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- EMDB-4771: S. cerevisiae Niemann-Pick type C Related Protein 1 (NCR1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4771
タイトルS. cerevisiae Niemann-Pick type C Related Protein 1 (NCR1)
マップデータpost-processed map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: NCR1
    • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick type C-related protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal lipid absorption / LDL clearance / sterol transport / sterol binding / sphingolipid metabolic process / fungal-type vacuole membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Rawson S / Kidmose RT / Muench SP / Pedersen BP
資金援助 デンマーク, 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent ResearchDFF-4002-0052 デンマーク
Other privateCarlsberg Foundation CF17-0180 デンマーク
European Research Council637372
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Other governmentAIAS fellowship デンマーク
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Insight into Eukaryotic Sterol Transport through Niemann-Pick Type C Proteins.
著者: Mikael B L Winkler / Rune T Kidmose / Maria Szomek / Katja Thaysen / Shaun Rawson / Stephen P Muench / Daniel Wüstner / Bjørn Panyella Pedersen /
要旨: Niemann-Pick type C (NPC) proteins are essential for sterol homeostasis, believed to drive sterol integration into the lysosomal membrane before redistribution to other cellular membranes. Here, ...Niemann-Pick type C (NPC) proteins are essential for sterol homeostasis, believed to drive sterol integration into the lysosomal membrane before redistribution to other cellular membranes. Here, using a combination of crystallography, cryo-electron microscopy, and biochemical and in vivo studies on the Saccharomyces cerevisiae NPC system (NCR1 and NPC2), we present a framework for sterol membrane integration. Sterols are transferred between hydrophobic pockets of vacuolar NPC2 and membrane-protein NCR1. NCR1 has its N-terminal domain (NTD) positioned to deliver a sterol to a tunnel connecting NTD to the luminal membrane leaflet 50 Å away. A sterol is caught inside this tunnel during transport, and a proton-relay network of charged residues in the transmembrane region is linked to this tunnel supporting a proton-driven transport mechanism. We propose a model for sterol integration that clarifies the role of NPC proteins in this essential eukaryotic pathway and that rationalizes mutations in patients with Niemann-Pick disease type C.
履歴
登録2019年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4771.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0468 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.058619715 - 0.12875955
平均 (標準偏差)0.0013118687 (±0.007214644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 230.34001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z230.340230.340230.340
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0590.1290.001

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添付データ

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追加マップ: local resolution filtered.

ファイルemd_4771_additional.map
注釈local resolution filtered.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution filtered.

ファイルemd_4771_additional_1.map
注釈local resolution filtered.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_4771_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_4771_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NCR1

全体名称: NCR1
要素
  • 細胞器官・細胞要素: NCR1
    • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick type C-related protein 1

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超分子 #1: NCR1

超分子名称: NCR1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 133 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Niemann-Pick type C-related protein 1

分子名称: Niemann-Pick type C-related protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVLWIIALV GQLMRLVQGT ATCAMYGNCG KKSVFGNELP CPVPRSFEPP VLSDETSKLL VEVCGEEWKE VRYACCTKDQ VVALRDNLQK AQPLISSCPA CLKNFNNLFC HFTCAADQGR FVNITKVEKS KEDKDIVAEL DVFMNSSWAS EFYDSCKNIK FSATNGYAMD ...文字列:
MNVLWIIALV GQLMRLVQGT ATCAMYGNCG KKSVFGNELP CPVPRSFEPP VLSDETSKLL VEVCGEEWKE VRYACCTKDQ VVALRDNLQK AQPLISSCPA CLKNFNNLFC HFTCAADQGR FVNITKVEKS KEDKDIVAEL DVFMNSSWAS EFYDSCKNIK FSATNGYAMD LIGGGAKNYS QFLKFLGDAK PMLGGSPFQI NYKYDLANEE KEWQEFNDEV YACDDAQYKC ACSDCQESCP HLKPLKDGVC KVGPLPCFSL SVLIFYTICA LFAFMWYYLC KRKKNGAMIV DDDIVPESGS LDESETNVFE SFNNETNFFN GKLANLFTKV GQFSVENPYK ILITTVFSIF VFSFIIFQYA TLETDPINLW VSKNSEKFKE KEYFDDNFGP FYRTEQIFVV NETGPVLSYE TLHWWFDVEN FITEELQSSE NIGYQDLCFR PTEDSTCVIE SFTQYFQGAL PNKDSWKREL QECGKFPVNC LPTFQQPLKT NLLFSDDDIL NAHAFVVTLL LTNHTQSANR WEERLEEYLL DLKVPEGLRI SFNTEISLEK ELNNNNDIST VAISYLMMFL YATWALRRKD GKTRLLLGIS GLLIVLASIV CAAGFLTLFG LKSTLIIAEV IPFLILAIGI DNIFLITHEY DRNCEQKPEY SIDQKIISAI GRMSPSILMS LLCQTGCFLI AAFVTMPAVH NFAIYSTVSV IFNGVLQLTA YVSILSLYEK RSNYKQITGN EETKESFLKT FYFKMLTQKR LIIIIFSAWF FTSLVFLPEI QFGLDQTLAV PQDSYLVDYF KDVYSFLNVG PPVYMVVKNL DLTKRQNQQK ICGKFTTCER DSLANVLEQE RHRSTITEPL ANWLDDYFMF LNPQNDQCCR LKKGTDEVCP PSFPSRRCET CFQQGSWNYN MSGFPEGKDF MEYLSIWINA PSDPCPLGGR APYSTALVYN ETSVSASVFR TAHHPLRSQK DFIQAYSDGV RISSSFPELD MFAYSPFYIF FVQYQTLGPL TLKLIGSAII LIFFISSVFL QNIRSSFLLA LVVTMIIVDI GALMALLGIS LNAVSLVNLI ICVGLGVEFC VHIVRSFTVV PSETKKDANS RVLYSLNTIG ESVIKGITLT KFIGVCVLAF AQSKIFDVFY FRMWFTLIIV AALHALLFLP ALLSLFGGES YRDDSIEAED LVPRGSGGGG SGGGGSGGHH HHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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