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- EMDB-47511: Human ASIC1a at pH 7.5 in complex with MitTx -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47511
タイトルHuman ASIC1a at pH 7.5 in complex with MitTx
マップデータMap of human ASIC1a at pH 7.5 in complex with MitTx
試料
  • 複合体: Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound MitTx heterodimers
    • 複合体: Homotrimeric complex of human ASIC1a
      • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 1
    • 複合体: Heterodimeric complex of MitTx alpha and beta subunits
      • タンパク質・ペプチド: Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha
      • タンパク質・ペプチド: Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta
キーワードIon channel / Trimer / Toxin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / ion channel regulator activity / : / neurotransmitter secretion / arachidonate secretion / response to acidic pH ...monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / ion channel regulator activity / : / neurotransmitter secretion / arachidonate secretion / response to acidic pH / ligand-gated sodium channel activity / sodium ion transport / regulation of postsynapse assembly / associative learning / behavioral fear response / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / sodium ion transmembrane transport / response to amphetamine / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of membrane potential / phospholipid binding / postsynaptic density membrane / Stimuli-sensing channels / calcium ion transmembrane transport / memory / toxin activity / presynapse / calcium ion binding / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain superfamily / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha / Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Micrurus tener tener (コブラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Hartfield KA / Yoshioka C / Cahill J / Baconguis I
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138862 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational plasticity of human acid-sensing ion channel 1a
著者: Cahill J / Hartfield KA / Heusser SA / Ritter N / Poulsen MH / Yoshioka C / Pless SA / Baconguis I
履歴
登録2024年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of human ASIC1a at pH 7.5 in complex with MitTx
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.04 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.04 Å		0.81 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.814 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0864819 - 0.2510672
平均 (標準偏差)0.0008320909 (±0.006388319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 293.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B corresponding to the primary map

ファイルemd_47511_half_map_1.map
注釈Half map B corresponding to the primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A corresponding to the primary map

ファイルemd_47511_half_map_2.map
注釈Half map A corresponding to the primary map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound ...

全体名称: Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound MitTx heterodimers
要素
  • 複合体: Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound MitTx heterodimers
    • 複合体: Homotrimeric complex of human ASIC1a
      • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 1
    • 複合体: Heterodimeric complex of MitTx alpha and beta subunits
      • タンパク質・ペプチド: Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha
      • タンパク質・ペプチド: Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta

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超分子 #1: Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound ...

超分子名称: Homotrimeric complex of acid-sensing channel 1a with three bound MitTx heterodimers
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Homotrimeric complex of human ASIC1a

超分子名称: Homotrimeric complex of human ASIC1a / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Heterodimeric complex of MitTx alpha and beta subunits

超分子名称: Heterodimeric complex of MitTx alpha and beta subunits
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Micrurus tener tener (コブラ)

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分子 #1: Acid-sensing ion channel 1

分子名称: Acid-sensing ion channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Thrombin cleavage product of construct with N-terminal fusion of 8xHis-EGFP-Thrombin site
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.252625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGRMELKAEE EEVGGVQPVS IQAFASSSTL HGLAHIFSYE RLSLKRALWA LCFLGSLAVL LCVCTERVQY YFHYHHVTKL DEVAASQLT FPAVTLCNLN EFRFSQVSKN DLYHAGELLA LLNNRYEIPD TQMADEKQLE ILQDKANFRS FKPKPFNMRE F YDRAGHDI ...文字列:
GGRMELKAEE EEVGGVQPVS IQAFASSSTL HGLAHIFSYE RLSLKRALWA LCFLGSLAVL LCVCTERVQY YFHYHHVTKL DEVAASQLT FPAVTLCNLN EFRFSQVSKN DLYHAGELLA LLNNRYEIPD TQMADEKQLE ILQDKANFRS FKPKPFNMRE F YDRAGHDI RDMLLSCHFR GEVCSAEDFK VVFTRYGKCY TFNSGRDGRP RLKTMKGGTG NGLEIMLDIQ QDEYLPVWGE TD ETSFEAG IKVQIHSQDE PPFIDQLGFG VAPGFQTFVA CQEQRLIYLP PPWGTCKAVT MDSDLDFFDS YSITACRIDC ETR YLVENC NCRMVHMPGD APYCTPEQYK ECADPALDFL VEKDQEYCVC EMPCNLTRYG KELSMVKIPS KASAKYLAKK FNKS EQYIG ENILVLDIFF EVLNYETIEQ KKAYEIAGLL GDIGGQMGLF IGASILTVLE LFDYAYEVIK HKLCRRGKCQ KEAKR SSAD KGVALSLDDV KRHNPCESLR GHPAGMTYAA NILPHHPARG TFEDFTC

UniProtKB: Acid-sensing ion channel 1

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分子 #2: Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha

分子名称: Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Micrurus tener tener (コブラ)
分子量理論値: 7.117976 KDa
配列文字列:
(PCA)IRPAFCYED PPFFQKCGAF VDSYYFNRSR ITCVHFFYGQ CDVNQNHFTT MSECNRVCHG

UniProtKB: Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha

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分子 #3: Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta

分子名称: Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Micrurus tener tener (コブラ)
分子量理論値: 13.767645 KDa
配列文字列:
NLNQFRLMIK CTNDRVWADF VDYGCYCVAR DSNTPVDDLD RCCQAQKQCY DEAVKVHGCK PLVMFYSFEC RYLASDLDCS GNNTKCRNF VCNCDRTATL CILTATYNRN NHKIDPSRCQ

UniProtKB: Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNa2HPO4/NaH2PO4sodium phosphate
200.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mg/mLdigitonin
1.0 mMC9H15O6PTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse sample of homotrimeric ASIC1a mixed with MitTx alpha-beta complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 541317
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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