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万見
- EMDB-48083: Import stalled PINK1 TOM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48083
タイトルImport stalled PINK1 TOM complex
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Import stalled PINK1 TOM complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードPINK1 / TOM complex / VDAC / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein polymerization / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of cristae formation / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / regulation of protein targeting to mitochondrion ...negative regulation of protein polymerization / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of cristae formation / tRNA import into mitochondrion / TOM complex / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / regulation of protein targeting to mitochondrion / mitochondrial outer membrane permeabilization / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / Mitochondrial calcium ion transport / maintenance of protein location in mitochondrion / cellular response to hydrogen sulfide / mitochondrion targeting sequence binding / Lewy body / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / establishment of protein localization to mitochondrion / protein kinase B binding / phospholipid scramblase activity / TORC2 signaling / regulation of autophagy of mitochondrion / regulation of synaptic vesicle transport / ceramide binding / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / regulation of oxidative phosphorylation / migrasome / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein import into mitochondrial matrix / peptidase activator activity / C3HC4-type RING finger domain binding / regulation of cellular response to oxidative stress / protein-transporting ATPase activity / dopamine secretion / positive regulation of dopamine secretion / voltage-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of autophagosome assembly / peptidyl-serine autophosphorylation / binding of sperm to zona pellucida / autophagy of mitochondrion / phosphatidylcholine binding / cellular response to toxic substance / positive regulation of type 2 mitophagy / Mitochondrial protein import / astrocyte projection / oxysterol binding / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / monoatomic anion transport / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of reactive oxygen species metabolic process / phospholipid translocation / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of mitochondrial fission / porin activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / response to muscle activity / negative regulation of mitophagy / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hemopoiesis / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of macroautophagy / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of mitochondrial fission / regulation of protein ubiquitination / regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / monoatomic ion transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm midpiece / acrosomal vesicle / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of translation / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cell periphery / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / macroautophagy / mitochondrial membrane / regulation of protein stability / mitochondrial intermembrane space / kinase binding / kinase activity
類似検索 - 分子機能
PINK1, protein kinase domain / Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor ...PINK1, protein kinase domain / Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / : / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kirk NS / Glukhova A / Callegari S / Komander D
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1178122 オーストラリア
Other private
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structure of human PINK1 at a mitochondrial TOM-VDAC array.
著者: Sylvie Callegari / Nicholas S Kirk / Zhong Yan Gan / Toby Dite / Simon A Cobbold / Andrew Leis / Laura F Dagley / Alisa Glukhova / David Komander /
要旨: Mutations in the ubiquitin kinase PINK1 cause early-onset Parkinson's disease, but how PINK1 is stabilized at depolarized mitochondrial translocase complexes has remained poorly understood. We ...Mutations in the ubiquitin kinase PINK1 cause early-onset Parkinson's disease, but how PINK1 is stabilized at depolarized mitochondrial translocase complexes has remained poorly understood. We determined a 3.1-angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of dimeric human PINK1 stabilized at an endogenous array of mitochondrial translocase of the outer membrane (TOM) and voltage-dependent anion channel (VDAC) complexes. Symmetric arrangement of two TOM core complexes around a central VDAC2 dimer is facilitated by TOM5 and TOM20, both of which also bind PINK1 kinase C-lobes. PINK1 enters mitochondria through the proximal TOM40 barrel of the TOM core complex, guided by TOM7 and TOM22. Our structure explains how human PINK1 is stabilized at the TOM complex and regulated by oxidation, uncovers a previously unknown TOM-VDAC assembly, and reveals how a physiological substrate traverses TOM40 during translocation.
履歴
登録2024年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48083.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.872 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.10502413 - 0.23208478
平均 (標準偏差)0.00004904298 (±0.0075290017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional map, reconstructed without symmetry operations.

ファイルemd_48083_additional_1.map
注釈Additional map, reconstructed without symmetry operations.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_48083_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48083_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Import stalled PINK1 TOM complex

全体名称: Import stalled PINK1 TOM complex
要素
  • 複合体: Import stalled PINK1 TOM complex
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Import stalled PINK1 TOM complex

超分子名称: Import stalled PINK1 TOM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #8, #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 750 KDa

+
分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.319862 KDa
配列文字列:
MVGRNSAIAA GVCGALFIGY CIYFDRKRRS DPNFKNRLRE RRKKQKLAKE RAGLSKLPDL KDAEAVQKFF LEEIQLGEEL LAQGEYEKG VDHLTNAIAV CGQPQQLLQV LQQTLPPPVF QMLLTKLPTI SQRIVSAQSL AEDDVE

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

+
分子 #2: Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2

分子名称: Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.600445 KDa
配列文字列: MATHGQTCAR PMCIPPSYAD LGKAARDIFN KGFGFGLVKL DVKTKSCSGV EFSTSGSSNT DTGKVTGTLE TKYKWCEYGL TFTEKWNTD NTLGTEIAIE DQICQGLKLT FDTTFSPNTG KKSGKIKSSY KRECINLGCD VDFDFAGPAI HGSAVFGYEG W LAGYQMTF ...文字列:
MATHGQTCAR PMCIPPSYAD LGKAARDIFN KGFGFGLVKL DVKTKSCSGV EFSTSGSSNT DTGKVTGTLE TKYKWCEYGL TFTEKWNTD NTLGTEIAIE DQICQGLKLT FDTTFSPNTG KKSGKIKSSY KRECINLGCD VDFDFAGPAI HGSAVFGYEG W LAGYQMTF DSAKSKLTRN NFAVGYRTGD FQLHTNVNDG TEFGGSIYQK VCEDLDTSVN LAWTSGTNCT RFGIAAKYQL DP TASISAK VNNSSLIGVG YTQTLRPGVK LTLSALVDGK SINAGGHKVG LALELEA

UniProtKB: Non-selective voltage-gated ion channel VDAC2

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分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.926926 KDa
配列文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列:
MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog

+
分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.045318 KDa
配列文字列:
MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog

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分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.256473 KDa
配列文字列:
MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog

+
分子 #6: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.007988 KDa
配列文字列:
MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog

+
分子 #7: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.532528 KDa
配列文字列:
MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog

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分子 #8: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial

分子名称: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.561562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAVRQALGRG LQLGRALLLR FTGKPGRAYG LGRPGPAAGC VRGERPGWAA GPGAEPRRVG LGLPNRLRFF RQSVAGLAAR LQRQFVVRA WGCAGPCGRA VFLAFGLGLG LIEEKQAESR RAVSACQEIQ AIFTQKSKPG PDPLDTRRLQ GFRLEEYLIG Q SIGKGCSA ...文字列:
MAVRQALGRG LQLGRALLLR FTGKPGRAYG LGRPGPAAGC VRGERPGWAA GPGAEPRRVG LGLPNRLRFF RQSVAGLAAR LQRQFVVRA WGCAGPCGRA VFLAFGLGLG LIEEKQAESR RAVSACQEIQ AIFTQKSKPG PDPLDTRRLQ GFRLEEYLIG Q SIGKGCSA AVYEATMPTL PQNLEVTKST GLLPGRGPGT SAPGEGQERA PGAPAFPLAI KMMWNISAGS SSEAILNTMS QE LVPASRV ALAGEYGAVT YRKSKRGPKQ LAPHPNIIRV LRAFTSSVPL LPGALVDYPD VLPSRLHPEG LGHGRTLFLV MKN YPCTLR QYLCVNTPSP RLAAMMLLQL LEGVDHLVQQ GIAHRDLKSD NILVELDPDG CPWLVIADFG CCLADESIGL QLPF SSWYV DRGGNGCLMA PEVSTARPGP RAVIDYSKAD AWAVGAIAYE IFGLVNPFYG QGKAHLESRS YQEAQLPALP ESVPP DVRQ LVRALLQREA SKRPSARVAA NVLHLSLWGE HILALKNLKL DKMVGWLLQQ SAATLLANRL TEKCCVETKM KMLFLA NLE CETLCQAALL LCSWRAALDY KDHDGDYKDH DIDYKDDDDK

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial

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分子 #9: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 17 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 347000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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