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- EMDB-48103: Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6b complex in nucleotide-free form.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48103
タイトルLgl2 bound to the aPKCiota-Par6b complex in nucleotide-free form. Head sub-complex region subtracted
マップデータ
試料
  • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
    • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
      • タンパク質・ペプチド: Partitioning defective 6 homolog beta
    • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
      • タンパク質・ペプチド: LLGL scribble cell polarity complex component 2
      • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C iota type
キーワードCell Polarity / Kinase / Complex / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / Golgi vesicle budding / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase C / establishment of apical/basal cell polarity / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity ...establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / Golgi vesicle budding / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase C / establishment of apical/basal cell polarity / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / L-leucine transport / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of glial cell apoptotic process / eye photoreceptor cell development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Schmidt-Lanterman incisure / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cellular response to chemical stress / membrane organization / cell-cell junction organization / cortical actin cytoskeleton organization / protein targeting to membrane / tight junction / labyrinthine layer blood vessel development / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of Notch signaling pathway / establishment of cell polarity / cell leading edge / exocytosis / brush border / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / bicellular tight junction / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / intercellular bridge / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / p75NTR recruits signalling complexes / secretion / GTPase activator activity / response to interleukin-1 / actin filament organization / post-embryonic development / protein localization to plasma membrane / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / PDZ domain binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / phospholipid binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / cellular response to insulin stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / cell migration / microtubule cytoskeleton / negative regulation of neuron apoptotic process / protein phosphorylation / protein kinase activity / endosome / intracellular signal transduction / cilium / apical plasma membrane / Golgi membrane / cell division / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : ...Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C iota type / LLGL scribble cell polarity complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Almagor L / Weis WI
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Polarity protein Par6 facilitates the processive phosphorylation of Lgl via a dynamic interaction with aPKC.
著者: Lior Almagor / William I Weis /
要旨: Polarity along an apical-basal axis is essential for epithelial cell shape and function. The atypical protein Kinase-C (aPKC) and its regulatory partner Par6 form a complex that is essential for ...Polarity along an apical-basal axis is essential for epithelial cell shape and function. The atypical protein Kinase-C (aPKC) and its regulatory partner Par6 form a complex that is essential for polarization, a primary function of which is to phosphorylate the Lethal giant larvae (Lgl) protein to prevent it from binding to the apical membrane (thereby facilitating its basolateral localization). Par6 binds Lgl directly and is essential for this process, but its mechanism was obscure. Here, we utilize cryo-EM and various biochemical techniques to characterize the interaction of Lgl2 with the aPKCι/Par6 complex and to study the roles of Par6 in promoting Lgl2 phosphorylation. We find that Par6 proteins stabilize a ternary Lgl2/aPKCι/Par6 complex that involves a unique multi-surface interaction of Lgl2 with both aPKCι and Par6. Importantly, we find Par6b induces processive phosphorylation that results in a multi-phosphorylated Lgl2 after a single interaction with the aPKCι/Par6b complex. This is enabled by a Par6b/Lgl2 interaction that maintains contact of Lgl2 with the kinase throughout its distinct nucleotide-binding states. Our results reveal the mechanistic basis for the efficient regulation of Lgl's membrane binding by aPKC/Par6 and provide invaluable structural data for further understanding the mechanisms of this polarity complex.
履歴
登録2024年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.56 Å/pix.
x 512 pix.
= 284.416 Å		0.56 Å/pix.
x 512 pix.
= 284.416 Å		0.56 Å/pix.
x 512 pix.
= 284.416 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5555 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.49354255 - 0.73080003
平均 (標準偏差)-0.000043030745 (±0.012234118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 284.416 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48103_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48103_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).

全体名称: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
要素
  • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
    • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
      • タンパク質・ペプチド: Partitioning defective 6 homolog beta
    • 複合体: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
      • タンパク質・ペプチド: LLGL scribble cell polarity complex component 2
      • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C iota type

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超分子 #1: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).

超分子名称: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).

超分子名称: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).

超分子名称: A ternary complex of Lgl2 with aPKC iota and Par6B (nucleotide-free).
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: LLGL scribble cell polarity complex component 2

分子名称: LLGL scribble cell polarity complex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.362188 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRERLKRDLF QFNKTVEHGF PHQPSALGYS PSLRILAIGT RSGAIKLYGA PGVEFMGLHQ ENNAVTQIHL LPGQCQLVTL LDDNSLHLW SLKVKGGASE LQEDESFTLR GPPGAAPSAT QITVVLPHSS CELLYLGTES GNVFVVQLPA FRALEDRTIS S DAVLQRLP ...文字列:
MRERLKRDLF QFNKTVEHGF PHQPSALGYS PSLRILAIGT RSGAIKLYGA PGVEFMGLHQ ENNAVTQIHL LPGQCQLVTL LDDNSLHLW SLKVKGGASE LQEDESFTLR GPPGAAPSAT QITVVLPHSS CELLYLGTES GNVFVVQLPA FRALEDRTIS S DAVLQRLP EEARHRRVFE MVEALQEHPR DPNQILIGYS RGLVVIWDLQ GSRVLYHFLS SQQLENIWWQ RDGRLLVSCH SD GSYCQWP VSSEAQQPEP LRSLVPYGPF PCKAITRILW LTTRQGLPFT IFQGGMPRAS YGDRHCISVI HDGQQTAFDF TSR VIGFTV LTEADPAATF DDPYALVVLA EEELVVIDLQ TAGWPPVQLP YLASLHCSAI TCSHHVSNIP LKLWERIIAA GSRQ NAHFS TMEWPIDGGT SLTPAPPQRD LLLTGHEDGT VRFWDASGVC LRLLYKLSTV RVFLTDTDPN ENFSAQGEDE WPPLR KVGS FDPYSDDPRL GIQKIFLCKY SGYLAVAGTA GQVLVLELND EAAEQAVEQV EADLLQDQEG YRWKGHERLA ARSGPV RFE PGFQPFVLVQ CQPPAVVTSL ALHSEWRLVA FGTSHGFGLF DHQQRRQVFV KCTLHPSDQL ALEGPLSRVK SLKKSLR QS FRRMRRSRVS SRKRHPAGPP GEAQEGSAKA ERPGLQNMEL APVQRKIEAR SAEDSFTGFV RTLYFADTYL KDSSRHCP S LWAGTNGGTI YAFSLRVPPA ERRMDEPVRA EQAKEIQLMH RAPVVGILVL DGHSVPLPEP LEVAHDLSKS PDMQGSHQL LVVSEEQFKV FTLPKVSAKL KLKLTALEGS RVRRVSVAHF GSRRAEDYGE HHLAVLTNLG DIQVVSLPLL KPQVRYSCIR REDVSGIAS CVFTKYGQGF YLISPSEFER FSLSTKWLVE PRCLVDSAET KNHRPGNGAG PKKAPSRARN SGTQSDGEEK Q PGLVMERE FTTSASENLY FQ

UniProtKB: LLGL scribble cell polarity complex component 2

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分子 #2: Protein kinase C iota type

分子名称: Protein kinase C iota type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein kinase C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.512258 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPTQRDSSTM SHTVAGGGSG DHSHQVRVKA YYRGDIMITH FEPSISFEGL CNEVRDMCSF DNEQLFTMKW IDEEGDPCTV SSQLELEEA FRLYELNKDS ELLIHVFPCV PERPGMPCPG EDKSIYRRGA RRWRKLYCAN GHTFQAKRFN RRAHCAICTD R IWGLGRQG ...文字列:
MPTQRDSSTM SHTVAGGGSG DHSHQVRVKA YYRGDIMITH FEPSISFEGL CNEVRDMCSF DNEQLFTMKW IDEEGDPCTV SSQLELEEA FRLYELNKDS ELLIHVFPCV PERPGMPCPG EDKSIYRRGA RRWRKLYCAN GHTFQAKRFN RRAHCAICTD R IWGLGRQG YKCINCKLLV HKKCHKLVTI ECGRHSLPQE PVMPMDQSSM HSDHAQTVIP YNPSSHESLD QVGEEKEAMN TR ESGKASS SLGLQDFDLL RVIGRGSYAK VLLVRLKKTD RIYAMKVVKK ELVNDDEDID WVQTEKHVFE QASNHPFLVG LHS CFQTES RLFFVIEYVN GGDLMFHMQR QRKLPEEHAR FYSAEISLAL NYLHERGIIY RDLKLDNVLL DSEGHIKLTD YGMC KEGLR PGDTTS(TPO)FCG TPNYIAPEIL RGEDYGFSVD WWALGVLMFE MMAGRSPFDI VGSSDNPDQN TEDYLFQVIL E KQIRIPRS LSVKAASVLK SFLNKDPKER LGCHPQTGFA DIQGHPFFRN VDWDMMEQKQ VVPPFKPNIS GEFGLDNFDS QF TNEPVQL (TPO)PDDDDIVRK IDQSEFEGFE YINPLLMSAE ECV

UniProtKB: Protein kinase C iota type

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分子 #3: Partitioning defective 6 homolog beta

分子名称: Partitioning defective 6 homolog beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 42.472445 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNRGHRHGAS SGCLGTMEVK SKFGAEFRRF SLERSKPGKF EEFYGLLQHV HKIPNVDVLV GYADIHGDLP PINNDDNYHK AVSTANPLL RIFIQKKEEA DYSAFGTDTL IRKKNMLSNV LRPDNHRKKP HIVISMPQDF RPVSSIIDVD ILPETHRRVR L CKYGTEKP ...文字列:
MNRGHRHGAS SGCLGTMEVK SKFGAEFRRF SLERSKPGKF EEFYGLLQHV HKIPNVDVLV GYADIHGDLP PINNDDNYHK AVSTANPLL RIFIQKKEEA DYSAFGTDTL IRKKNMLSNV LRPDNHRKKP HIVISMPQDF RPVSSIIDVD ILPETHRRVR L CKYGTEKP LGFYIRDGSS VRVTPHGLEK VPGIFISRLV PGGLAQSTGL LAVNDEVLEV NGIEVSGKSL DQVTDMMIAN SR NLIITVR PANQRNNVVR NSRTSGSSSQ STDNSLLGFP QQVEASFEPE DQDSDEDDII IEDSGEPQQI PKATPAQSLE SLT QIELSF ESGQNGFSPP QDTSLVPVPG SLDTELESRA PDQKLLEEDG TIITLEFTTA SENLYFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細20 mM Tris 200 mM NaCl 1 mM DTT 0.05% n-octyl-beta-D-glucoside

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細Data collected at both 25 and 40 degrees tilt
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction by cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1391872
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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