[日本語] English
万見
- EMDB-47825: T4 bacteriophage replicative holoenzyme with triple mutants D75R,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47825
タイトルT4 bacteriophage replicative holoenzyme with triple mutants D75R, Q430E, and K432E on exo- Polymerase
マップデータT4 bacteriophage replicative holoenzyme with triple mutants D75R, Q430E, and K432E on exo- Polymerase
試料
  • 複合体: T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutants on exo- DNA Polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Sliding clamp
    • DNA: DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3')
    • DNA: DNA (38-MER)
キーワードreplication / T4 / holoenzyme / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / DNA-directed DNA polymerase T4 type / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. ...Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / DNA-directed DNA polymerase T4 type / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / : / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed DNA polymerase / Sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T4 (ファージ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Li H / Feng X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM013306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the exchange mechanism of a replicative DNA polymerase
著者: Feng X / Spiering MM / Santos R / Benkovic SJ / Li H
履歴
登録2024年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_47825.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T4 bacteriophage replicative holoenzyme with triple mutants D75R, Q430E, and K432E on exo- Polymerase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.464 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.464 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 238.464 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.21760309 - 0.40756875
平均 (標準偏差)0.0011212925 (±0.011788865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 238.464 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47825_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47825_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutan...

全体名称: T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutants on exo- DNA Polymerase
要素
  • 複合体: T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutants on exo- DNA Polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Sliding clamp
    • DNA: DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3')
    • DNA: DNA (38-MER)

-
超分子 #1: T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutan...

超分子名称: T4 bacteriophage replication holoenzyme complex with triple mutants on exo- DNA Polymerase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)

-
分子 #1: DNA-directed DNA polymerase

分子名称: DNA-directed DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 103.74582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKEFYISIET VGNNIVERYI DENGKERTRE VEYLPTMFRH CKEESKYKDI YGKNCAPQKF PSMKDARDWM KRMERIGLEA LGMNDFKLA YISDTYGSEI VYDRKFVRVA NCDIEVTGDK FPDPMKAEYE IDAITHYDSI DDRFYVFDLL NSMYGSVSKW D AKLAAKLD ...文字列:
MKEFYISIET VGNNIVERYI DENGKERTRE VEYLPTMFRH CKEESKYKDI YGKNCAPQKF PSMKDARDWM KRMERIGLEA LGMNDFKLA YISDTYGSEI VYDRKFVRVA NCDIEVTGDK FPDPMKAEYE IDAITHYDSI DDRFYVFDLL NSMYGSVSKW D AKLAAKLD CEGGDEVPQE ILDRVIYMPF DNERDMLMEY INLWEQKRPA IFTGWNIEGF AVPYIMNRVK MILGERSMKR FS PIGRVKS KLIQNMYGSK EIYSIDGVSI LDYLDLYKKF AFTNLPSFSL ESVAQHETKK GKLPYDGPIN KLRETNHQRY ISY NIIDVE SVQAIDKIRG FIDLVLSMSY YAKMPFSGVM SPIKTWDAII FNSLKGEHKV IPQQGSHVKQ SFPGAFVFEP KPIA RRYIM SFDLTSLYPS IIRQVNISPE TIRGEFEVHP IHEYIAGTAP KPSDEYSCSP NGWMYDKHQE GIIPKEIAKV FFQRK DWKK KMFAEEMNAE AIKKIIMKGA GSCSTKPEVE RYVKFSDDFL NELSNYTESV LNSLIEECEK AATLANTNQL NRKILI NSL YGALGNIHFR YYDLRNATAI TIFGQVGIQW IARKINEYLN KVCGTNDEDF IAAGDTDSVY VCVDKVIEKV GLDRFKE QN DLVEFMNQFG KKKMEPMIDV AYRELCDYMN NREHLMHMDR EAISCPPLGS KGVGGFWKAK KRYALNVYDM EDKRFAEP H LKIMGMETQQ SSTPKAVQEA LEESIRRILQ EGEESVQEYY KNFEKEYRQL DYKVIAEVKT ANDIAKYDDK GWPGFKCPF HIRGVLTYRR AVSGLGVAPI LDGNKVMVLP LREGNPFGDK CIAWPSGTEL PKEIRSDVLS WIDHSTLFQK SFVKPLAGMC ESAGMDYEE KASLDFLFG

UniProtKB: DNA-directed DNA polymerase

-
分子 #2: Sliding clamp

分子名称: Sliding clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 24.881223 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKLSKDTTAL LKNFATINSG IMLKSGQFIM TRAVNGTTYA EANISDVIDF DVAIYDLNGF LGILSLVNDD AEISQSEDGN IKIADARST IFWPAADPST VVAPNKPIPF PVASAVTEIK AEDLQQLLRV SRGLQIDTIA ITVKEGKIVI NGFNKVEDSA L TRVKYSLT ...文字列:
MKLSKDTTAL LKNFATINSG IMLKSGQFIM TRAVNGTTYA EANISDVIDF DVAIYDLNGF LGILSLVNDD AEISQSEDGN IKIADARST IFWPAADPST VVAPNKPIPF PVASAVTEIK AEDLQQLLRV SRGLQIDTIA ITVKEGKIVI NGFNKVEDSA L TRVKYSLT LGDYDGENTF NFIINMANMK MQPGNYKLLL WAKGKQGAAK FEGEHANYVV ALEADSTHDF

UniProtKB: Sliding clamp

-
分子 #3: DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3')

分子名称: DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.681985 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

-
分子 #4: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.677539 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMKoACPotassium acetate
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
2.0 mMDTTDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Templates for Polymerase structures were generated with AF2. Templates for the sliding clamp are from PDB code 1ZCD.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 372199
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 215743 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1czd

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 145.9
得られたモデル

PDB-9ea3:
T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る