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万見
- EMDB-4740: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphafle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4740
タイトルAtomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family
マップデータ
試料
  • ウイルス: Potato virus X (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • RNA: polyU RNA
  • リガンド: water
キーワードVirus / Coat Protein / RNA
機能・相同性Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / helical viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / Coat protein / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Potato virus X (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Grinzato A / Kandiah E
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family.
著者: Alessandro Grinzato / Eaazhisai Kandiah / Chiara Lico / Camilla Betti / Selene Baschieri / Giuseppe Zanotti /
要旨: Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology ...Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology applications. We present the cryo-electron microscopy structure of the PVX particle at a resolution of 2.2 Å. The well-defined density of the coat proteins and of the genomic RNA allowed a detailed analysis of protein-RNA interactions, including those mediated by solvent molecules. The particle is formed by repeated segments made of 8.8 coat proteins, forming a left-handed helical structure. The RNA runs in an internal crevice along the virion, packaged in 5-nucleotide repeats in which the first four bases are stacked in the classical way, while the fifth is rotated and nearly perpendicular. The resolution of the structure described here suggests a mechanism for the virion assembly and potentially provides a platform for the rational design of antiviral compounds and for the use of PVX in nanotechnology.
履歴
登録2019年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r7g
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6r7g
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.72 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.72 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.1463817 - 0.26963514
平均 (標準偏差)0.00079593103 (±0.008798706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.720297.720297.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1460.2700.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Potato virus X

全体名称: Potato virus X (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Potato virus X (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • RNA: polyU RNA
  • リガンド: water

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超分子 #1: Potato virus X

超分子名称: Potato virus X / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 12183 / 生物種: Potato virus X / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Potato virus X (ウイルス)
分子量理論値: 22.519514 KDa
配列文字列: ASGLFTIPDG DFFSTARAIV ASNAVATNED LSKIEAIWKD MKVPTDTMAQ AAWDLVRHCA DVGSSAQTEM IDTGPYSNGI SRARLAAAI KEVCTLRQFC MKYAPVVWNW MLTNNSPPAN WQAQGFKPEH KFAAFDFFNG VTNPAAIMPK EGLIRPPSEA E MNAAQTAA ...文字列:
ASGLFTIPDG DFFSTARAIV ASNAVATNED LSKIEAIWKD MKVPTDTMAQ AAWDLVRHCA DVGSSAQTEM IDTGPYSNGI SRARLAAAI KEVCTLRQFC MKYAPVVWNW MLTNNSPPAN WQAQGFKPEH KFAAFDFFNG VTNPAAIMPK EGLIRPPSEA E MNAAQTAA FVKITKARAQ SNDFASLDAA VTRGRITGTT TAEAVVTLPP P

UniProtKB: Coat protein

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分子 #2: polyU RNA

分子名称: polyU RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Potato virus X (ウイルス)
分子量理論値: 21.080488 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUU

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 92 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.96 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 40.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 331130
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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