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- EMDB-47950: Cryo-EM structure of the ONO2550289-bound prostaglandin D2 recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47950
タイトルCryo-EM structure of the ONO2550289-bound prostaglandin D2 receptor (DP1)-bRIL-Fab complex
マップデータstructure of the ONO2550289-bound prostaglandin D2 receptor (DP1)-bRIL-Fab complex
試料
  • 複合体: ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody synthetic construct
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin D2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: [2-chloro-5-(2,6-dimethyl-4-{[(2S)-4-methyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl]methoxy}benzamido)phenyl]acetic acid
キーワードGPCR / cryo-EM / DP1 / inverse agonist / ONO2550289 / prostaglandin D2 receptor / prostanoid DP receptor / PGD receptor / PTGDR / DP1-bRIL chimera / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / Prostanoid ligand receptors / adenosine metabolic process / cellular response to prostaglandin D stimulus / male sex determination / sleep / mast cell degranulation / electron transport chain / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration ...prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / Prostanoid ligand receptors / adenosine metabolic process / cellular response to prostaglandin D stimulus / male sex determination / sleep / mast cell degranulation / electron transport chain / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostaglandin D receptor / Prostanoid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Prostaglandin D2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Davoudinasab B / Cherezov V / Han GW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127086 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into mechanism of activation and deactivation of prostaglandin receptors
著者: Davoudinasab B / Han GW / Cherezov V
履歴
登録2024年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of the ONO2550289-bound prostaglandin D2 receptor (DP1)-bRIL-Fab complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 336 pix.
= 288.96 Å		0.86 Å/pix.
x 336 pix.
= 288.96 Å		0.86 Å/pix.
x 336 pix.
= 288.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.7
最小 - 最大-63.480953 - 85.394090000000006
平均 (標準偏差)-0.0080602905 (±1.2676426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 288.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47950_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47950_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex

全体名称: ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex
要素
  • 複合体: ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody synthetic construct
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Prostaglandin D2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: [2-chloro-5-(2,6-dimethyl-4-{[(2S)-4-methyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl]methoxy}benzamido)phenyl]acetic acid

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超分子 #1: ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex

超分子名称: ONO2550289 bound to DP1bRIL-BAG2Fab-Nb complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: anti-BRIL Fab Heavy Chain

分子名称: anti-BRIL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.321084 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK S

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分子 #2: anti-Fab Nanobody synthetic construct

分子名称: anti-Fab Nanobody synthetic construct / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.390644 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #3: anti-BRIL Fab Light Chain

分子名称: anti-BRIL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.353947 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRG

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分子 #4: Prostaglandin D2 receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Prostaglandin D2 receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.687906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDGAPMKSP FYRCQNTTSV EKGNSAVMGG VLFSTGLLGN LLALGLLARS GLGWCSRRPL RPLPSVFYM LVCGLTVTDL LGKCLLSPVV LAAYAQNRSL RVLAPALDNS LCQAFAFFMS FFGLSSTLQL LAMALERWLS L GHPFFYRR ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDGAPMKSP FYRCQNTTSV EKGNSAVMGG VLFSTGLLGN LLALGLLARS GLGWCSRRPL RPLPSVFYM LVCGLTVTDL LGKCLLSPVV LAAYAQNRSL RVLAPALDNS LCQAFAFFMS FFGLSSTLQL LAMALERWLS L GHPFFYRR HITLRLGALV APVVSAFSLA FCALPFMGFG KFVQYCPGTW CFIQMVHEEG SLSVLGYSVL YSSLMALLVL AT VLCNLGA MRNLYAMHRR LQADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDF RHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLE RARSTLLEEL DALLLLALMT VLFTMCSLPV IYRA YYGAF KDVKEKNRTS EEAEDLRALR FLSVISIVNP WIFIIFRSPV FRIFFHKIFI RPLRYRSRCS NSTNMESSLG RPLEV LFQG PHHHHHHHHH H

UniProtKB: Prostaglandin D2 receptor, Soluble cytochrome b562, Prostaglandin D2 receptor

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分子 #5: [2-chloro-5-(2,6-dimethyl-4-{[(2S)-4-methyl-3,4-dihydro-2H-1,4-be...

分子名称: [2-chloro-5-(2,6-dimethyl-4-{[(2S)-4-methyl-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl]methoxy}benzamido)phenyl]acetic acid
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1BIL
分子量理論値: 494.967 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ww2


詳細: DP1: AlphaFold2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 415106
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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