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- EMDB-48167: Neuraminidase complexed with mAb 5-16 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48167
タイトルNeuraminidase complexed with mAb 5-16
マップデータ
試料
  • 複合体: Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: mAb 5-16 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 5-16 Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードPolyclonal antibody / Influenza / Neuraminidase / Cryo-EM / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ferguson JA / Raghavan SSR / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Functional and epitope specific monoclonal antibody discovery directly from immune sera using cryo-EM.
著者: James A Ferguson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Garazi Peña Alzua / Disha Bhavsar / Jiachen Huang / Alesandra J Rodriguez / Jonathan L Torres / Maria Bottermann / Julianna Han / Florian ...著者: James A Ferguson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Garazi Peña Alzua / Disha Bhavsar / Jiachen Huang / Alesandra J Rodriguez / Jonathan L Torres / Maria Bottermann / Julianna Han / Florian Krammer / Facundo D Batista / Andrew B Ward /
要旨: Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting ...Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting scalability and high-throughput analysis. Here, we improved upon our streamlined approach combining structural analysis and bioinformatics to infer heavy and light chain sequences from cryo-EM (cryo-electron microscopy) maps of serum-derived polyclonal antibodies (pAbs) bound to antigens. Using ModelAngelo, an automated structure-building tool, we accelerated pAb sequence determination and identified sequence matches in B cell repertoires via ModelAngelo-derived hidden Markov models (HMMs) associated with pAb structures. Benchmarking against results from a nonhuman primate HIV vaccine trial, our pipeline reduced analysis time from weeks to under a day with higher precision. Validation with murine immune sera from influenza vaccination revealed multiple protective antibodies. This workflow enhances antibody discovery, enabling faster, more accurate mapping of polyclonal responses with broad applications in vaccine development and therapeutic antibody discovery.
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48167.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48167.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.8535714 - 1.3531629
平均 (標準偏差)0.00018851509 (±0.03216719)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 319.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48167_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48167_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16

全体名称: Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16
要素
  • 複合体: Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: mAb 5-16 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 5-16 Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16

超分子名称: Neuraminidase IND11 in complex with mAb 5-16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 51.847156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QHHHHHHGSS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNNTVHD RTPYRTLLMN E LGVPFHLG ...文字列:
MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QHHHHHHGSS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNNTVHD RTPYRTLLMN E LGVPFHLG TRQVCMAWSS SSCHDGKAWL HVCITGNDNN ATASFIYNGR LVDSIGSWSK NILRTQESEC VCINGTCTVV MT DGSASGK ADTKILFVEE GKIVHISTLS GSAQHVEECS CYPRFPGVRC VCRDNWKGSN RPIVDINVKN YSIVSSYVCS GLV GDTPRK SDSVSSSYCL DPNNEKGGHG VKGWAFDDGN DVWMGRTINE TLRLGYETFK VIEGWSKANS KLQTNRQVIV EKGD RSGYS GIFSVEGKSC INRCFYVELI RGRKEETKVW WTSNSIVVFC GTSGTYGTGS WPDGADINLM PI

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分子 #2: mAb 5-16 Heavy chain

分子名称: mAb 5-16 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.838407 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EVKLVESEGG LVQPGSSMKL SCTASGFTFS DDYMAWVRQV AEKGLEWLAK INFDGTSTYY LDSLKSRFII SRDNAKNILY LQMSSLKSE DTATYYCARA GYYYGSSYWY FDVWGTGTTV TVSS

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分子 #3: mAb 5-16 Light chain

分子名称: mAb 5-16 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.774132 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
NIVMTQSHKF MSTSLGDRVS ITCKASQDVG PAVAWYQQKP GQSPKLLIYW ASTRHTGVPD RFTGSGSGTD FTLTISNVQS EDLADYFCQ QYSSYPLTFG SGTKLEIK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117508
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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