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- EMDB-47698: Cryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47698
タイトルCryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-3
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
  • リガンド: 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCOP9 / COP9 signalosome / signalosome / NEDD8 / CSN5i-3 / deneddylation / CSN5 / metalloprotease / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / COP9 signalosome / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / inner cell mass cell proliferation / response to light stimulus / skeletal muscle cell differentiation / : / JNK cascade / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / neuron differentiation / metallopeptidase activity / synaptic vesicle / cell junction / transcription corepressor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / regulation of cell cycle / nuclear speck / translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / : / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats ...COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / : / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shi H / Zheng N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-3
著者: Shi H / Zheng N
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47698.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 354. Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 354. Å		0.89 Å/pix.
x 400 pix.
= 354. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.885 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.3535393 - 0.5268349
平均 (標準偏差)0.000034211218 (±0.008334838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 354.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47698_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47698_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47698_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3

全体名称: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3
要素
  • 複合体: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
  • リガンド: 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3

超分子名称: The complex of human COP9 signalosome with NEDD8 and CSN5i-3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: COP9 signalosome complex subunit 1

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.606496 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPLPVQVFNL QGAVEPMQID VDPQEDPQNA PDVNYVVENP SLDLEQYAAS YSGLMRIERL QFIADHCPTL RVEALKMALS FVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRSSLREL QNAPDAIPES GVEPPALDTA WVEATRKKAL LKLEKLDTDL KNYKGNSIKE S IRRGHDDL ...文字列:
MPLPVQVFNL QGAVEPMQID VDPQEDPQNA PDVNYVVENP SLDLEQYAAS YSGLMRIERL QFIADHCPTL RVEALKMALS FVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRSSLREL QNAPDAIPES GVEPPALDTA WVEATRKKAL LKLEKLDTDL KNYKGNSIKE S IRRGHDDL GDHYLDCGDL SNALKCYSRA RDYCTSAKHV INMCLNVIKV SVYLQNWSHV LSYVSKAEST PEIAEQRGER DS QTQAILT KLKCAAGLAE LAARKYKQAA KCLLLASFDH CDFPELLSPS NVAIYGGLCA LATFDRQELQ RNVISSSSFK LFL ELEPQV RDIIFKFYES KYASCLKMLD EMKDNLLLDM YLAPHVRTLY TQIRNRALIQ YFSPYVSADM HRMAAAFNTT VAAL EDELT QLILEGLISA RVDSHSKILY ARDVDQRSTT FEKSLLMGKE FQRRAKAMML RAAVLRNQIH VKSPPREGSQ GELTP ANSQ SRMSTNM

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #2: COP9 signalosome complex subunit 2

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.66457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL ...文字列:
MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL QKILRQLHQS CQTDDGEDDL KKGTQLLEIY ALEIQMYTAQ KNNKKLKALY EQSLHIKSAI PHPLIMGVIR EC GGKMHLR EGEFEKAHTD FFEAFKNYDE SGSPRRTTCL KYLVLANMLM KSGINPFDSQ EAKPYKNDPE ILAMTNLVSA YQN NDITEF EKILKTNHSN IMDDPFIREH IEELLRNIRT QVLIKLIKPY TRIHIPFISK ELNIDVADVE SLLVQCILDN TIHG RIDQV NQLLELDHQK RGGARYTALD KWTNQLNSLN QAVVSKLA

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

+
分子 #3: COP9 signalosome complex subunit 3

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.924008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASALEQFVN SVRQLSAQGQ MTQLCELINK SGELLAKNLS HLDTVLGALD VQEHSLGVLA VLFVKFSMPS VPDFETLFSQ VQLFISTCN GEHIRYATDT FAGLCHQLTN ALVERKQPLR GIGILKQAID KMQMNTNQLT SIHADLCQLC LLAKCFKPAL P YLDVDMMD ...文字列:
MASALEQFVN SVRQLSAQGQ MTQLCELINK SGELLAKNLS HLDTVLGALD VQEHSLGVLA VLFVKFSMPS VPDFETLFSQ VQLFISTCN GEHIRYATDT FAGLCHQLTN ALVERKQPLR GIGILKQAID KMQMNTNQLT SIHADLCQLC LLAKCFKPAL P YLDVDMMD ICKENGAYDA KHFLCYYYYG GMIYTGLKNF ERALYFYEQA ITTPAMAVSH IMLESYKKYI LVSLILLGKV QQ LPKYTSQ IVGRFIKPLS NAYHELAQVY STNNPSELRN LVNKHSETFT RDNNMGLVKQ CLSSLYKKNI QRLTKTFLTL SLQ DMASRV QLSGPQEAEK YVLHMIEDGE IFASINQKDG MVSFHDNPEK YNNPAMLHNI DQEMLKCIEL DERLKAMDQE ITVN PQFVQ KSMGSQEDDS GNKPSSYS

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #4: COP9 signalosome complex subunit 4

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.322688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI ...文字列:
MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI NRASLLQNES TNEQLQIHYK VCYARVLDYR RKFIEAAQRY NELSYKTIVH ESERLEALKH ALHCTILASA GQ QRSRMLA TLFKDERCQQ LAAYGILEKM YLDRIIRGNQ LQEFAAMLMP HQKATTADGS SILDRAVIEH NLLSASKLYN NIT FEELGA LLEIPAAKAE KIASQMITEG RMNGFIDQID GIVHFETREA LPTWDKQIQS LCFQVNNLLE KISQTAPEWT AQAM EAQMA Q

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

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分子 #5: COP9 signalosome complex subunit 5

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.621742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAASGSGMAQ KTWELANNMQ EAQSIDEIYK YDKKQQQEIL AAKPWTKDHH YFKYCKISAL ALLKMVMHAR SGGNLEVMGL MLGKVDGET MIIMDSFALP VEGTETRVNA QAAAYEYMAA YIENAKQVGR LENAIGWYHS HPGYGCWLSG IDVSTQMLNQ Q FQEPFVAV ...文字列:
MAASGSGMAQ KTWELANNMQ EAQSIDEIYK YDKKQQQEIL AAKPWTKDHH YFKYCKISAL ALLKMVMHAR SGGNLEVMGL MLGKVDGET MIIMDSFALP VEGTETRVNA QAAAYEYMAA YIENAKQVGR LENAIGWYHS HPGYGCWLSG IDVSTQMLNQ Q FQEPFVAV VIDPTRTISA GKVNLGAFRT YPKGYKPPDE GPSEYQTIPL NKIEDFGVHC KQYYALEVSY FKSSLDRKLL EL LWNKYWV NTLSSSSLLT NADYTTGQVF DLSEKLEQSE AQLGRGSFML GLETHDRKSE DKLAKATRDS CKTTIEAIHG LMS QVIKDK LFNQINIS

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5

+
分子 #6: COP9 signalosome complex subunit 6

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.203398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ...文字列:
MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ESVIDIINGE ATMLFAELTY TLATEEAERI GVDHVARMTA TGSGENSTVA EHLIAQHSAI KMLHSRVKLI LE YVKASEA GEVPFNHEIL REAYALCHCL PVLSTDKFKT DFYDQCNDVG LMAYLGTITK TCNTMNQFVN KFNVLYDRQG IGR RMRGLF F

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6

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分子 #7: COP9 signalosome complex subunit 7b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.656928 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDIN ...文字列:
MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDIN NIVKTLHEWC DGCEAVLLGI EQQVLRANQY KENHNRTQQQ VEAEVTNIKK TLKATASSSA QEMEQQLAER EC PPHAEQR QPTKKMSKVK GLVSSRH

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7b

+
分子 #8: COP9 signalosome complex subunit 8

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.245543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV ...文字列:
MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV AGALDVSFNK FIPLSEPAPV PPIPNEQQLA RLTDYVAFLE N

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

+
分子 #9: 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-...

分子名称: 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 6LT
分子量理論値: 505.559 Da
Chemical component information

ChemComp-6LT:
3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 359288
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4d10

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5jog

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-9e81:
Cryo-EM structure of COP9 signalosome in complex with CSN5i-3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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