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- EMDB-47554: Octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47554
タイトルOctopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
マップデータThe unsharpen map for CR518-Norharmane
試料
  • 複合体: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
    • タンパク質・ペプチド: Chemotactile receptor CRT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Norharmane
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Octopus bimaculoides (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Jiang H / Hibbs RE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Environmental microbiomes drive chemotactile sensation in octopus.
著者: Rebecka J Sepela / Hao Jiang / Yern-Hyerk Shin / Tessa L Hautala / Jon Clardy / Ryan E Hibbs / Nicholas W Bellono /
要旨: Microbial communities coat nearly every surface in the environment and have co-existed with animals throughout evolution. Whether animals exploit omnipresent microbial cues to navigate their ...Microbial communities coat nearly every surface in the environment and have co-existed with animals throughout evolution. Whether animals exploit omnipresent microbial cues to navigate their surroundings is not well understood. Octopuses use "taste-by-touch" chemotactile receptors (CRs) to explore the seafloor, but how they distinguish meaningful surfaces from the rocks and crevices they encounter is unknown. Here, we report that secreted signals from microbiomes of ecologically relevant surfaces activate CRs to guide octopus behavior. Distinct molecules isolated from individual bacterial strains located on prey or eggs bind single CRs in subtly different structural conformations to elicit specific mechanisms of receptor activation, ion permeation and signal transduction, and maternal care and predation behavior. Thus, microbiomes on ecological surfaces act at the level of primary sensory receptors to inform behavior. Our study demonstrates that uncovering interkingdom interactions is essential to understanding how animal sensory systems evolved in a microbe-rich world.
履歴
登録2024年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47554.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47554.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The unsharpen map for CR518-Norharmane
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 299.2 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 299.2 Å		0.94 Å/pix.
x 320 pix.
= 299.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.2234559 - 0.53683805
平均 (標準偏差)0.0010314527 (±0.014656147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47554_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47554_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47554_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane

全体名称: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
要素
  • 複合体: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane
    • タンパク質・ペプチド: Chemotactile receptor CRT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Norharmane

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超分子 #1: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane

超分子名称: octopus sensory receptor CRT1 bound to Norharmane / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Octopus bimaculoides (無脊椎動物)

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分子 #1: Chemotactile receptor CRT1

分子名称: Chemotactile receptor CRT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Octopus bimaculoides (無脊椎動物)
分子量理論値: 47.334262 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIFVIYLVFI LISSIPIVKS TPTYGDERLL REKLLTNYSK SIRPVINLTK VVDVTALLYL QTLYDLDFVN NFIMARYYLG LIWIDEKLT WNPLDYNNIT SIYLPKDKIW TPPIKMCNSM DKSEENDGVG ELMLTYTGWI NMWSFRLLHT YCQINAYTYP F DEHTCEIY ...文字列:
MIFVIYLVFI LISSIPIVKS TPTYGDERLL REKLLTNYSK SIRPVINLTK VVDVTALLYL QTLYDLDFVN NFIMARYYLG LIWIDEKLT WNPLDYNNIT SIYLPKDKIW TPPIKMCNSM DKSEENDGVG ELMLTYTGWI NMWSFRLLHT YCQINAYTYP F DEHTCEIY LCVALHTINH TRIKELIYED SKFTQNYKWD INVSGKVNGT DELFSYAFAP MYLRRKLTVG IIAMLIPTVM MT ILTIFVF LLPPESGEKV SLATTIFLSN VLYLVQIDKT TPTNTKYPSL LMLYLMLLSM LSGIATLGSV VISKLYVIQS PSL RKSNPS DQNMNKSHTN KVADISTISK VQSDLPIREK PNEKRIYCIS DYIRLDDIFL KLSIATSVII SMIFTCLLFI PLES SAWSH PQFEK

UniProtKB: Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain-containing protein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: Norharmane

分子名称: Norharmane / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NRH
分子量理論値: 168.195 Da
Chemical component information

ChemComp-NRH:
Norharmane / ノルハルマン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8eis

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43339
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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