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- EMDB-4788: D. melanogaster CMG-DNA with ATP, State 2B -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4788
タイトルD. melanogaster CMG-DNA with ATP, State 2B
マップデータState 2B, sharpened map (RELION PostProcess)
試料
  • 複合体: CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B
    • 複合体: CMG helicase
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication ...Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / chromosome condensation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA helicase activity / mitotic spindle organization / regulation of DNA-templated transcription elongation / meiotic cell cycle / helicase activity / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain ...GINS/PriA/YqbF domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CDC45L / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor Mcm5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication licensing factor Mcm7 / DNA replication licensing factor Mcm3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Eickhoff P / Martino F / Locke J / Nans A / Costa A
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for ATP-Hydrolysis-Driven DNA Translocation by the CMG Helicase of the Eukaryotic Replisome.
著者: Patrik Eickhoff / Hazal B Kose / Fabrizio Martino / Tatjana Petojevic / Ferdos Abid Ali / Julia Locke / Nele Tamberg / Andrea Nans / James M Berger / Michael R Botchan / Hasan Yardimci / Alessandro Costa /
要旨: In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single- ...In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single-stranded DNA through its central channel. Not all six ATPase sites are required for unwinding; however, the helicase mechanism is unknown. We imaged ATP-hydrolysis-driven translocation of the CMG using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and found that the six MCM subunits engage DNA using four neighboring protomers at a time, with ATP binding promoting DNA engagement. Morphing between different helicase states leads us to suggest a non-symmetric hand-over-hand rotary mechanism, explaining the asymmetric requirements of ATPase function around the MCM ring of the CMG. By imaging of a higher-order replisome assembly, we find that the Mrc1-Csm3-Tof1 fork-stabilization complex strengthens the interaction between parental duplex DNA and the CMG at the fork, which might support the coupling between DNA translocation and fork unwinding.
履歴
登録2019年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6raz
  • 表面レベル: 0.0045
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State 2B, sharpened map (RELION PostProcess)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0045 / ムービー #1: 0.0045
最小 - 最大-0.026608033 - 0.03887743
平均 (標準偏差)3.5806588e-05 (±0.00095414877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0270.0390.000

-
添付データ

-
追加マップ: State 2B, non-sharpened map (RELION Refine3D)

ファイルemd_4788_additional.map
注釈State 2B, non-sharpened map (RELION Refine3D)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: State 2B, half-map 2 (RELION Refine3D)

ファイルemd_4788_half_map_1.map
注釈State 2B, half-map 2 (RELION Refine3D)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: State 2B, half-map 1 (RELION Refine3D)

ファイルemd_4788_half_map_2.map
注釈State 2B, half-map 1 (RELION Refine3D)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B

全体名称: CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B
要素
  • 複合体: CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B
    • 複合体: CMG helicase
      • タンパク質・ペプチド: CDC45L
      • タンパク質・ペプチド: IP07275p
      • タンパク質・ペプチド: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
      • タンパク質・ペプチド: AT18545p
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm6
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm7
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA
      • DNA: DNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B

超分子名称: CMG helicase bound to forked DNA in the presence of ATP, State 2B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13

+
超分子 #2: CMG helicase

超分子名称: CMG helicase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#13
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.389149 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)

+
分子 #2: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 573.43 Da
配列文字列:
(DG)(DC)

+
分子 #3: CDC45L

分子名称: CDC45L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 65.968789 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFVQDLRNDF YRQLVGKRIL IVVNYDIDAI CASRILQALF KYDHMLYTVV PIMGVTGLKR AYGEHQGDVK YVVLVNCGGC VDIVELLQP SDDVTFFICD SHRPLDVCNI YSDRQVCILG DASLEENIPA FETIFYDSEG EDEDEDESSD TEQQHDDSGA G ESDQEDQA ...文字列:
MFVQDLRNDF YRQLVGKRIL IVVNYDIDAI CASRILQALF KYDHMLYTVV PIMGVTGLKR AYGEHQGDVK YVVLVNCGGC VDIVELLQP SDDVTFFICD SHRPLDVCNI YSDRQVCILG DASLEENIPA FETIFYDSEG EDEDEDESSD TEQQHDDSGA G ESDQEDQA PRSRKLSRLE RHEQRILKQR ARRQWESERD RIMFEYTQFS YYGRSAALMV FELAWKLSKD NMDLLWWAIV GI TEQLLLG KIESGAYTLE LEQIQSHVSR LTNKTNDQNT MSASKITFEN DLHLVLYRHW PVTESMRYSR YSSCQLKLWT LRG EKRLHE LLLEMGLPLV HARQTYGAMD LVLRKEFFSM VERLAEKYDI ADIVYGTFTL SYGYRSRYAA ADYVYALLAI MESV KKHKT PEDCFLEASD ALSRQHKQLL SAGIDQAKLL HAAVFRQVQS SLEARQVHSA GSFFYYVLQE EHAFFSYPYA LGLLA RFLL RGHVATSRAR QASDLPLIAS CPLNASEGMC LLVGIVPVRE DSPRNFFGKA FEQAAQKSGV ALLQDFFEPA VVQLRQ SDL TRFLDSLTVL LA

+
分子 #4: IP07275p

分子名称: IP07275p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 23.333693 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRQTKMFGE KAFDLLKELE RSSQTIPAFD DDGVRQVLEE IKAIFEENVA QASSYNASGD RSLWPLLNFR HAALQRNKRC LLAYLYERC RRIKALRWEF GPIIPGDIKQ ALCEPEVTFF NNYSKSLAAY MCSAGYNQGL PIDLTNNLRP PKSLYIEVRC M EDYGKFEL ...文字列:
MSRQTKMFGE KAFDLLKELE RSSQTIPAFD DDGVRQVLEE IKAIFEENVA QASSYNASGD RSLWPLLNFR HAALQRNKRC LLAYLYERC RRIKALRWEF GPIIPGDIKQ ALCEPEVTFF NNYSKSLAAY MCSAGYNQGL PIDLTNNLRP PKSLYIEVRC M EDYGKFEL DDGEVIHLKK NSQHYLPRAQ VESLVRQGIL HHIA

+
分子 #5: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 23.141781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDPSIIEFIG EKCMISIIPN FSNEPLHLIY GPVGPFRAGF PVFVPLWMAT HLRKQQKCRI VPPEWMDMDI LEEIKEEEKR SKFFTKMPC EHYMVVAQLV MSTAPDDVPR CEELRTVIKD IFDIRESKLR TSIDAFIKGE GTYAKLDNLT LLEIHSVRPI L PYSLDHIA ...文字列:
MDPSIIEFIG EKCMISIIPN FSNEPLHLIY GPVGPFRAGF PVFVPLWMAT HLRKQQKCRI VPPEWMDMDI LEEIKEEEKR SKFFTKMPC EHYMVVAQLV MSTAPDDVPR CEELRTVIKD IFDIRESKLR TSIDAFIKGE GTYAKLDNLT LLEIHSVRPI L PYSLDHIA RYQRTATASQ RDTSMLSASM AGSSSGPNSN SLFSQ

+
分子 #6: AT18545p

分子名称: AT18545p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 24.829984 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNGMNYFPNY YSIEDIFVTQ EKVECRVNTK LQRMGFLDSG AESDDLEPGR TVNLPLWYIK ELKVNNAYFT VAVPDIYRNV HKAVCEAET THIELGRLHP YFYEFGRYLT PYDRNHVIGR IIFETLRQRV RHLLDISKSD GQAAKAEHRL DNIEAKLHEA G VRTNSQYI ...文字列:
MNGMNYFPNY YSIEDIFVTQ EKVECRVNTK LQRMGFLDSG AESDDLEPGR TVNLPLWYIK ELKVNNAYFT VAVPDIYRNV HKAVCEAET THIELGRLHP YFYEFGRYLT PYDRNHVIGR IIFETLRQRV RHLLDISKSD GQAAKAEHRL DNIEAKLHEA G VRTNSQYI EWLQMTGNKI RTSELVEEHQ KKRRRADRSD DEGDALPNSK RATL

+
分子 #7: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 26.148234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDVEDVPET QLEIDVSDGA GLEDEDDDDM EQITAQKVLE IIETAWINEM CAPEILPSQT DMLELMVSQV AHMEEQMRDL DKNDFRAVV HSMELERVRY IMASYLRCRL QKIETFTQHI LNQEESREPD DKRLSPEETK FAQEFASNVD EYFHKVATQY M PNQQRGEA ...文字列:
MSDVEDVPET QLEIDVSDGA GLEDEDDDDM EQITAQKVLE IIETAWINEM CAPEILPSQT DMLELMVSQV AHMEEQMRDL DKNDFRAVV HSMELERVRY IMASYLRCRL QKIETFTQHI LNQEESREPD DKRLSPEETK FAQEFASNVD EYFHKVATQY M PNQQRGEA EQRIVTPNLM SHVFLKANVA VPAVIVGVDD EEVDMAAGSQ HIIPYQLVAD LIQNNQAQLI

+
分子 #8: DNA replication licensing factor Mcm2

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 100.537438 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDNPSSPPPN TPSDAAERRD LRAAMTSPVG DFEPFENEDE ILGDQTVRDE AEEEDGEELF GDNMENDYRP MPELDHYDPA LLDDEDDFS EMSQGDRFAA ESEMRRRDRA AGIHRDDRDL GFGQSDDEDD VGPRAKRRAG EKAAVGEVED TEMVESIENL E DTKGHSTK ...文字列:
MDNPSSPPPN TPSDAAERRD LRAAMTSPVG DFEPFENEDE ILGDQTVRDE AEEEDGEELF GDNMENDYRP MPELDHYDPA LLDDEDDFS EMSQGDRFAA ESEMRRRDRA AGIHRDDRDL GFGQSDDEDD VGPRAKRRAG EKAAVGEVED TEMVESIENL E DTKGHSTK EWVSMLGPRT EIANRFQSFL RTFVDERGAY TYRDRIRRMC EQNMSSFVVS YTDLANKEHV LAYFLPEAPF QM LEIFDKV AKDMVLSIFP TYERVTTEIH VRISELPLIE ELRTFRKLHL NQLVRTLGVV TATTGVLPQL SVIKYDCVKC GYV LGPFVQ SQNTEIKPGS CPECQSTGPF SINMEQTLYR NYQKITLQES PGRIPAGRIP RSKDVILLAD LCDQCKPGDE LEVT GIYTN NYDGSLNTDQ GFPVFATVII ANHVVVKDSK QVVQSLTDED IATIQKLSKD PRIVERVVAS MAPSIYGHDY IKRAL ALAL FGGESKNPGE KHKVRGDINL LICGDPGTAK SQFLKYTEKV APRAVFTTGQ GASAVGLTAY VRRNPVSREW TLEAGA LVL ADQGVCLIDE FDKMNDQDRT SIHEAMEQQS ISISKAGIVT SLQARCTVIA AANPIGGRYD PSMTFSENVN LSEPILS RF DVLCVVKDEF DPMQDQQLAK FVVHSHMKHH PSEEEQPELE EPQLKTVDEI PQDLLRQYIV YAKENIRPKL TNIDEDKI A KMYAQLRQES FATGSLPITV RHIESVIRMS EAHARMHLRE NVMEADVSMA IRMMLESFIE AQKFSVMKKM RSTFQKYLS FQKDHSELLF FILRQLTLDQ LAYIRCKDGP GATHVEIMER DLIERAKQLD IVNLKPFYES DLFRTNGFSY DPKRRIILQI VVDGNTA

+
分子 #9: DNA replication licensing factor Mcm5

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 82.37532 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEGFDDAGVF FSDNFGGDNQ QDAQINLQAV KKKYKEFIRT FNEENFFYKY RDTLKRNYLN GRYFLEIEME DLVGFDETLA DKLNKQPTE HLEIFEEAAR EVADEITAPR PEHEEHMHDI QILLSSNANP TNIRQLKSDC VSKLVKIAGI IVAASGISAK A TRMSIQCL ...文字列:
MEGFDDAGVF FSDNFGGDNQ QDAQINLQAV KKKYKEFIRT FNEENFFYKY RDTLKRNYLN GRYFLEIEME DLVGFDETLA DKLNKQPTE HLEIFEEAAR EVADEITAPR PEHEEHMHDI QILLSSNANP TNIRQLKSDC VSKLVKIAGI IVAASGISAK A TRMSIQCL SCSTVIPNLK VNPGLEGYAL PRKCNTEQAG RPKCPLDPFF IMPDKCKCVD FQTLKLQELP DFVPQGEIPR HL QLFCDRS LCERVVPGNR VLIQGIYSIR KVGKPSRRDG REKAVVGVRA PYMRVVGITV DSEGAGAISR YSNITSDEEE HFR RMAASG DIYERLSQSL APSIFGSRDI KKAITCMLFG GSRKRLPDGL CRRGDINVLL LGDPGTAKSQ LLKFVEKVAP IAVY TSGKG SSAAGLTASV MKDPQTRNFV MEGGAMVLAD GGVVCIDEFD KMREDDRVAI HEAMEQQTIS IAKAGITTTL NSRCS VLAA ANSIFGRWDD TKGEENIDFM PTILSRFDMI FIVKDIHDES RDITLAKHII NVHLSSNKSA PSEPAEGEIS LSTFKK YIH YCRTHCGPRL SEAAGEKLKS RYVLMRSGAG QQEKASDKRL SIPITVRQLE AVIRISESLA KIRLQPFATD EHVNEAL RL FQVSTLDAAM TGSLAGAEGF TTEEDQETLN RIEKQLKRRF AIGSQVSEQN ILQDFLRQKY EERTVMKVIH TMIRRGEL Q HRMQRKMLYR IC

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分子 #10: DNA replication licensing factor Mcm6

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 92.46782 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVADAQVGQ LRVKDEVGIR AQKLFQDFLE EFKEDGEIKY TRPAASLESP DRCTLEVSFE DVEKYDQNLA TAIIEEYYHI YPFLCQSVS NYVKDRIGLK TQKDCYVAFT EVPTRHKVRD LTTSKIGTLI RISGQVVRTH PVHPELVSGV FMCLDCQTEI R NVEQQFKF ...文字列:
MDVADAQVGQ LRVKDEVGIR AQKLFQDFLE EFKEDGEIKY TRPAASLESP DRCTLEVSFE DVEKYDQNLA TAIIEEYYHI YPFLCQSVS NYVKDRIGLK TQKDCYVAFT EVPTRHKVRD LTTSKIGTLI RISGQVVRTH PVHPELVSGV FMCLDCQTEI R NVEQQFKF TNPTICRNPV CSNRKRFMLD VEKSLFLDFQ KIRIQETQAE LPRGCIPRAV EIILRSELVE TVQAGDRYDF TG TLIVVPD VSVLAGVGTR AENSSRHKPG EGMDGVTGLK ALGMRELNYR MAFLACSVQA TTARFGGTDL PMSEVTAEDM KKQ MTDAEW HKIYEMSKDR NLYQNLISSL FPSIYGNDEV KRGILLQQFG GVAKTTTEKT SLRGDINVCI VGDPSTAKSQ FLKQ VSDFS PRAIYTSGKA SSAAGLTAAV VRDEESFDFV IEAGALMLAD NGICCIDEFD KMDQRDQVAI HEAMEQQTIS IARAG VRAT LNARTSILAA ANPINGRYDR SKSLQQNIQL SAPIMSRFDL FFILVDECNE VVDYAIARKI VDLHSNIEES VERAYT REE VLRYVTFARQ FKPVISQEAG HMLVENYGHL RQRDTGTSGR STWRITVRQL ESMIRLSEAM AKLECSNRVL ERHVKEA FR LLNKSIIRVE QPDIHLDDDE GLDMDDGIQH DIDMENNGAA ANVDENNGMD TSASGAVQKK KFTLSFEDYK NLSTMLVL H MRAEEARCEV EGNDTGIKRS NVVTWYLEQV ADQIESEDEL ISRKNLIEKL IDRLIYHDQV IIPLKTSTLK PRIQVQKDF VEEDDPLLVV HPNYVVE

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分子 #11: DNA replication licensing factor Mcm3

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 91.045164 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAHEGEQFIK DIQREYVDFL DDEEDQGIYA GHVKDMIAEK SKRLIVNVND LKRKNPQRAL GLLSNAADEQ LAFGRALKEY ASTVDPGYA KMHEDLFVGF EGCFGNRHVT PRSLTSIYLG NMVCVEGIVT KVSLIRPKVV RSVHYCPNTR KVMERKYTDL T SFEAVPSG ...文字列:
MAHEGEQFIK DIQREYVDFL DDEEDQGIYA GHVKDMIAEK SKRLIVNVND LKRKNPQRAL GLLSNAADEQ LAFGRALKEY ASTVDPGYA KMHEDLFVGF EGCFGNRHVT PRSLTSIYLG NMVCVEGIVT KVSLIRPKVV RSVHYCPNTR KVMERKYTDL T SFEAVPSG AAYPTKDEDG NLLETEYGLS VYKDHQTLTI QEMPEKAPAG QLPRSVDIVC DDDLVDRCKP GDRVQIVGSY RC LPGKRGG YTSGTFRTVL LANNISLLSK ESNLDISRED IMLCKKLAKN NDIFELLSKS LAPSIHGHAY VKQAILCLLL GGV EKILPN GTRLRGDINV LLIGDPSVAK SQLLRYVLNT APRAIPTTGR GSSGVGLTAA VTTDQETGER RLEAGAMVLA DRGV VCIDE FDKMSDIDRT AIHEVMEQGR VTISKAGIHA SLNARCSVLA AANPVYGRYD QYKTPMENIG LQDSLLSRFD LLFVM LDVI DSDVDQMISD HVVRMHRYRN PKEADGEPLS MGSSYADSLS FVSSSEEKKD TEVYEKYDAL LHGKSRQRHE KILSVE FMR KYIHIAKCMK PKLGEQACEA IANEYSRLRS QEAVETDVAR TQPITARTLE TLIRLSTAHA RARMSKSVTI DDAHAAI EL VQFAYFKKVL DKDRPSKRRR NSGSDAEDDN GEASSQRSPS RRSKRTRTAT VGADSDEEDI EPPQPDAGDL TRRETRRS L PARSVAMLMA SPSSEEQSVA TSTTEPAIIS DARLGEFKNN LQRLFREARE QSLALARITT AINVGSQEPF TAGEIEAAV HRMTEDNQIM VADDIVFLI

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分子 #12: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 96.735094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSPARSPSV GGATPKQGAR TPTRGIASQD VETPMRMGPG RAVRPSDNIS LPPTSPGNIS LPATSPARGL GANMSEIDLS SPLNYGTPS SMGSIRTPRS GIRGTPLRAR PDIRTDKRIR QVAIGGGSGL EPIPEKGSET TDPVSESSQA PQLVVWGTNV V VSQCKSKF ...文字列:
MSSPARSPSV GGATPKQGAR TPTRGIASQD VETPMRMGPG RAVRPSDNIS LPPTSPGNIS LPATSPARGL GANMSEIDLS SPLNYGTPS SMGSIRTPRS GIRGTPLRAR PDIRTDKRIR QVAIGGGSGL EPIPEKGSET TDPVSESSQA PQLVVWGTNV V VSQCKSKF KSFIMRFIDP SAEQDEISEN IDVNQPLYLQ KLEEIHTLEE PYLNLNCAHL KTFDQDLYRQ LICYPQEVIP GF DMAINEM FFERYPAALL EHQIQVRPFN ADKTRNMRSL NPEDMDQLIS ISGMVIRSSN VIPEMREAFF SCNICSFSTT VEV DRGRIN QPTLCTNCNT NHCFRLIHNR SEFTDKQLVK LQESPDDMAA GQTPHNVLLY AHNDLVDKVQ PGDRVTVTGI YRAT PLKTG GLSSSVKSVY KTHVDVVHFR KVDNKRLYED EEGKDHIFPP ERVELLQLLA KKPDIYDRLA RAIAPSIYEN DDIKK GILL QLFGGTKKKH ATLGRQNFRS EIHLLLCGDP GTSKSQMLQY VFNLVPRSQY TSGRGSSAVG LTAYVTKDPE TRQLVL QTG ALVLADNGVC CIDEFDKMND STRSVLHEVM EQQTLSIAKA GIICQLNART SILAAANPAE SQWNKRKNII DNVQLPH TL LSRFDLIFLV LDPQDEIFDK RLASHLVSLY YVTRHEEEDT MFDMSVLRDY IAYAREHLSP TLSDEAQQRL IQAYVDMR K VGAGRGQISA YPRQLESLIR LSEAHAKVRL SNQVELLDVE EAWRLHREAL KQSATDPLSG KIDVGILTTG LSTAARKKR ADLVAAIKEN LKKKGKVLTV PYQKLFSDIK EGSQIMITRE QFEDALKEVQ DEGAIVVMGK NTIRIC

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分子 #13: DNA replication licensing factor Mcm7

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 81.399352 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MARRDYAQDR ESIKTFLSEF CKCDDDGKKE FVYGSQLVKL AHREQVLITI DLDDLAEFNE SLAEAVVDNC RRYTSIFSDV IAELLPSYK QQEVHAKDAL DVYIEHRLMM ESRTRNPMEQ RDERNSFPSE LMKRFEVGFK PLSTEKAHSI REVKAQHIGK L VTVRGIVT ...文字列:
MARRDYAQDR ESIKTFLSEF CKCDDDGKKE FVYGSQLVKL AHREQVLITI DLDDLAEFNE SLAEAVVDNC RRYTSIFSDV IAELLPSYK QQEVHAKDAL DVYIEHRLMM ESRTRNPMEQ RDERNSFPSE LMKRFEVGFK PLSTEKAHSI REVKAQHIGK L VTVRGIVT RCTEVKPMMV VATYTCDRCG SETYQPVNSL SFTPVHDCPS DDCRVNKAGG RLYLQTRGSK FVKFQEVKMQ EH SDQVPVG HIPRSMTIMC RGEVTRMAQP GDHIVVSGVF LPLMRTGFAQ MIQGLLSETF LQAHRIICIN KNDEISDKDA ELT PEELEE LAQDDFYERL ATSLAPEIYG HLDVKKALLL LLVGGVDKRP DGMKIRGNIN ICLMGDPGVA KSQLLGYISR LAVR SQYTT GRGSSGVGLT AAVMKDPLTG EMTLEGGALV LADQGVCCID EFDKMADQDR TAIHEVMEQQ TISIAKAGIM TTLNA RVSI LAAANPAFGR YNPRRTVEQN IQLPAALLSR FDLLWLIQDK PDRDNDLRLA KHITYVHSHS KQPPTRVKAL DMNLMR RYI NLCKRKNPTI PDELTDYIVG AYVELRREAR NQKDMTFTSA RNLLGILRLS TALARLRLSD SVEKDDVAEA LRLLEMS KD SLNQIHEHQK GHVPNTSDRI FAIVRELAGS GKAVKISDIM DRCTTKGFKP DQVDKCIDDY EELNVWQVNM GRTKITFM

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分子 #14: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #15: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61082
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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