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- EMDB-47695: De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promo... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47695
タイトルDe Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
マップデータDe Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
試料
  • 複合体: Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードPromoter escape / transcription / De novo / RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / sigma factor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / rRNA transcription / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / protein sumoylation / DNA-directed RNA polymerase complex / condensed nuclear chromosome / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / protein tag activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain ...CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase-binding protein RbpA / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Brewer JJ / Campbell EA / Darst SA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into De Novo Promoter Escape by Mycobacterium tuberculosis
著者: Brewer JJ / Campbell EA / Darst SA
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.456 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.456 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.456 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.076 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.188
最小 - 最大-0.7725123 - 1.7495897
平均 (標準偏差)0.004098063 (±0.037883505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47695_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: additional map

ファイルemd_47695_additional_1.map
注釈additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_47695_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_47695_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation p...

全体名称: Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
要素
  • 複合体: Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-binding protein RbpA
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD
    • DNA: DNA (57-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
    • DNA: DNA (58-MER)
  • リガンド: PYROPHOSPHATE 2-
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation p...

超分子名称: Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 129.905672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEGCILADSR QSKTAASPSP SRPQSSSNNS VPGAPNRVSF AKLREPLEVP GLLDVQTDSF EWLIGSPRWR ESAAERGDVN PVGGLEEVL YELSPIEDFS GSMSLSFSDP RFDDVKAPVD ECKDKDMTYA APLFVTAEFI NNNTGEIKSQ TVFMGDFPMM T EKGTFIIN ...文字列:
MEGCILADSR QSKTAASPSP SRPQSSSNNS VPGAPNRVSF AKLREPLEVP GLLDVQTDSF EWLIGSPRWR ESAAERGDVN PVGGLEEVL YELSPIEDFS GSMSLSFSDP RFDDVKAPVD ECKDKDMTYA APLFVTAEFI NNNTGEIKSQ TVFMGDFPMM T EKGTFIIN GTERVVVSQL VRSPGVYFDE TIDKSTDKTL HSVKVIPSRG AWLEFDVDKR DTVGVRIDRK RRQPVTVLLK AL GWTSEQI VERFGFSEIM RSTLEKDNTV GTDEALLDIY RKLRPGEPPT KESAQTLLEN LFFKEKRYDL ARVGRYKVNK KLG LHVGEP ITSSTLTEED VVATIEYLVR LHEGQTTMTV PGGVEVPVET DDIDHFGNRR LRTVGELIQN QIRVGMSRME RVVR ERMTT QDVEAITPQT LINIRPVVAA IKEFFGTSQL SQFMDQNNPL SGLTHKRRLS ALGPGGLSRE RAGLEVRDVH PSHYG RMCP IETPEGPNIG LIGSLSVYAR VNPFGFIETP YRKVVDGVVS DEIVYLTADE EDRHVVAQAN SPIDADGRFV EPRVLV RRK AGEVEYVPSS EVDYMDVSPR QMVSVATAMI PFLEHDDANR ALMGANMQRQ AVPLVRSEAP LVGTGMELRA AIDAGDV VV AEESGVIEEV SADYITVMHD NGTRRTYRMR KFARSNHGTC ANQCPIVDAG DRVEAGQVIA DGPCTDDGEM ALGKNLLV A IMPWEGHNYE DAIILSNRLV EEDVLTSIHI EEHEIDARDT KLGAEEITRD IPNISDEVLA DLDERGIVRI GAEVRDGDI LVGKVTPKGE TELTPEERLL RAIFGEKARE VRDTSLKVPH GESGKVIGIR VFSREDEDEL PAGVNELVRV YVAQKRKISD GDKLAGRHG NKGVIGKILP VEDMPFLADG TPVDIILNTH GVPRRMNIGQ ILETHLGWCA HSGWKVDAAK GVPDWAARLP D ELLEAQPN AIVSTPVFDG AQEAELQGLL SCTLPNRDGD VLVDADGKAM LFDGRSGEPF PYPVTVGYMY IMKLHHLVDD KI HARSTGP YSMITQQPLG GKAQFGGQRF GEMECWAMQA YGAAYTLQEL LTIKSDDTVG RVKVYEAIVK GENIPEPGIP ESF KVLLKE LQSLCLNVEV LSSDGAAIEL REGEDEDLER AAANLGINLS RNESASVEDL A

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: N-terminus describes a short linker connecting subunit beta to subunit beta'. His(8) tag on c-terminus of beta'.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 148.882969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LARHGGSGAM LDVNFFDELR IGLATAEDIR QWSYGEVKKP ETINYRTLKP EKDGLFCEKI FGPTRDWECY CGKYKRVRFK GIICERCGV EVTRAKVRRE RMGHIELAAP VTHIWYFKGV PSRLGYLLDL APKDLEKIIY FAAYVITSVD EEMRHNELST L EAEMAVER ...文字列:
LARHGGSGAM LDVNFFDELR IGLATAEDIR QWSYGEVKKP ETINYRTLKP EKDGLFCEKI FGPTRDWECY CGKYKRVRFK GIICERCGV EVTRAKVRRE RMGHIELAAP VTHIWYFKGV PSRLGYLLDL APKDLEKIIY FAAYVITSVD EEMRHNELST L EAEMAVER KAVEDQRDGE LEARAQKLEA DLAELEAEGA KADARRKVRD GGEREMRQIR DRAQRELDRL EDIWSTFTKL AP KQLIVDE NLYRELVDRY GEYFTGAMGA ESIQKLIENF DIDAEAESLR DVIRNGKGQK KLRALKRLKV VAAFQQSGNS PMG MVLDAV PVIPPELRPM VQLDGGRFAT SDLNDLYRRV INRNNRLKRL IDLGAPEIIV NNEKRMLQES VDALFDNGRR GRPV TGPGN RPLKSLSDLL KGKQGRFRQN LLGKRVDYSG RSVIVVGPQL KLHQCGLPKL MALELFKPFV MKRLVDLNHA QNIKS AKRM VERQRPQVWD VLEEVIAEHP VLLNRAPTLH RLGIQAFEPM LVEGKAIQLH PLVCEAFNAD FDGDQMAVHL PLSAEA QAE ARILMLSSNN ILSPASGRPL AMPRLDMVTG LYYLTTEVPG DTGEYQPASG DHPETGVYSS PAEAIMAADR GVLSVRA KI KVRLTQLRPP VEIEAELFGH SGWQPGDAWM AETTLGRVMF NELLPLGYPF VNKQMHKKVQ AAIINDLAER YPMIVVAQ T VDKLKDAGFY WATRSGVTVS MADVLVPPRK KEILDHYEER ADKVEKQFQR GALNHDERNE ALVEIWKEAT DEVGQALRE HYPDDNPIIT IVDSGATGNF TQTRTLAGMK GLVTNPKGEF IPRPVKSSFR EGLTVLEYFI NTHGARKGLA DTALRTADSG YLTRRLVDV SQDVIVREHD CQTERGIVVE LAERAPDGTL IRDPYIETSA YARTLGTDAV DEAGNVIVER GQDLGDPEID A LLAAGITQ VKVRSVLTCA TSTGVCATCY GRSMATGKLV DIGEAVGIVA AQSIGEPGTQ LTMRTFHQGG VGEDITGGLP RV QELFEAR VPRGKAPIAD VTGRVRLEDG ERFYKITIVP DDGGEEVVYD KISKRQRLRV FKHEDGSERV LSDGDHVEVG QQL MEGSAD PHEVLRVQGP REVQIHLVRE VQEVYRAQGV SIHDKHIEVI VRQMLRRVTI IDSGSTEFLP GSLIDRAEFE AENR RVVAE GGEPAAGRPV LMGITKASLA TDSWLSAASF QETTRVLTDA AINCRSDKLN GLKENVIIGK LIPAGTGINR YRNIA VQPT EEARAAAYTI PSYEDQYYSP DFGAATGAAV PLDDYGYSDY RHHHHHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.85114 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: His(10) tag on N-terminus of SigA with immediately adjacent HRV 3C site.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 60.512031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHHHHH SSGLEVLFQG PHMAATKAST ATDEPVKRTA TKSPAASASG AKTGAKRTAA KSASGSPPAK RATKPAARSV KPASAPQDT TTSTIPKRKT RAAAKSAAAK APSARGHATK PRAPKDAQHE AATDPEDALD SVEELDAEPD LDVEPGEDLD L DAADLNLD ...文字列:
HHHHHHHHHH SSGLEVLFQG PHMAATKAST ATDEPVKRTA TKSPAASASG AKTGAKRTAA KSASGSPPAK RATKPAARSV KPASAPQDT TTSTIPKRKT RAAAKSAAAK APSARGHATK PRAPKDAQHE AATDPEDALD SVEELDAEPD LDVEPGEDLD L DAADLNLD DLEDDVAPDA DDDLDSGDDE DHEDLEAEAA VAPGQTADDD EEIAEPTEKD KASGDFVWDE DESEALRQAR KD AELTASA DSVRAYLKQI GKVALLNAEE EVELAKRIEA GLYATQLMTE LSERGEKLPA AQRRDMMWIC RDGDRAKNHL LEA NLRLVV SLAKRYTGRG MAFLDLIQEG NLGLIRAVEK FDYTKGYKFS TYATWWIRQA ITRAMADQAR TIRIPVHMVE VINK LGRIQ RELLQDLGRE PTPEELAKEM DITPEKVLEI QQYAREPISL DQTIGDEGDS QLGDFIEDSE AVVAVDAVSF TLLQD QLQS VLDTLSEREA GVVRLRFGLT DGQPRTLDEI GQVYGVTRER IRQIESKTMS KLRHPSRSQV LRDYLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA

分子名称: RNA polymerase-binding protein RbpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 12.993695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADRVLRGSR LGAVSYETDR NHDLAPRQIA RYRTDNGEEF EVPFADDAEI PGTWLCRNGM EGTLIEGDLP EPKKVKPPRT HWDMLLERR SIEELEELLK ERLELIRSRR RG

UniProtKB: RNA polymerase-binding protein RbpA

+
分子 #7: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription ...

分子名称: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 32.104199 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMASMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRF LYDGIRIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGSMIFKVG DTVVYPHHGA ALVEAIETRT IKGEQKEYLV L KVAQGDLT ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMASMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRF LYDGIRIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ IGGSMIFKVG DTVVYPHHGA ALVEAIETRT IKGEQKEYLV L KVAQGDLT VRVPAENAEY VGVRDVVGQE GLDKVFQVLR APHTEEPTNW SRRYKANLEK LASGDVNKVA EVVRDLWRRD QE RGLSAGE KRMLAKARQI LVGELALAES TDDAKAETIL DEVLAAAS

UniProtKB: Ubiquitin-like protein SMT3, RNA polymerase-binding transcription factor CarD

+
分子 #8: DNA (57-MER)

分子名称: DNA (57-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 39.31825 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA) (DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DG) (DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DG)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC) (DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)

+
分子 #10: DNA (58-MER)

分子名称: DNA (58-MER) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 39.053938 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG) (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)

+
分子 #9: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.893229 KDa
配列文字列:
AGCGAGAGGG ACACGGCGAA U

+
分子 #11: PYROPHOSPHATE 2-

分子名称: PYROPHOSPHATE 2- / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: POP
分子量理論値: 175.959 Da
Chemical component information

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.83 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8792
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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