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- EMDB-47846: RRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47846
タイトルRRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc
マップデータ
試料
  • ウイルス: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードAlphavirus Receptor / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


reelin receptor activity / glycoprotein transport / VLDL clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / ventral spinal cord development / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / reelin-mediated signaling pathway ...reelin receptor activity / glycoprotein transport / VLDL clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / ventral spinal cord development / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / reelin-mediated signaling pathway / togavirin / very-low-density lipoprotein particle / cargo receptor activity / T=4 icosahedral viral capsid / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lipid transport / regulation of synapse assembly / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / memory / calcium-dependent protein binding / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / receptor complex / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / signal transduction / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / : / Calcium-binding EGF domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Very low-density lipoprotein receptor / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Raju S / Diamond MS / Fremont DH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI143673 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structural basis for plasticity in receptor engagement by an encephalitic alphavirus.
著者: Saravanan Raju / Sathvik Palakurty / Alan Sariol / Ngan Wagoner / Lucas J Adams / Sean Hui / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
要旨: The structural basis for shifts in receptor usage remains poorly understood despite the implications for virus adaptation and emergence. Western equine encephalitis virus (WEEV) strains exhibit ...The structural basis for shifts in receptor usage remains poorly understood despite the implications for virus adaptation and emergence. Western equine encephalitis virus (WEEV) strains exhibit different patterns of engagement for two of their entry receptors: very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) and protocadherin 10 (PCDH10). Using structural and functional studies, we show that while all WEEV strains have a lipoprotein class A (LA) domain binding site near the E1 fusion loop, VLDLR engagement requires a second binding site in E2 that can vary with single nucleotide substitutions. We also resolve a structure of PCDH10 bound to WEEV, which reveals interactions near the E1 fusion loop with residues that also mediate LA domain binding. Evolutionary analysis enabled the generation of a PCDH10 decoy that protects in vivo against all WEEV strains tested. Our experiments demonstrate how viruses can engage multiple receptors using shared determinants, which likely impacts cellular tropism and virulence.
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 333. Å		1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 333. Å		1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 333. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-3.1248538 - 4.597598
平均 (標準偏差)0.0015010161 (±0.14437094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 333.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47846_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47846_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ross river virus (STRAIN T48)

全体名称: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Ross river virus (STRAIN T48)

超分子名称: Ross river virus (STRAIN T48) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 11032 / 生物種: Ross river virus (STRAIN T48) / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
分子量理論値: 47.432598 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPFI KCCGTSECSS KEQPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA SAYKAHTASL KATIRISYGT INQTTEAFVN GEHAVNVGGS K FIFGPIST ...文字列:
YEHTATIPNV VGFPYKAHIE RNGFSPMTLQ LEVVETSLEP TLNLEYITCE YKTVVPSPFI KCCGTSECSS KEQPDYQCKV YTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQLSEAYVD RSDVCKHDHA SAYKAHTASL KATIRISYGT INQTTEAFVN GEHAVNVGGS K FIFGPIST AWSPFDNKIV VYKDDVYNQD FPPYGSGQPG RFGDIQSRTV ESKDLYANTA LKLSRPSPGV VHVPYTQTPS GF KYWLKEK GSSLNTKAPF GCKIKTNPVR AMDCAVGSIP VSMDIPDSAF TRVVDAPAVT DLSCQVVVCT HSSDFGGVAT LSY KTDKPG DCAVHSHSNV ATLQEATVKV KTAGKVTVHF STASASPAFK VSVCDAKTTC TAACEPPKDH IVPYGASHNN QVFP DMSGT AMTWVQRLAS GLGGLALIAV VVLVLVTCIT MRR

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
分子量理論値: 46.427855 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVTEHFNVYK ATRPYLAYCA DCGDGYFCYS PVAIEKIRDE ASDGMLKIQV SAQIGLDKAG THAHTKIRYM AGHDVQESKR DSLRVYTSA ACSIHGTMGH FIVAHCPPGD YLKVSFEDAD SHVKACKVQY KHDPLPVGRE KFVVRPHFGV ELPCTSYQLT T APTDEEID ...文字列:
SVTEHFNVYK ATRPYLAYCA DCGDGYFCYS PVAIEKIRDE ASDGMLKIQV SAQIGLDKAG THAHTKIRYM AGHDVQESKR DSLRVYTSA ACSIHGTMGH FIVAHCPPGD YLKVSFEDAD SHVKACKVQY KHDPLPVGRE KFVVRPHFGV ELPCTSYQLT T APTDEEID MHTPPDIPDR TLLSQTAGNV KITAGGRTIR YNCTCGRDNV GTTSTDKTIN TCKIDQCHAA VTSHDKWQFT SP FVPRADQ TARRGKVHVP FPLTNVTCRV PLARAPDVTY GKKEVTLRLH PDHPTLFSYR SLGAEPHPYE EWVDKFSERI IPV TEEGIE YQWGNNPPVR LWAQLTTEGK PHGWPHEIIQ YYYGLYPAAT IAAVSGASLM ALLTLAATCC MLATARRKCL TPYA LTPGA VVPLTLGLLC CAPR

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Ross river virus (STRAIN T48) (ウイルス)
分子量理論値: 17.367848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RMCMKIENDC IFEVKLDGKV TGYACLVGDK VMKPAHVKGT IDNPDLAKLT YKKSSKYDLE CAQIPVHMKS DASKYTHEKP EGHYNWHHG AVQYSGGRFT IPTGAGKPGD SGRPIFDNKG RVVAIVLGGA NEGARTALSV VTWTKDMVTR VTPEGTEEW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Very low-density lipoprotein receptor

分子名称: Very low-density lipoprotein receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.361682 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RTCRIHEISC GAHSTQCIPV SWRCDGENDC DSGEDEENC

UniProtKB: Very low-density lipoprotein receptor

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1173256
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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