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万見
- PDB-9e7t: Cryo-EM structure of NOT1:NOT7:PieF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e7t
タイトルCryo-EM structure of NOT1:NOT7:PieF
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 1
  • Dot/Icm T4SS effector PieF
  • SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7
キーワードGENE REGULATION / PieF / mRNA decay / deadenylation / CCR4-NOT / host-pathogen interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial respiratory chain complex II assembly / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / poly(A)-specific ribonuclease activity / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding ...mitochondrial respiratory chain complex II assembly / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / poly(A)-specific ribonuclease activity / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / succinate metabolic process / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / peroxisomal membrane / P-body assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / intracellular membraneless organelle / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of viral genome replication / nuclear estrogen receptor binding / P-body / mitochondrial intermembrane space / transcription corepressor activity / regulation of translation / 3'-5'-RNA exonuclease activity / defense response to virus / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase assembly factor 3, mitochondrial / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 ...Succinate dehydrogenase assembly factor 3, mitochondrial / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, N-terminal domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, NOT1_connector / : / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Complex1_LYR-like / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate dehydrogenase assembly factor 3 / Dot/Icm T4SS effector PieF / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Levdansky, E. / Deme, J. / Lea, S.M. / Valkov, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Intracellular pathogen effector reprograms host gene expression by inhibiting mRNA decay.
著者: Yevgen Levdansky / Justin C Deme / David J Turner / Claire T Piczak / Filip Pekovic / Anna L Valkov / Sergey G Tarasov / Susan M Lea / Eugene Valkov /
要旨: Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen, injects effector proteins into host cells to manipulate cellular processes and promote its survival and proliferation. Here, we reveal a ...Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen, injects effector proteins into host cells to manipulate cellular processes and promote its survival and proliferation. Here, we reveal a unique mechanism by which the Legionella effector PieF perturbs host mRNA decay by targeting the human CCR4-NOT deadenylase complex. High-resolution cryo-electron microscopy structures and biochemical analyses reveal that PieF binds with nanomolar affinity to the NOT7 and NOT8 catalytic subunits of CCR4-NOT, obstructing RNA access and displacing a catalytic Mg²⁺ ion from the active site. Additionally, PieF prevents NOT7/8 from associating with their partner deadenylases NOT6/6L, inhibiting the assembly of a functional deadenylase complex. Consequently, PieF robustly blocks mRNA poly(A) tail shortening and degradation with striking potency and selectivity for NOT7/8. This inhibition of deadenylation by PieF impedes cell cycle progression in human cells, revealing a novel bacterial strategy to modulate host gene expression.
履歴
登録2024年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dot/Icm T4SS effector PieF
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
C: SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9664
ポリマ－92,9413
非ポリマー241
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, mass also estimated based on mass photometry experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Dot/Icm T4SS effector PieF


分子量: 16568.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: pieF, JBJ86_12865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN5PHN6
#2: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-associated factor 1 / Negative regulator of transcription subunit 1 homolog / NOT1H / hNOT1


分子量: 29237.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT1, CDC39, KIAA1007, NOT1, AD-005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5YKK6
#3: タンパク質 SDH7p Mitochondrial protein involved in assembly of succinate dehydrogenase,CCR4-NOT transcription complex subunit 7 / BTG1-binding factor 1 / CCR4-associated factor 1 / CAF-1 / Caf1a


分子量: 47134.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KO01_01272, CNOT7, CAF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0L8VUM0, UniProt: Q9UIV1, poly(A)-specific ribonuclease
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NOT1:NOT7:PieF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 55.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 417581 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034933
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4396654
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.215636
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037743
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003850

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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