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- EMDB-48145: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase T... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48145
タイトルFull-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p in an open-conformation
マップデータcryo-EM unsharpened map of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in an open-conformation state.
試料
  • 複合体: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
キーワードcell cycle / stress response / solenoid / E3 ubiquitin ligase / RNA / GENE REGULATION / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Madrigal JM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM064649 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170856 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Tom1p ubiquitin ligase structure, interaction with Spt6p, and function in maintaining normal transcript levels and the stability of chromatin in promoters
著者: Madrigal J / Schubert HL / Sdano MA / McCullough L / Connell Z / Formosa T / Hill CP
履歴
登録2024年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48145.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM unsharpened map of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in an open-conformation state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å		1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å		1.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 387.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.1663175 - 0.6558617
平均 (標準偏差)0.00095646107 (±0.02549675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 387.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48145_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryo-EM half-map A of full-length and internally HIS-tagged...

ファイルemd_48145_half_map_1.map
注釈cryo-EM half-map A of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in an open-conformation state.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryo-EM half-map B of full-length and internally HIS-tagged...

ファイルemd_48145_half_map_2.map
注釈cryo-EM half-map B of full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p, in an open-conformation state.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p

全体名称: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
要素
  • 複合体: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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超分子 #1: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p

超分子名称: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
分子量理論値: 377 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Internal tag insertion between 1074-1075 of the native sequence: SGGGGGGSRHHHHHHHHHHHH
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
分子量理論値: 376.959844 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVLFTRCEKA RKEKLAAGYK PLVDYLIDCD TPTFLERIEA IQEWDRSRDD LYVWIPILDR MDGLLLKVAE KYKYKQDPKK ECEVKLVEM EAHDVDYCLK MLKFTRRLLL NTENRFVYSS GDVLMYLLNC PNFTIKLAVM RILAILGERF VIAREKIVAH N IFGDHNLR ...文字列:
MVLFTRCEKA RKEKLAAGYK PLVDYLIDCD TPTFLERIEA IQEWDRSRDD LYVWIPILDR MDGLLLKVAE KYKYKQDPKK ECEVKLVEM EAHDVDYCLK MLKFTRRLLL NTENRFVYSS GDVLMYLLNC PNFTIKLAVM RILAILGERF VIAREKIVAH N IFGDHNLR KKTLKLALSL SSSVMDEDGE HFSLVDLYFD KKKVPQKWRK LRFTHYTSND FKKSSQQKNN INETQTSIKK VT MTTQELC EHSLQQIFDK GMALLPAESW FDFSIKASVA KAFSDDSGEN IDLRNIIIET KLNAIAFVNT IFSPPQVSSK LFE LDPYAF NSLTDLISLS ETKIPKELRT DALFTLECIS LKHVWCSDII RNLGGNISHG LLFQILRYIA KTLREATDEI DEEY NVRFF YLISNLADVK PLHESLFAAG LIPTLLEIVS IRNCPYKRTL ASATHLLETF IDNSETTTEF IENDGFTMLI TSVAN EIDF TLAHPETWQP PKYSVVYYSI SFRELAYIRS LLKLVLKLLS TDSGDRIRNL IDSPILVSLK KILENKLVFG LTLITY TLD VVQKVINSEP TIYPVLVEAG LIPYVIDNFP KLIGPSAELL SLLPDVVSAI CLNPEGLKQV KEKGLINNLF DFLLDAD HA RILTGGDRST EYGTDIDELA RHYPDLKANI VEALCNVIRK MPSTFRNERE FLFTSPKDQK YFFHRKNEEI LTDKEEHE P AYWELLDKGT MLDTFTSVLF GMSLGNGSFS QVPQHLEARD FLAIIFMENP PYEYFTSVAI SNVTEVLQYL DEKYEDYAF MDVMKVLNDQ LENLNDFLNS PNDRSFFLER DGENSVRSCH SKLCRLAAIL NIVTNVYIDL TTLSCKRIMQ IYSYFDKRGF SLIKNLKLL FQKCALEEMY IRQHMPDSVI TETMPLPIVD VSGDGPPLQI YIDDPKKGDQ KGKITSVKTR NTLQMRTILY T LQSNTAIL FRCFLRLSHS RNMDLEHKDL TTEVHIFENV VENVIEMLKA TELEGHLPYI LVLLNFNTFV FTIPKASPNS TE ILQTIPA YIFYQKGGYL LYLHIIRDLF TRMTKIKSGG GGGGSRHHHH HHHHHHHHDL SSLDNINYID ESNGILTLSC LIN ALTFYN KSMQTETMEN VQSIGKYYVS IDDDYNIMKA LTVPIKVMAL AMILDLDKSD SLFKTQSRNV PYSVFKQLLS MLKN IFTNV NIYTKELYEL HWDLIFPPIK KISLFEQVGI PGDVAANYLT DTGDDLPADN SIGLFSPEQW EKYKKLIGED KSIYY PQPM QAQYYKGCSS KELDELRDTF FNDGLPSRIF TVLPFYPKLV NAFAKTLLQI FTKYDEPTEV FAGRILDRIL ETDLDD PAT LSSLIHLFGI FLNEKYIYQK ASHLMQRFIE YLEKSLKPEH VNTPWFSKAL YVYEIILAKS ELPHLEELSK DVLLRYP LL SMAKVFRIPD PMKQKLFDIL IRVSDISNFY SALATSRILI FYSRDELYAN NIARSGILSR LLKVIGSFQK LDKINFLE S SFLLLTRRCF ETTENVDALI RAEINRSFTA RPLGGGDDAV RELTTILEEK AHVVMRSPSQ FIDVLCETAR FHEFDDQGA LVDYSLKRFL GEKDKNTQAS STEKSDIYER TGIMHLLLSQ LMAASEKDWL SEPANSSDLP ENKKAQLDPS RNPVCAYMIF LLKLLVELV SSYNQCKFEF LTFSRRNTYA ERPRPRTTAI NFFLYRLLDK PVGTDHDKHE AKRREVIGML ARSVIIGFLA T VQDDRTTK TDVKLADPHM NFIRKFAIEA IIKAIRNATS SSKLLESNHL KLDMWFRIIT SMVYVQAPYL RQLLDSNKVE AD QYQLCKL VIDLGLPSVI TEAMASIDLN YPFSKKIFNV AVEALNTISS TRNNFSEHFK IEDHDEVEDE VDESDKEEIP DMF KNSALG MYDVEDIEED DDDDTSLIGD DDAMAFVDSD NGFEVVFSDE DDDMGEEDAD DARSDSEENE LSSEMQSSTA DGTD VDYEV DDADGLIINI DQPSGDDEEM ADYDANISHS SHSENEDDAS MDVIEVYDDE LSSGYDVDLS DYDVDESDWD SGLSS LSIS DEDSESSEDE PINSTRMGDS RRRWLIAEGV ELTDDSQGES EEDDRGVFRG IEHIFSNENE PLFRVHDEMR HRNHHR SIN RTHFHSAMSA PSLSLLNRGR RNQSNLINPL GPTGLEQVEN DISDQVTVAG SGSRPRSHHL HFSEVLVSGS FFDEPVL DG IILKSTVSRW KDIFDMFYDS KTYANCIIPT VINRLYKVSL ALQKDLENKR EQEKLKNKNL LFNEAKVESH NSSDAISV E QDDIQESNVT HDDHEPVYVT IQGSEVDIGG TDIDPEFMNA LPDDIRADVF AQHVRERRAE ARLNSDHNVH SREIDSDFL EAIPEDIREG ILDTEAEEQR MFGRIGSSAD VIRADDDVSN NDEEVENGLD HGNSNDRNNA DPEKKKPARI YFAPLIDRAG IASLMKSVF ISKPYIQREI YHELFYRLCS SKQNRNDLMN TFLFILSEGI IDQHSLEKVY NIISSRAMGH AKTTTVRQLP S DCTPLTVA NQTIEILQSL IDADSRLKYF LIAEHDNLIV NKANNKSRKE ALPDKKLRWP LWHLFSLLDR KLITDESVLM DL LTRILQV CTKTLAVLST SSNGKENLSK KFHLPSFDED DLMKILSIIM LDSCTTRVFQ QTLNIIYNLS KLQGCMSIFT KHL VSLAIS IMSKLKSALD GLSREVGTIT TGMEINSELL QKFTLPSSDQ AKLLKILTTV DFLYTHKRKE EERNVKDLQS LYDK MNGGP VWSSLSECLS QFEKSQAINT SATILLPLIE SLMVVCRRSD LSQNRNTAVK YEDAKLLDFS KTRVENLFFP FTDAH KKLL NQMIRSNPKL MSGPFALLVK NPKVLDFDNK RYFFNAKLKS DNQERPKLPI TVRREQVFLD SYRALFFKTN DEIKNS KLE ITFKGESGVD AGGVTREWYQ VLSRQMFNPD YALFLPVPSD KTTFHPNRTS GINPEHLSFF KFIGMIIGKA IRDQCFL DC HFSREVYKNI LGRPVSLKDM ESLDPDYYKS LVWILENDIT DIIEETFSVE TDDYGEHKVI NLIEGGKDII VTEANKQD Y VKKVVEYKLQ TSVKEQMDNF LVGFYALISK DLITIFDEQE LELLISGLPD IDVDDWKNNT TYVNYTATCK EVSYFWRAV RSFDAEERAK LLQFVTGTSK VPLNGFKELS GVNGVCKFSI HRDFGSSERL PSSHTCFNQL NLPPYESYET LRGSLLLAIN EGHEGFGLA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 5% glycerol, 50 mM TrisCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Specimens were prepared on Quantifoil R 2/2 Cu300 grids after glow discharge for 1 minute at 25 mA. 2.5 uL of sample was applied to grids and blotted for 2.5 seconds before vitrification by plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16098
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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