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- EMDB-4743: Ribosome-bound SecYEG translocon in a nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4743
タイトルRibosome-bound SecYEG translocon in a nanodisc
マップデータSecYEG:Nanodisc portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex after multi-body refinement.
試料
  • 複合体: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the translocon SecYEG in a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: SecG
    • タンパク質・ペプチド: SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecY
キーワードmonomeric translocon / nanodisc / insertion intermediate / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / intracellular protein transport ...protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / intracellular protein transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily ...SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Kater L / Beckmann R
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationKE1879/3-1 ドイツ
German Research FoundationCRC 1208 ドイツ
European Research CouncilCRYOTRANSLATION
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2019
タイトル: Partially inserted nascent chain unzips the lateral gate of the Sec translocon.
著者: Lukas Kater / Benedikt Frieg / Otto Berninghausen / Holger Gohlke / Roland Beckmann / Alexej Kedrov /
要旨: The Sec translocon provides the lipid bilayer entry for ribosome-bound nascent chains and thus facilitates membrane protein biogenesis. Despite the appreciated role of the native environment in the ...The Sec translocon provides the lipid bilayer entry for ribosome-bound nascent chains and thus facilitates membrane protein biogenesis. Despite the appreciated role of the native environment in the translocon:ribosome assembly, structural information on the complex in the lipid membrane is scarce. Here, we present a cryo-electron microscopy-based structure of bacterial translocon SecYEG in lipid nanodiscs and elucidate an early intermediate state upon insertion of the FtsQ anchor domain. Insertion of the short nascent chain causes initial displacements within the lateral gate of the translocon, where α-helices 2b, 7, and 8 tilt within the membrane core to "unzip" the gate at the cytoplasmic side. Molecular dynamics simulations demonstrate that the conformational change is reversed in the absence of the ribosome, and suggest that the accessory α-helices of SecE subunit modulate the lateral gate conformation. Site-specific cross-linking validates that the FtsQ nascent chain passes the lateral gate upon insertion. The structure and the biochemical data suggest that the partially inserted nascent chain remains highly flexible until it acquires the transmembrane topology.
履歴
登録2019年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月7日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r7l
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6r7l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SecYEG:Nanodisc portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex after multi-body refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 80 pix.
= 173.44 Å		2.17 Å/pix.
x 80 pix.
= 173.44 Å		2.17 Å/pix.
x 80 pix.
= 173.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.168 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.2704685 - 0.542913
平均 (標準偏差)-0.0021569747 (±0.019495174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 173.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1682.1682.168
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z173.440173.440173.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-15-9-23
NX/NY/NZ635180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.2700.543-0.002

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添付データ

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追加マップ: Large ribosomal subunit portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex...

ファイルemd_4743_additional_1.map
注釈Large ribosomal subunit portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex after multi-body refinement. This map includes the tRNA, nascent chain, SecYEG and nanodisc. Filtered according to local resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Large ribosomal subunit portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex...

ファイルemd_4743_additional_2.map
注釈Large ribosomal subunit portion of the RNC:SecYEG:Nanodisc complex after multi-body refinement. This map includes the tRNA, nascent chain, SecYEG and nanodisc. Filtered according to local resolution.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the...

全体名称: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the translocon SecYEG in a nanodisc
要素
  • 複合体: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the translocon SecYEG in a nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: SecG
    • タンパク質・ペプチド: SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocase subunit SecY

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超分子 #1: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the...

超分子名称: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the translocon SecYEG in a nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: SecG

分子名称: SecG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.890321 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

-
分子 #2: SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit...

分子名称: SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE,Protein translocase subunit SecE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.880122 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)LLTTKGKAT VAFAREARTE VRKVIWPTRQ ETLHTTLIVA AVTAVM SLI LWGLDGILVR LVSFITGLRF

UniProtKB: Protein translocase subunit SecE

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分子 #3: Protein translocase subunit SecY

分子名称: Protein translocase subunit SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 48.553375 KDa
配列文字列: MAKQPGLDFQ SAKGGLGELK RRLLFVIGAL IVFRIGSFIP IPGIDAAVLA KLLEQQRGTI IEMFNMFSGG ALSRASIFAL GIMPYISAS IIIQLLTVVH PTLAEIKKEG ESGRRKISQY TRYGTLVLAI FQSIGIATGL PNMPGMQGLV INPGFAFYFT A VVSLVTGT ...文字列:
MAKQPGLDFQ SAKGGLGELK RRLLFVIGAL IVFRIGSFIP IPGIDAAVLA KLLEQQRGTI IEMFNMFSGG ALSRASIFAL GIMPYISAS IIIQLLTVVH PTLAEIKKEG ESGRRKISQY TRYGTLVLAI FQSIGIATGL PNMPGMQGLV INPGFAFYFT A VVSLVTGT MFLMWLGEQI TERGIGNGIS IIIFAGIVAG LPPAIAHTIE QARQGDLHFL VLLLVAVLVF AVTFFVVFVE RG QRRIVVN YAKRQQGRRV YAAQSTHLPL KVNMAGVIPA IFASSIILFP ATIASWFGGG TGWNWLTTIS LYLQPGQPLY VLL YASAII FFCFFYTALV FNPRETADNL KKSGAFVPGI RPGEQTAKYI DKVMTRLTLV GALYITFICL IPEFMRDAMK VPFY FGGTS LLIVVVVIMD FMAQVQTLMM SSQYESALKK ANLKGYGR

UniProtKB: Protein translocase subunit SecY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 13098 / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 837184
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 112366
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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