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タイトルFunctional and epitope specific monoclonal antibody discovery directly from immune sera using cryo-EM.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 33, Page eadv8257, Year 2025
掲載日2025年8月15日
著者James A Ferguson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Garazi Peña Alzua / Disha Bhavsar / Jiachen Huang / Alesandra J Rodriguez / Jonathan L Torres / Maria Bottermann / Julianna Han / Florian Krammer / Facundo D Batista / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting ...Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting scalability and high-throughput analysis. Here, we improved upon our streamlined approach combining structural analysis and bioinformatics to infer heavy and light chain sequences from cryo-EM (cryo-electron microscopy) maps of serum-derived polyclonal antibodies (pAbs) bound to antigens. Using ModelAngelo, an automated structure-building tool, we accelerated pAb sequence determination and identified sequence matches in B cell repertoires via ModelAngelo-derived hidden Markov models (HMMs) associated with pAb structures. Benchmarking against results from a nonhuman primate HIV vaccine trial, our pipeline reduced analysis time from weeks to under a day with higher precision. Validation with murine immune sera from influenza vaccination revealed multiple protective antibodies. This workflow enhances antibody discovery, enabling faster, more accurate mapping of polyclonal responses with broad applications in vaccine development and therapeutic antibody discovery.
リンクSci Adv / PubMed:40815640 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-48118: Map of Neuraminidase active site specific polycloncal antibody from sera of 10 mice vaccinated with Indiana 2011 Group 2 Neuraminidase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

48165

9md2

EMDB-48165, PDB-9md2:
Neuraminidase in complex with mAb 5-6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

48166

9md3

EMDB-48166, PDB-9md3:
Neuraminidase in complex with mAb 5-12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48167

9md4

EMDB-48167, PDB-9md4:
Neuraminidase complexed with mAb 5-16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

48168

9md5

EMDB-48168, PDB-9md5:
Neuraminidase in complex with mAb 6-23.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48169

9md6

EMDB-48169, PDB-9md6:
Neuraminidase in complex with mAb 6-23.1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • Influenza A virus (A/Indiana/10/2011(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Polyclonal antibodies / Neuraminidase. Influenza / Cryo-EM / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Neuraminidase / Influenza / Polyclonal antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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