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- EMDB-47482: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - Monoligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47482
タイトルTorpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor - Monoliganded State
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードNicotinic acetylcholine receptor / Ion channel / Cys-loop receptor / Pentameric ligand-gated ion channel / Neurotransmitter-gated receptor / Ligand-gated ion channel / Primed state / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit beta / Acetylcholine receptor subunit gamma / Acetylcholine receptor subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Thompson MJ / Nury H / Zarkadas E / Baenziger JE
資金援助 カナダ, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)175223 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04723 カナダ
European Research Council (ERC)637733European Union
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04801 カナダ
Canada Foundation for Innovation34475 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)377068 カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Asynchronous subunit transitions prime acetylcholine receptor activation.
著者: Mackenzie J Thompson / Christian J G Tessier / Anna Ananchenko / Camille Hénault / Johnathon R Emlaw / François Dehez / Eleftherios Zarkadas / Corrie J B daCosta / Hugues Nury / John E Baenziger /
要旨: Communication at synapses is facilitated by postsynaptic receptors, which convert a chemical signal into an electrical response. For ligand-gated ion channels, agonist binding triggers rapid ...Communication at synapses is facilitated by postsynaptic receptors, which convert a chemical signal into an electrical response. For ligand-gated ion channels, agonist binding triggers rapid transitions through intermediate states leading to a transient open-pore conformation, with these transitions shaping the post-synaptic response. Here, we determine structures of the muscle-type nicotinic acetylcholine receptor in unliganded, mono-liganded, and di-liganded states. Agonist binding to a single site stabilizes a closed structure where an entire principal agonist-binding subunit transitions to an active-like conformation, while the other unoccupied principal subunit remains inactive, albeit poised for activation. Uniting this intermediate structure with single-channel recordings informs a sequential activation mechanism where asynchronous subunit transitions prime the receptor for activation, a finding with implications for an entire superfamily of pentameric ligand-gated ion channels.
履歴
登録2024年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 297.728 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 297.728 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 297.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.163 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.46570295 - 1.0408564
平均 (標準偏差)0.00009970136 (±0.029893966)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 297.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47482_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_47482_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEM enhancer map

ファイルemd_47482_additional_1.map
注釈DeepEM enhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_47482_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_47482_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor

全体名称: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
要素
  • 複合体: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit gamma
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor

超分子名称: Torpedo muscle-type nicotinic acetylcholine receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha

分子名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 50.168164 KDa
配列文字列: SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS ...文字列:
SEHETRLVAN LLENYNKVIR PVEHHTHFVD ITVGLQLIQL ISVDEVNQIV ETNVRLRQQW IDVRLRWNPA DYGGIKKIRL PSDDVWLPD LVLYNNADGD FAIVHMTKLL LDYTGKIMWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDQ QNCTMKLGIW TYDGTKVSIS P ESDRPDLS TFMESGEWVM KDYRGWKHWV YYTCCPDTPY LDITYHFIMQ RIPLYFVVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMIFVIS SIIITVVVIN THHRSPSTHT MPQWVRKIFI DTI PNVMFF STMKRASKEK QENKIFADDI DISDISGKQV TGEVIFQTPL IKNPDVKSAI EGVKYIAEHM KSDEESSNAA EEWK YVAMV IDHILLCVFM LICIIGTVSV FAGRLIELSQ EG

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit alpha

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分子 #2: Acetylcholine receptor subunit beta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 53.731773 KDa
配列文字列: SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER ...文字列:
SVMEDTLLSV LFETYNPKVR PAQTVGDKVT VRVGLTLTNL LILNEKIEEM TTNVFLNLAW TDYRLQWDPA AYEGIKDLRI PSSDVWQPD IVLMNNNDGS FEITLHVNVL VQHTGAVSWQ PSAIYRSSCT IKVMYFPFDW QNCTMVFKSY TYDTSEVTLQ H ALDAKGER EVKEIVINKD AFTENGQWSI EHKPSRKNWR SDDPSYEDVT FYLIIQRKPL FYIVYTIIPC ILISILAILV FY LPPDAGE KMSLSISALL AVTVFLLLLA DKVPETSLSV PIIIRYLMFI MILVAFSVIL SVVVLNLHHR SPNTHTMPNW IRQ IFIETL PPFLWIQRPV TTPSPDSKPT IISRANDEYF IRKPAGDFVC PVDNARVAVQ PERLFSEMKW HLNGLTQPVT LPQD LKEAV EAIKYIAEQL ESASEFDDLK KDWQYVAMVA DRLFLYVFFV ICSIGTFSIF LDASHNVPPD NPFA

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit beta

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分子 #3: Acetylcholine receptor subunit delta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 57.625711 KDa
配列文字列: VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID ...文字列:
VNEEERLIND LLIVNKYNKH VRPVKHNNEV VNIALSLTLS NLISLKETDE TLTSNVWMDH AWYDHRLTWN ASEYSDISIL RLPPELVWI PDIVLQNNND GQYHVAYFCN VLVRPNGYVT WLPPAIFRSS CPINVLYFPF DWQNCSLKFT ALNYDANEIT M DLMTDTID GKDYPIEWII IDPEAFTENG EWEIIHKPAK KNIYPDKFPN GTNYQDVTFY LIIRRKPLFY VINFITPCVL IS FLASLAF YLPAESGEKM STAISVLLAQ AVFLLLTSQR LPETALAVPL IGKYLMFIMS LVTGVIVNCG IVLNFHFRTP STH VLSTRV KQIFLEKLPR ILHMSRADES EQPDWQNDLK LRRSSSVGYI SKAQEYFNIK SRSELMFEKQ SERHGLVPRV TPRI GFGNN NENIAASDQL HDEIKSGIDS TNYIVKQIKE KNAYDEEVGN WNLVGQTIDR LSMFIITPVM VLGTIFIFVM GNFNH PPAK PFEGDPFDYS SDHPRCA

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit delta

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分子 #4: Acetylcholine receptor subunit gamma

分子名称: Acetylcholine receptor subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetronarce californica (エイ)
分子量理論値: 56.206574 KDa
配列文字列: NEEGRLIEKL LGDYDKRIIP AKTLDHIIDV TLKLTLTNLI SLNEKEEALT TNVWIEIQWN DYRLSWNTSE YEGIDLVRIP SELLWLPDV VLENNVDGQF EVAYYANVLV YNDGSMYWLP PAIYRSTCPI AVTYFPFDWQ NCSLVFRSQT YNAHEVNLQL S AEEGEAVE ...文字列:
NEEGRLIEKL LGDYDKRIIP AKTLDHIIDV TLKLTLTNLI SLNEKEEALT TNVWIEIQWN DYRLSWNTSE YEGIDLVRIP SELLWLPDV VLENNVDGQF EVAYYANVLV YNDGSMYWLP PAIYRSTCPI AVTYFPFDWQ NCSLVFRSQT YNAHEVNLQL S AEEGEAVE WIHIDPEDFT ENGEWTIRHR PAKKNYNWQL TKDDTDFQEI IFFLIIQRKP LFYIINIIAP CVLISSLVVL VY FLPAQAG GQKCTLSISV LLAQTIFLFL IAQKVPETSL NVPLIGKYLI FVMFVSMLIV MNCVIVLNVS LRTPNTHSLS EKI KHLFLG FLPKYLGMQL EPSEETPEKP QPRRRSSFGI MIKAEEYILK KPRSELMFEE QKDRHGLKRV NKMTSDIDIG TTVD LYKDL ANFAPEIKSC VEACNFIAKS TKEQNDSGSE NENWVLIGKV IDKACFWIAL LLFSIGTLAI FLTGHFNQVP EFPFP GDPR KYVP

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit gamma

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分子 #10: ACETYLCHOLINE

分子名称: ACETYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ACH
分子量理論値: 146.207 Da
Chemical component information

ChemComp-ACH:
ACETYLCHOLINE

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分子 #11: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 5 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.65 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
125.0 mMNaClsodium chloride

詳細: This map comes from particles from five datasets recorded in the presence of five sub-saturating concentrations of acetylcholine: 20, 50, 100, 250, and 500 nM.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperce but suffered from orientation bias.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15064889
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ql5

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 129828
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る