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万見
- EMDB-47939: Active state of mTOR on membrane -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47939
タイトルActive state of mTOR on membrane
マップデータ
試料
  • 複合体: The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein Rheb
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
キーワードmTORC1 / cell growth / signaling protein / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex ...regulation of type B pancreatic cell development / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / negative regulation of lysosome organization / heart valve morphogenesis / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of osteoclast differentiation / regulation of lysosome organization / MTOR signalling / cellular response to nutrient / cellular response to L-leucine / energy reserve metabolic process / Amino acids regulate mTORC1 / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / cellular response to methionine / negative regulation of cell size / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to osmotic stress / negative regulation of protein localization to nucleus / anoikis / inositol hexakisphosphate binding / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of macroautophagy / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cell size / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / positive regulation of actin filament polymerization / germ cell development / TOR signaling / behavioral response to pain / mTORC1-mediated signalling / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / protein kinase activator activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of TOR signaling / regulation of macroautophagy / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / positive regulation of lipid biosynthetic process / heart morphogenesis / cellular response to nutrient levels / neuronal action potential / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / T cell costimulation / positive regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton organization / positive regulation of TORC1 signaling / endomembrane system / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of translation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of glycolytic process / cellular response to starvation / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / VEGFR2 mediated vascular permeability / post-embryonic development / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of actin cytoskeleton organization / spliceosomal complex / cellular response to amino acid stimulus / non-specific protein-tyrosine kinase / macroautophagy / phosphoprotein binding / response to nutrient levels
類似検索 - 分子機能
Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats ...Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / GTP-binding protein Rheb / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Cui Z / Hurley J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA285366 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural basis for mTORC1 activation on the lysosomal membrane.
著者: Zhicheng Cui / Alessandra Esposito / Gennaro Napolitano / Andrea Ballabio / James H Hurley /
要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) integrates growth factor (GF) and nutrient signals to stimulate anabolic processes connected to cell growth and inhibit catabolic processes such ...The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) integrates growth factor (GF) and nutrient signals to stimulate anabolic processes connected to cell growth and inhibit catabolic processes such as autophagy. GF signalling through the tuberous sclerosis complex regulates the lysosomally localized small GTPase RAS homologue enriched in brain (RHEB). Direct binding of RHEB-GTP to the mTOR kinase subunit of mTORC1 allosterically activates the kinase by inducing a large-scale conformational change. Here we reconstituted mTORC1 activation on membranes by RHEB, RAGs and Ragulator. Cryo-electron microscopy showed that RAPTOR and mTOR interact directly with the membrane. Full engagement of the membrane anchors is required for optimal alignment of the catalytic residues in the mTOR kinase active site. Converging signals from GFs and nutrients drive mTORC1 recruitment to and activation on lysosomal membrane in a four-step process, consisting of (1) RAG-Ragulator-driven recruitment to within ~100 Å of the lysosomal membrane; (2) RHEB-driven recruitment to within ~40 Å; (3) RAPTOR-membrane engagement and intermediate enzyme activation; and (4) mTOR-membrane engagement and full enzyme activation. RHEB and membrane engagement combined leads to full catalytic activation and structurally explains GF and nutrient signal integration at the lysosome.
履歴
登録2024年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 465.92 Å		1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 465.92 Å		1.04 Å/pix.
x 448 pix.
= 465.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.66527367 - 1.123299
平均 (標準偏差)-0.00020503622 (±0.021770427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 465.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47939_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47939_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane

全体名称: The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane
要素
  • 複合体: The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein Rheb
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

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超分子 #1: The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane

超分子名称: The mTORC1-Rag-Ragulator-4EBP1 complex on membrane / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 289.257969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA VLVLRELAIS VPTFFFQQVQ PFFDNIFVAV WDPKQAIREG AVAALRACLI LTTQREPKEM QKPQWYRHTF EE AEKGFDE TLAKEKGMNR DDRIHGALLI LNELVRISSM EGERLREEME EITQQQLVHD KYCKDLMGFG TKPRHITPFT SFQ AVQPQQ SNALVGLLGY SSHQGLMGFG TSPSPAKSTL VESRCCRDLM EEKFDQVCQW VLKCRNSKNS LIQMTILNLL PRLA AFRPS AFTDTQYLQD TMNHVLSCVK KEKERTAAFQ ALGLLSVAVR SEFKVYLPRV LDIIRAALPP KDFAHKRQKA MQVDA TVFT CISMLARAMG PGIQQDIKEL LEPMLAVGLS PALTAVLYDL SRQIPQLKKD IQDGLLKMLS LVLMHKPLRH PGMPKG LAH QLASPGLTTL PEASDVGSIT LALRTLGSFE FEGHSLTQFV RHCADHFLNS EHKEIRMEAA RTCSRLLTPS IHLISGH AH VVSQTAVQVV ADVLSKLLVV GITDPDPDIR YCVLASLDER FDAHLAQAEN LQALFVALND QVFEIRELAI CTVGRLSS M NPAFVMPFLR KMLIQILTEL EHSGIGRIKE QSARMLGHLV SNAPRLIRPY MEPILKALIL KLKDPDPDPN PGVINNVLA TIGELAQVSG LEMRKWVDEL FIIIMDMLQD SSLLAKRQVA LWTLGQLVAS TGYVVEPYRK YPTLLEVLLN FLKTEQNQGT RREAIRVLG LLGALDPYKH KVNIGMIDQS RDASAVSLSE SKSSQDSSDY STSEMLVNMG NLPLDEFYPA VSMVALMRIF R DQSLSHHH TMVVQAITFI FKSLGLKCVQ FLPQVMPTFL NVIRVCDGAI REFLFQQLGM LVSFVKSHIR PYMDEIVTLM RE FWVMNTS IQSTIILLIE QIVVALGGEF KLYLPQLIPH MLRVFMHDNS PGRIVSIKLL AAIQLFGANL DDYLHLLLPP IVK LFDAPE APLPSRKAAL ETVDRLTESL DFTDYASRII HPIVRTLDQS PELRSTAMDT LSSLVFQLGK KYQIFIPMVN KVLV RHRIN HQRYDVLICR IVKGYTLADE EEDPLIYQHR MLRSGQGDAL ASGPVETGPM KKLHVSTINL QKAWGAARRV SKDDW LEWL RRLSLELLKD SSSPSLRSCW ALAQAYNPMA RDLFNAAFVS CWSELNEDQQ DELIRSIELA LTSQDIAEVT QTLLNL AEF MEHSDKGPLP LRDDNGIVLL GERAAKCRAY AKALHYKELE FQKGPTPAIL ESLISINNKL QQPEAAAGVL EYAMKHF GE LEIQATWYEK LHEWEDALVA YDKKMDTNKD DPELMLGRMR CLEALGEWGQ LHQQCCEKWT LVNDETQAKM ARMAAAAA W GLGQWDSMEE YTCMIPRDTH DGAFYRAVLA LHQDLFSLAQ QCIDKARDLL DAELTAMAGE SYSRAYGAMV SCHMLSELE EVIQYKLVPE RREIIRQIWW ERLQGCQRIV EDWQKILMVR SLVVSPHEDM RTWLKYASLC GKSGRLALAH KTLVLLLGVD PSRQLDHPL PTVHPQVTYA YMKNMWKSAR KIDAFQHMQH FVQTMQQQAQ HAIATEDQQH KQELHKLMAR CFLKLGEWQL N LQGINEST IPKVLQYYSA ATEHDRSWYK AWHAWAVMNF EAVLHYKHQN QARDEKKKLR HASGANITNA TTAATTAATA TT TASTEGS NSESEAESTE NSPTPSPLQK KVTEDLSKTL LMYTVPAVQG FFRSISLSRG NNLQDTLRVL TLWFDYGHWP DVN EALVEG VKAIQIDTWL QVIPQLIARI DTPRPLVGRL IHQLLTDIGR YHPQALIYPL TVASKSTTTA RHNAANKILK NMCE HSNTL VQQAMMVSEE LIRVAILWHE MWHEGLEEAS RLYFGERNVK GMFEVLEPLH AMMERGPQTL KETSFNQAYG RDLME AQEW CRKYMKSGNV KDLTQAWDLY YHVFRRISKQ LPQLTSLELQ YVSPKLLMCR DLELAVPGTY DPNQPIIRIQ SIAPSL QVI TSKQRPRKLT LMGSNGHEFV FLLKGHEDLR QDERVMQLFG LVNTLLANDP TSLRKNLSIQ RYAVIPLSTN SGLIGWV PH CDTLHALIRD YREKKKILLN IEHRIMLRMA PDYDHLTLMQ KVEVFEHAVN NTAGDDLAKL LWLKSPSSEV WFDRRTNY T RSLAVMSMVG YILGLGDRHP SNLMLDRLSG KILHIDFGDC FEVAMTREKF PEKIPFRLTR MLTNAMEVTG LDGNYRITC HTVMEVLREH KDSVMAVLEA FVYDPLLNWR LMDTNTKGNK RSRTRTDSYS AGQSVEILDG VELGEPAHKK TGTTVPESIH SFIGDGLVK PEALNKKAIQ IINRVRDKLT GRDFSHDDTL DVPTQVELLI KQATSHENLC QCYIGWCPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase mTOR

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.91009 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE PEVSITSAHI DPDASYMAAV NSTGNCYVWN LTGGIGDEVT QLIPKTKIPA HTRYALQCRF SPDSTLLATC SA DQTCKIW RTSNFSLMTE LSIKSGNPGE SSRGWMWGCA FSGDSQYIVT ASSDNLARLW CVETGEIKRE YGGHQKAVVC LAF NDSVLG

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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分子 #3: GTP-binding protein Rheb

分子名称: GTP-binding protein Rheb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.519449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPQSKSRKIA ILGYRSVGKS SLTIQFVEGQ FVDSYDPTIE NTFTKLITVN GQEYHLQLVD TAGQDEYSIF PQTYSIDING YILVYSVTS IKSFEVIKVI HGKLLDMVGK VQIPIMLVGN KKDLHMERVI SYEEGKALAE SWNAAFLESS AKENQTAVDV F RRIILEAE KMDGAASQGK SSCSVM

UniProtKB: GTP-binding protein Rheb

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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分子 #7: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

分子名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GSP
分子量理論値: 539.246 Da
Chemical component information

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab-initio reconstruction by cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 詳細: symmetry-expanded particles / 使用した粒子像数: 133693
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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