKS DDQIWLSQW FMNAVGHDWY LDPPFLCRNR TKTEGFIFQV NTSKTGINEN YAKKFKTGMH HLYREYPDSC LDGKLCLMKA Q PTSWPLQC ...文字列:
EEAFKIGLHT EFQTVSFSMV GLFSNNPHDL PLLCTLNKSH LYIKGGNASF KISFDDIAVL LPEYDVIIQH PADMSWCSKS DDQIWLSQW FMNAVGHDWY LDPPFLCRNR TKTEGFIFQV NTSKTGINEN YAKKFKTGMH HLYREYPDSC LDGKLCLMKA Q PTSWPLQC PLDHVNTLHF LTRGKNIQLP RRSLK

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #3: JUNV GP2

分子名称: JUNV GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammarenavirus juninense (ウイルス)
分子量理論値: 27.026191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AFFSWSLTDS SGKDTPGGYC LEEWMLVAAK MKCFGNTAVA KCNLNHDSEF CDMLRLFDYN KNAIKTLNDE TKKQVNLMGQ TINALISDN LLMKNKIREL MSVPYCNYTK FWYVNHTLSG QHSLPRCWLI KNNSYLNISD FRNDWILESD FLISEMLSKE Y SDRQGKTP ...文字列:
AFFSWSLTDS SGKDTPGGYC LEEWMLVAAK MKCFGNTAVA KCNLNHDSEF CDMLRLFDYN KNAIKTLNDE TKKQVNLMGQ TINALISDN LLMKNKIREL MSVPYCNYTK FWYVNHTLSG QHSLPRCWLI KNNSYLNISD FRNDWILESD FLISEMLSKE Y SDRQGKTP LTLVDICFWS TVFFTASLFL HLVGIPTHRH IRGEACPLPH RLNSLGGCRC GKYPNLKKPT VWRRGH

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #4: CR1-28 Fab Light Chain

分子名称: CR1-28 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.62117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQMTQSPSTL SASVGDRVTI TCRASQSIDN WLAWYQQKPG KAPKLLIYTA SRLESGVPSR FSGSGSGTEF TLTISSLQPD DFATYYCQH RTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS ...文字列:
IQMTQSPSTL SASVGDRVTI TCRASQSIDN WLAWYQQKPG KAPKLLIYTA SRLESGVPSR FSGSGSGTEF TLTISSLQPD DFATYYCQH RTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRG

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分子 #5: CR1-28 Fab Heavy Chain

分子名称: CR1-28 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.168881 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SSAMHWVRQA PGKGLEWVAV IWSDGSNENY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMSSLRAE DTAVYYCATD KTYVSGYTST WYYFNYWGQG TLVTVSGAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SSAMHWVRQA PGKGLEWVAV IWSDGSNENY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMSSLRAE DTAVYYCATD KTYVSGYTST WYYFNYWGQG TLVTVSGAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEP

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分子 #7: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 397489
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9mew:
JUNV GP1, GP2, SSP and CR1-28 Fab complex in a pseudotyped virus membrane

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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