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- EMDB-48187: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial ti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48187
タイトルAntibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial tip protein, FimH
マップデータAntibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 1
試料
  • 複合体: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial tip of E. coli
    • 複合体: Fimbrial tip
      • タンパク質・ペプチド: FimH
      • タンパク質・ペプチド: FimG
    • 複合体: Antibody Fragments
      • タンパク質・ペプチド: mAb475 Heavy Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb475 Light Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb21 Heavy Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb21 Light Chain Fragment
キーワードFimbrial tip / Lectin domain / Antibody fragments / Antibody-target complex / CELL ADHESION
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Hvorecny KL / Magala P / Klevit RE / Kollman JM
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM149542 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI145111 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI171570 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99 GM141364 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antibodies disrupt bacterial adhesion by ligand mimicry and allostery
著者: Hvorecny KL / Kollman JM
履歴
登録2024年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_48187.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48187.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 320 pix.
= 569.6 Å		1.78 Å/pix.
x 320 pix.
= 569.6 Å		1.78 Å/pix.
x 320 pix.
= 569.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.44256762 - 1.1065748
平均 (標準偏差)-0.00046276118 (±0.016919153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 569.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to...

ファイルemd_48187_additional_1.map
注釈Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 1 with gaussian filter
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to...

ファイルemd_48187_additional_2.map
注釈Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 2 with gaussian filter
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map of antibody fragments from mAb21 and...

ファイルemd_48187_additional_3.map
注釈Half map of antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map of antibody fragments from mAb21 and...

ファイルemd_48187_additional_4.map
注釈Half map of antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to...

ファイルemd_48187_additional_5.map
注釈Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of antibody fragments from mAb21 and...

ファイルemd_48187_half_map_1.map
注釈Half map of antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of antibody fragments from mAb21 and...

ファイルemd_48187_half_map_2.map
注釈Half map of antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the E. coli adhesin protein FimH, Reconstruction 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial ti...

全体名称: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial tip of E. coli
要素
  • 複合体: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial tip of E. coli
    • 複合体: Fimbrial tip
      • タンパク質・ペプチド: FimH
      • タンパク質・ペプチド: FimG
    • 複合体: Antibody Fragments
      • タンパク質・ペプチド: mAb475 Heavy Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb475 Light Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb21 Heavy Chain Fragment
      • タンパク質・ペプチド: mAb21 Light Chain Fragment

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超分子 #1: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial ti...

超分子名称: Antibody fragments from mAb21 and mAb475 bound to the fimbrial tip of E. coli
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Fimbrial tip

超分子名称: Fimbrial tip / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Antibody Fragments

超分子名称: Antibody Fragments / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: B cell hybridoma

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分子 #1: FimH

分子名称: FimH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRVITLFAV LLMGWSVNAW SFACKTANGT AIPIGGGSAN VYVNLAPVVN VGQNLVVDLS TQIFCHNDY PETITDYVTL QRGSAYGGVL SNFSGTVKYS GSSYPFPTTS ETPRVVYNSR T DKPWPVAL YLTPVSSAGG VAIKAGSLIA VLILRQTNNY NSDDFQFVWN ...文字列:
MKRVITLFAV LLMGWSVNAW SFACKTANGT AIPIGGGSAN VYVNLAPVVN VGQNLVVDLS TQIFCHNDY PETITDYVTL QRGSAYGGVL SNFSGTVKYS GSSYPFPTTS ETPRVVYNSR T DKPWPVAL YLTPVSSAGG VAIKAGSLIA VLILRQTNNY NSDDFQFVWN IYANNDVVVP TG GCDVSAR DVTVTLPDYP GSVPIPLTVY CAKSQNLGYY LSGTTADAGN SIFTNTASFS PAQ GVGVQL TRNGTIIPAN NTVSLGAVGT SAVSLGLTAN YARTGGQVTA GNVQSIIGVT FVYQ

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分子 #2: FimG

分子名称: FimG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKWCKRGYVL AAILALASAT IQAADVTITV NGKVVAKPCT VSTTNATVDL GDLYSFSLMS AGAASAWHD VALELTNCPV GTSRVTASFS GAADSTGYYK NQGTAQNIQL ELQDDSGNTL N TGATKTVQ VDDSSQSAHF PLQVRALTVN GGATQGTIQA VISITYTYS

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分子 #3: mAb475 Heavy Chain Fragment

分子名称: mAb475 Heavy Chain Fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: B cell hybridoma
配列文字列: QVQLQQSGAE LVRPGSSVKI SCKASGYAFS SYWMNWVKQR PGQGLEWIGQ IYPRDGDTNY NGKFMDKVTL TADKSSNTAY MQLSSLTSED SAVYFCEVGR GFYGMDYWGQ GTSVTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN SGSLSSGVHT ...文字列:
QVQLQQSGAE LVRPGSSVKI SCKASGYAFS SYWMNWVKQR PGQGLEWIGQ IYPRDGDTNY NGKFMDKVTL TADKSSNTAY MQLSSLTSED SAVYFCEVGR GFYGMDYWGQ GTSVTVSSAK TTPPSVYPLA PGSAAQTNSM VTLGCLVKGY FPEPVTVTWN SGSLSSGVHT FPAVLQSDLY TLSSSVTVPS SPRPSETVTC NVAHPASSTK VDKKI

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分子 #4: mAb475 Light Chain Fragment

分子名称: mAb475 Light Chain Fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: B cell hybridoma
配列文字列: ELQMTQSPKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVS NVAWYQQKPG QSPKAMIYSA SYRYSGVPGR FTGSGSGTDF TLTINNVQSE DLATYFCQQN SSFPFTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS ...文字列:
ELQMTQSPKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVS NVAWYQQKPG QSPKAMIYSA SYRYSGVPGR FTGSGSGTDF TLTINNVQSE DLATYFCQQN SSFPFTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLTL TKDEYERHNS YTCEATHKTS TSPIVKSFNR NEC

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分子 #5: mAb21 Heavy Chain Fragment

分子名称: mAb21 Heavy Chain Fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: B cell hybridoma
配列文字列: EVLLKQSGPE KVKPGASVKI PCKASGYTFT DYNIDWVKQS HGTSLEWIGH LDPNSGGTVY NQKFRGKATL TVDKSSSTAY LELRSLTSED TAVYYCARST MGVYRSDGYY AMDYWGQGTS VTVSSAKTTP PSVYPLAPGC GDTTGSSVTL GCLVKGYFPE SVTVTWNSGS ...文字列:
EVLLKQSGPE KVKPGASVKI PCKASGYTFT DYNIDWVKQS HGTSLEWIGH LDPNSGGTVY NQKFRGKATL TVDKSSSTAY LELRSLTSED TAVYYCARST MGVYRSDGYY AMDYWGQGTS VTVSSAKTTP PSVYPLAPGC GDTTGSSVTL GCLVKGYFPE SVTVTWNSGS LSSSVHTFPA LLQSGLYTMS SSVTVPSS

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分子 #6: mAb21 Light Chain Fragment

分子名称: mAb21 Light Chain Fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: B cell hybridoma
配列文字列:
QIVLTQSPAI MSASLGEEIT LTCSASSSIS YMHWYQQKSG TSPKILIYST SNQASGVPSR FSGSGSGTFY SLTISSVEAE DAADYYCHQW SSYPWTFGGG TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLTL TK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3222 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 188465
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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