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万見
- EMDB-47892: Wild-type EsCas13d binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47892
タイトルWild-type EsCas13d binary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target
    • RNA: crRNA
    • タンパク質・ペプチド: EsCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas13 / CRISPR / HEPN / RNA nuclease / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種[Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Chou CW / Finkelstein IJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1808 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Target Discrimination and Activation by Cas13d
著者: Chou CW / Finkelstein IJ
履歴
登録2024年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 291.6 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 291.6 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 291.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.001219263 - 2.5970385
平均 (標準偏差)0.0019853783 (±0.035014715)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 291.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47892_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47892_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target

全体名称: The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target
要素
  • 複合体: The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target
    • RNA: crRNA
    • タンパク質・ペプチド: EsCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target

超分子名称: The active state of EsCas13d protein with crRNA and matched target
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
分子量理論値: 135 KDa

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分子 #1: EsCas13d

分子名称: EsCas13d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
分子量理論値: 110.828938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGKKIHARDL REQRKTDRTE KFADQNKKRE AERAVPKKDA AVSVKSVSSV SSKKDNVTKS MAKAAGVKSV FAVGNTVYMT SFGRGNDAV LEQKIVDTSH EPLNIDDPAY QLNVVTMNGY SVTGHRGETV SAVTDNPLRR FNGRKKDEPE QSVPTDMLCL K PTLEKKFF ...文字列:
MGKKIHARDL REQRKTDRTE KFADQNKKRE AERAVPKKDA AVSVKSVSSV SSKKDNVTKS MAKAAGVKSV FAVGNTVYMT SFGRGNDAV LEQKIVDTSH EPLNIDDPAY QLNVVTMNGY SVTGHRGETV SAVTDNPLRR FNGRKKDEPE QSVPTDMLCL K PTLEKKFF GKEFDDNIHI QLIYNILDIE KILAVYSTNA IYALNNMSAD ENIENSDFFM KRTTDETFDD FEKKKESTNS RE KADFDAF EKFIGNYRLA YFADAFYVNK KNPKGKAKNV LREDKELYSV LTLIGKLRHW CVHSEEGRAE FWLYKLDELK DDF KNVLDV VYNRPVEEIN NRFIENNKVN IQILGSVYKN TDIAELVRSY YEFLITKKYK NMGFSIKKLR ESMLEGKGYA DKEY DSVRN KLYQMTDFIL YTGYINEDSD RADDLVNTLR SSLKEDDKTT VYCKEADYLW KKYRESIREV ADALDGDNIK KLSKS NIEI QEDKLRKCFI SYADSVSEFT KLIYLLTRFL SGKEINDLVT TLINKFDNIR SFLEIMDELG LDRTFTAEYS FFEGST KYL AELVELNSFV KSCSFDINAK RTMYRDALDI LGIESDKTEE DIEKMIDNIL QIDANGDKKL KKNNGLRNFI ASNVIDS NR FKYLVRYGNP KKIRETAKCK PAVRFVLNEI PDAQIERYYE ACCPKNTALC SANKRREKLA DMIAEIKFEN FSDAGNYQ K ANVTSRTSEA EIKRKNQAII RLYLTVMYIM LKNLVNVNAR YVIAFHCVER DTKLYAESGL EVGNIEKNKT NLTMAVMGV KLENGIIKTE FDKSFAENAA NRYLRNARWY KLILDNLKKS ERAVVNEFRN TVCHLNAIRN ININIKEIKE VENYFALYHY LIQKHLENR FADKKVERDT GDFISKLEEH KTYCKDFVKA YCTPFGYNLV RYKNLTIDGL FDKNYPGKDD SDEQK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
分子量理論値: 16.739029 KDa
配列文字列:
CACCCGUGCA AAAAUGCAGG GGUCUAAAAC UGAGCGGAUA ACCUCUCUAU GG

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.135 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6e9e

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192389
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 50000

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ebu:
Wild-type EsCas13d binary complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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