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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane | |||||||||
![]() | The unsharpen map for CR518-Norharmane | |||||||||
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![]() | complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | |||||||||
![]() | Jiang H / Hibbs RE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Environmental microbiomes drive chemotactile sensation in octopus. 著者: Rebecka J Sepela / Hao Jiang / Yern-Hyerk Shin / Tessa L Hautala / Jon Clardy / Ryan E Hibbs / Nicholas W Bellono / ![]() 要旨: Microbial communities coat nearly every surface in the environment and have co-existed with animals throughout evolution. Whether animals exploit omnipresent microbial cues to navigate their ...Microbial communities coat nearly every surface in the environment and have co-existed with animals throughout evolution. Whether animals exploit omnipresent microbial cues to navigate their surroundings is not well understood. Octopuses use "taste-by-touch" chemotactile receptors (CRs) to explore the seafloor, but how they distinguish meaningful surfaces from the rocks and crevices they encounter is unknown. Here, we report that secreted signals from microbiomes of ecologically relevant surfaces activate CRs to guide octopus behavior. Distinct molecules isolated from individual bacterial strains located on prey or eggs bind single CRs in subtly different structural conformations to elicit specific mechanisms of receptor activation, ion permeation and signal transduction, and maternal care and predation behavior. Thus, microbiomes on ecological surfaces act at the level of primary sensory receptors to inform behavior. Our study demonstrates that uncovering interkingdom interactions is essential to understanding how animal sensory systems evolved in a microbe-rich world. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 103.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 902.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 902.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The unsharpen map for CR518-Norharmane | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_47554_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_47554_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
全体 | 名称: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane |
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要素 |
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-超分子 #1: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
超分子 | 名称: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Chemotactile receptor CRT1
分子 | 名称: Chemotactile receptor CRT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.334262 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MIFVIYLVFI LISSIPIVKS TPTYGDERLL REKLLTNYSK SIRPVINLTK VVDVTALLYL QTLYDLDFVN NFIMARYYLG LIWIDEKLT WNPLDYNNIT SIYLPKDKIW TPPIKMCNSM DKSEENDGVG ELMLTYTGWI NMWSFRLLHT YCQINAYTYP F DEHTCEIY ...文字列: MIFVIYLVFI LISSIPIVKS TPTYGDERLL REKLLTNYSK SIRPVINLTK VVDVTALLYL QTLYDLDFVN NFIMARYYLG LIWIDEKLT WNPLDYNNIT SIYLPKDKIW TPPIKMCNSM DKSEENDGVG ELMLTYTGWI NMWSFRLLHT YCQINAYTYP F DEHTCEIY LCVALHTINH TRIKELIYED SKFTQNYKWD INVSGKVNGT DELFSYAFAP MYLRRKLTVG IIAMLIPTVM MT ILTIFVF LLPPESGEKV SLATTIFLSN VLYLVQIDKT TPTNTKYPSL LMLYLMLLSM LSGIATLGSV VISKLYVIQS PSL RKSNPS DQNMNKSHTN KVADISTISK VQSDLPIREK PNEKRIYCIS DYIRLDDIFL KLSIATSVII SMIFTCLLFI PLES SAWSH PQFEK UniProtKB: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #3: Norharmane
分子 | 名称: Norharmane / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NRH |
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分子量 | 理論値: 168.195 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NRH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |