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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48118
タイトルMap of Neuraminidase active site specific polycloncal antibody from sera of 10 mice vaccinated with Indiana 2011 Group 2 Neuraminidase
マップデータ
試料
  • 複合体: A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies
    • タンパク質・ペプチド: A/Indiana/10/2011 Group 2 Neruaminidase Tetramer
キーワードNeuraminidase / Antibody / Influenza / Mouse / Polyclonal / VIRAL PROTEIN
生物種Influenza A virus (A/Indiana/10/2011(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ferguson JA / Han J / Rodriguez AJ / Torres JL / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Functional and epitope specific monoclonal antibody discovery directly from immune sera using cryo-EM.
著者: James A Ferguson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Garazi Peña Alzua / Disha Bhavsar / Jiachen Huang / Alesandra J Rodriguez / Jonathan L Torres / Maria Bottermann / Julianna Han / Florian ...著者: James A Ferguson / Sai Sundar Rajan Raghavan / Garazi Peña Alzua / Disha Bhavsar / Jiachen Huang / Alesandra J Rodriguez / Jonathan L Torres / Maria Bottermann / Julianna Han / Florian Krammer / Facundo D Batista / Andrew B Ward /
要旨: Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting ...Antibodies are crucial therapeutics, comprising a substantial portion of approved drugs due to their safety and clinical efficacy. Traditional antibody discovery methods are labor-intensive, limiting scalability and high-throughput analysis. Here, we improved upon our streamlined approach combining structural analysis and bioinformatics to infer heavy and light chain sequences from cryo-EM (cryo-electron microscopy) maps of serum-derived polyclonal antibodies (pAbs) bound to antigens. Using ModelAngelo, an automated structure-building tool, we accelerated pAb sequence determination and identified sequence matches in B cell repertoires via ModelAngelo-derived hidden Markov models (HMMs) associated with pAb structures. Benchmarking against results from a nonhuman primate HIV vaccine trial, our pipeline reduced analysis time from weeks to under a day with higher precision. Validation with murine immune sera from influenza vaccination revealed multiple protective antibodies. This workflow enhances antibody discovery, enabling faster, more accurate mapping of polyclonal responses with broad applications in vaccine development and therapeutic antibody discovery.
履歴
登録2024年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48118.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.35876128 - 0.5916162
平均 (標準偏差)-0.000036414087 (±0.015166852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48118_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48118_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies

全体名称: A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies
要素
  • 複合体: A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies
    • タンパク質・ペプチド: A/Indiana/10/2011 Group 2 Neruaminidase Tetramer

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超分子 #1: A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies

超分子名称: A/Indiana/10/2011 Neuraminidase in complex with polyclonal antobodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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分子 #1: A/Indiana/10/2011 Group 2 Neruaminidase Tetramer

分子名称: A/Indiana/10/2011 Group 2 Neruaminidase Tetramer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Indiana/10/2011(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QHHHHHHGSS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQC NITGFAPFSK DNSIRLSAGG DIWVTREPYV SCDPDKCYQF ALGQGTTLNN GHSNNTVHDR TPYRTLLMNE LGVPFHLGTR ...文字列:
MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QHHHHHHGSS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSGG EYRNWSKPQC NITGFAPFSK DNSIRLSAGG DIWVTREPYV SCDPDKCYQF ALGQGTTLNN GHSNNTVHDR TPYRTLLMNE LGVPFHLGTR QVCMAWSSSS CHDGKAWLHV CITGNDNNAT ASFIYNGRLV DSIGSWSKNI LRTQESECVC INGTCTVVMT DGSASGKADT KILFVEEGKI VHISTLSGSA QHVEECSCYP RFPGVRCVCR DNWKGSNRPI VDINVKNYSI VSSYVCSGLV GDTPRKSDSV SSSYCLDPNN EKGGHGVKGW AFDDGNDVWM GRTINETLRL GYETFKVIEG WSKANSKLQT NRQVIVEKGD RSGYSGIFSV EGKSCINRCF YVELIRGRKE ETKVWWTSNS IVVFCGTSGT YGTGSWPDGA DINLMPI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Tris-Buffered Saline
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 15368 / 平均電子線量: 43.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 190000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 436610
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0) / ソフトウェア - 詳細: PatchCTF / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 72780
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 72780 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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