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万見
- EMDB-47690: Cryo-EM structure of NOT1:NOT8:PieF -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47690
タイトルCryo-EM structure of NOT1:NOT8:PieF
マップデータmap used for model refinement
試料
  • 複合体: NOT1:NOT8:PieF
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,CCR4-NOT transcription complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Dot/Icm T4SS effector PieF
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードPieF / mRNA decay / deadenylation / CCR4-NOT / host-pathogen interactions / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of stem cell population maintenance / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of stem cell population maintenance / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / positive regulation of mRNA catabolic process / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / peroxisomal membrane / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / nuclear estrogen receptor binding / P-body / protein tag activity / regulation of translation / 3'-5'-RNA exonuclease activity / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain ...CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribonuclease H superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dot/Icm T4SS effector PieF / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / Ubiquitin-like protein SMT3 / CCR4-NOT transcription complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Levdansky E / Deme J / Lea SM / Valkov E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Intracellular pathogen effector reprograms host gene expression by inhibiting mRNA decay.
著者: Yevgen Levdansky / Justin C Deme / David J Turner / Claire T Piczak / Filip Pekovic / Anna L Valkov / Sergey G Tarasov / Susan M Lea / Eugene Valkov /
要旨: Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen, injects effector proteins into host cells to manipulate cellular processes and promote its survival and proliferation. Here, we reveal a ...Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen, injects effector proteins into host cells to manipulate cellular processes and promote its survival and proliferation. Here, we reveal a unique mechanism by which the Legionella effector PieF perturbs host mRNA decay by targeting the human CCR4-NOT deadenylase complex. High-resolution cryo-electron microscopy structures and biochemical analyses reveal that PieF binds with nanomolar affinity to the NOT7 and NOT8 catalytic subunits of CCR4-NOT, obstructing RNA access and displacing a catalytic Mg²⁺ ion from the active site. Additionally, PieF prevents NOT7/8 from associating with their partner deadenylases NOT6/6L, inhibiting the assembly of a functional deadenylase complex. Consequently, PieF robustly blocks mRNA poly(A) tail shortening and degradation with striking potency and selectivity for NOT7/8. This inhibition of deadenylation by PieF impedes cell cycle progression in human cells, revealing a novel bacterial strategy to modulate host gene expression.
履歴
登録2024年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47690.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map used for model refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018131735 - 1.829546
平均 (標準偏差)0.00045388896 (±0.014956891)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 286.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47690_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: mask used for FSC calculation

ファイルemd_47690_additional_1.map
注釈mask used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: B-factor sharpened map

ファイルemd_47690_additional_2.map
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_47690_additional_3.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_47690_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_47690_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NOT1:NOT8:PieF

全体名称: NOT1:NOT8:PieF
要素
  • 複合体: NOT1:NOT8:PieF
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein SMT3,CCR4-NOT transcription complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Dot/Icm T4SS effector PieF
    • タンパク質・ペプチド: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: NOT1:NOT8:PieF

超分子名称: NOT1:NOT8:PieF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ubiquitin-like protein SMT3,CCR4-NOT transcription complex subunit 8

分子名称: Ubiquitin-like protein SMT3,CCR4-NOT transcription complex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: poly(A)-specific ribonuclease
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.754742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGTMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRFL YDGIRIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ TGGSTGSGLE VLFQGPHMPA ALVENSQVIC EVWASNLEEE MRKIREIVLS Y SYIAMDTE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGTMSDSEV NQEAKPEVKP EVKPETHINL KVSDGSSEIF FKIKKTTPLR RLMEAFAKRQ GKEMDSLRFL YDGIRIQAD QTPEDLDMED NDIIEAHREQ TGGSTGSGLE VLFQGPHMPA ALVENSQVIC EVWASNLEEE MRKIREIVLS Y SYIAMDTE FPGVVVRPIG EFRSSIDYQY QLLRCNVDLL KIIQLGLTFT NEKGEYPSGI NTWQFNFKFN LTEDMYSQDS ID LLANSGL QFQKHEEEGI DTLHFAELLM TSGVVLCDNV KWLSFHSGYD FGYMVKLLTD SRLPEEEHEF FHILNLFFPS IYD VKYLMK SCKNLKGGLQ EVADQLDLQR IGRQHQAGSD SLLTGMAFFR MKELFFEDSI DDAKYCGRLY GLGTGVAQKQ NEDV DSAQE KMSILAIINN MQQ

UniProtKB: Ubiquitin-like protein SMT3, CCR4-NOT transcription complex subunit 8

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分子 #2: Dot/Icm T4SS effector PieF

分子名称: Dot/Icm T4SS effector PieF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 16.568549 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGTGSGENL YFQGHMKRLI ICNGNKLTVC TQAISSGGIV EKYTPIFSLT KESDNELTLE LSGVARGYYI IPSELTSSQ ARAAHLITLL TRAEESQTTD MHKILNSFVS GKITSGSMFN FENDGSFKRE PEEAYNLINK I

UniProtKB: Dot/Icm T4SS effector PieF

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分子 #3: CCR4-NOT transcription complex subunit 1

分子名称: CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.237787 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGTGSGLEV LFQGPHMLEE NIQEKIAFIF NNLSQSNMTQ KVEELKETVK EEFMPWVSQY LVMKRVSIEP NFHSLYSNF LDTLKNPEFN KMVLNETYRN IKVLLTSDKA AANFSDRSLL KNLGHWLGMI TLAKNKPILH TDLDVKSLLL E AYVKGQQE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGTGSGLEV LFQGPHMLEE NIQEKIAFIF NNLSQSNMTQ KVEELKETVK EEFMPWVSQY LVMKRVSIEP NFHSLYSNF LDTLKNPEFN KMVLNETYRN IKVLLTSDKA AANFSDRSLL KNLGHWLGMI TLAKNKPILH TDLDVKSLLL E AYVKGQQE LLYVVPFVAK VLESSIRSVV FRPPNPWTMA IMNVLAELHQ EHDLKLNLKF EIEVLCKNLA LDINELKPGN LL KDKDRLK NLDEQLS

UniProtKB: CCR4-NOT transcription complex subunit 1

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200675
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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