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万見
- EMDB-47476: Cryo-EM structure of PRMT5/WDR77 in complex with 6S complex (pICl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47476
タイトルCryo-EM structure of PRMT5/WDR77 in complex with 6S complex (pICln PBM local refinement)
マップデータMap of locally refined PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide
試料
  • 複合体: PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)
    • 複合体: PRMT5/WDR77
      • タンパク質・ペプチド: Protein arginine N-methyltransferase 5
      • タンパク質・ペプチド: Methylosome protein WDR77
    • 複合体: 6S complex
      • 複合体: Methylosome subunit pICln
        • タンパク質・ペプチド: Methylosome subunit pICln
      • 複合体: small nuclear ribonucleoproteins Sm D1, E, F, G
キーワードPRMT5 / Methyl transferase / WDR77 / arginine / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / cell volume homeostasis / methyl-CpG binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / histone H2AQ104 methyltransferase activity / chloride transport / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / histone methyltransferase activity / E-box binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / spliceosomal complex / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoskeleton / transcription coactivator activity / cilium / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ICln / Protein ICln/Lot5/Saf5 / Regulator of volume decrease after cellular swelling / : / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase ...ICln / Protein ICln/Lot5/Saf5 / Regulator of volume decrease after cellular swelling / : / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / PH-like domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome subunit pICln / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Jin CY / Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA262188 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Substrate adaptors are flexible tethering modules that enhance substrate methylation by the arginine methyltransferase PRMT5.
著者: Cyrus Y Jin / Moritz Hunkeler / Kathleen M Mulvaney / William R Sellers / Eric S Fischer /
要旨: Protein arginine methyltransferase (PRMT) 5 is an essential arginine methyltransferase responsible for the majority of cellular symmetric dimethyl-arginine marks. PRMT5 uses substrate adaptors such ...Protein arginine methyltransferase (PRMT) 5 is an essential arginine methyltransferase responsible for the majority of cellular symmetric dimethyl-arginine marks. PRMT5 uses substrate adaptors such as pICln, RIOK1, and COPR5 to recruit and methylate a wide range of substrates. Although the substrate adaptors play important roles in substrate recognition, how they direct PRMT5 activity towards specific substrates remains incompletely understood. Using biochemistry and cryogenic electron microscopy, we show that these adaptors compete for the same binding site on PRMT5. We find that substrate adaptor and substrate complexes are bound to PRMT5 through two peptide motifs, enabling these adaptors to act as flexible tethering modules to enhance substrate methylation. Taken together, our results shed structural and mechanistic light on the PRMT5 substrate adaptor function and the biochemical nature of PRMT5 interactors.
履歴
登録2024年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of locally refined PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 300 pix.
= 422.4 Å		1.41 Å/pix.
x 300 pix.
= 422.4 Å		1.41 Å/pix.
x 300 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.408 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.9634117 - 1.8082377
平均 (標準偏差)-0.0009764499 (±0.023826383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 422.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47476_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of local refinement of PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide

ファイルemd_47476_half_map_1.map
注釈Half map of local refinement of PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of local refinement of PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide

ファイルemd_47476_half_map_2.map
注釈Half map of local refinement of PRMT5/WDR77/pICln PBM peptide
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)

全体名称: PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)
要素
  • 複合体: PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)
    • 複合体: PRMT5/WDR77
      • タンパク質・ペプチド: Protein arginine N-methyltransferase 5
      • タンパク質・ペプチド: Methylosome protein WDR77
    • 複合体: 6S complex
      • 複合体: Methylosome subunit pICln
        • タンパク質・ペプチド: Methylosome subunit pICln
      • 複合体: small nuclear ribonucleoproteins Sm D1, E, F, G

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超分子 #1: PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)

超分子名称: PRMT5/WDR77 in complex with 6S (PBM local refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 770 KDa

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超分子 #2: PRMT5/WDR77

超分子名称: PRMT5/WDR77 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 6S complex

超分子名称: 6S complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Methylosome subunit pICln

超分子名称: Methylosome subunit pICln / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #3

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超分子 #5: small nuclear ribonucleoproteins Sm D1, E, F, G

超分子名称: small nuclear ribonucleoproteins Sm D1, E, F, G / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 3

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分子 #1: Protein arginine N-methyltransferase 5

分子名称: Protein arginine N-methyltransferase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: type II protein arginine methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.766664 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAMAVGGAG GSRVSSGRDL NCVPEIADTL GAVAKQGFDF LCMPVFHPRF KREFIQEPAK NRPGPQTRSD LLLSGRDWNT LIVGKLSPW IRPDSKVEKI RRNSEAAMLQ ELNFGAYLGL PAFLLPLNQE DNTNLARVLT NHIHTGHHSS MFWMRVPLVA P EDLRDDII ...文字列:
MAAMAVGGAG GSRVSSGRDL NCVPEIADTL GAVAKQGFDF LCMPVFHPRF KREFIQEPAK NRPGPQTRSD LLLSGRDWNT LIVGKLSPW IRPDSKVEKI RRNSEAAMLQ ELNFGAYLGL PAFLLPLNQE DNTNLARVLT NHIHTGHHSS MFWMRVPLVA P EDLRDDII ENAPTTHTEE YSGEEKTWMW WHNFRTLCDY SKRIAVALEI GADLPSNHVI DRWLGEPIKA AILPTSIFLT NK KGFPVLS KMHQRLIFRL LKLEVQFIIT GTNHHSEKEF CSYLQYLEYL SQNRPPPNAY ELFAKGYEDY LQSPLQPLMD NLE SQTYEV FEKDPIKYSQ YQQAIYKCLL DRVPEEEKDT NVQVLMVLGA GRGPLVNASL RAAKQADRRI KLYAVEKNPN AVVT LENWQ FEEWGSQVTV VSSDMREWVA PEKADIIVSE LLGSFADNEL SPECLDGAQH FLKDDGVSIP GEYTSFLAPI SSSKL YNEV RACREKDRDP EAQFEMPYVV RLHNFHQLSA PQPCFTFSHP NRDPMIDNNR YCTLEFPVEV NTVLHGFAGY FETVLY QDI TLSIRPETHS PGMFSWFPIL FPIKQPITVR EGQTICVRFW RCSNSKKVWY EWAVTAPVCS AIHNPTGRSY TIGL

UniProtKB: Protein arginine N-methyltransferase 5

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分子 #2: Methylosome protein WDR77

分子名称: Methylosome protein WDR77 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.186695 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGGRTMRKET PPPLVPPAAR EWNLPPNAPA CMERQLEAAR YRSDGALLLG ASSLSGRCWA GSLWLFKDPC AAPNEGFCSA GVQTEAGVA DLTWVGERGI LVASDSGAVE LWELDENETL IVSKFCKYEH DDIVSTVSVL SSGTQAVSGS KDICIKVWDL A QQVVLSSY ...文字列:
GGGRTMRKET PPPLVPPAAR EWNLPPNAPA CMERQLEAAR YRSDGALLLG ASSLSGRCWA GSLWLFKDPC AAPNEGFCSA GVQTEAGVA DLTWVGERGI LVASDSGAVE LWELDENETL IVSKFCKYEH DDIVSTVSVL SSGTQAVSGS KDICIKVWDL A QQVVLSSY RAHAAQVTCV AASPHKDSVF LSCSEDNRIL LWDTRCPKPA SQIGCSAPGY LPTSLAWHPQ QSEVFVFGDE NG TVSLVDT KSTSCVLSSA VHSQCVTGLV FSPHSVPFLA SLSEDCSLAV LDSSLSELFR SQAHRDFVRD ATWSPLNHSL LTT VGWDHQ VVHHVVPTEP LPAPGPASVT E

UniProtKB: Methylosome protein WDR77

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分子 #3: Methylosome subunit pICln

分子名称: Methylosome subunit pICln / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.552504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SSGSMSFLKS FPPPGPAEGL LRQQPDTEAV LNGKGLGTGT LYIAESRLSW LDGSGLGFSL EYPTISLHAL SRDRSDCLGE HLYVMVNAK FEEESKEPVA DEEEEDSDDD VEPITEFRFV PSDKSALEAM FTAMCECQAL HPDPEDEDSD DYDGEEYDVE A HEQGQGDI ...文字列:
SSGSMSFLKS FPPPGPAEGL LRQQPDTEAV LNGKGLGTGT LYIAESRLSW LDGSGLGFSL EYPTISLHAL SRDRSDCLGE HLYVMVNAK FEEESKEPVA DEEEEDSDDD VEPITEFRFV PSDKSALEAM FTAMCECQAL HPDPEDEDSD DYDGEEYDVE A HEQGQGDI PTFYTYEEGL SHLTAEGQAT LERLEGMLSQ SVSSQYNMAG VRTEDSIRDY EDGMEVDTTP TVAGQFEDAD VD H

UniProtKB: Methylosome subunit pICln

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
3.0 mMC9H15O6PTCEP
3.33 mMC15H23N7O5sinefungin

詳細: 30 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP, 3.33 mM sinefungin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3615 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 53.112 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細motioncorrected on the fly by cryosparc live
粒子像選択選択した数: 2100293 / 詳細: topaz
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 285661
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6v0o

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6v0o

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6v0o

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 98.6 / 当てはまり具合の基準: real space correlation
得られたモデル

PDB-9e3a:
Cryo-EM structure of PRMT5/WDR77 in complex with 6S complex (pICln PBM local refinement)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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