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- EMDB-47323: Cryo-EM structure of Sudan ebolavirus glycoprotein complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47323
タイトルCryo-EM structure of Sudan ebolavirus glycoprotein complexed with hNPC1-C
マップデータsharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex
試料
  • 複合体: SUDV GP complexed with NPC1-C
    • タンパク質・ペプチド: NPC intracellular cholesterol transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Shed GP
キーワードSUDV / hNPC1-C / glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / cholesterol metabolic process / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / cholesterol homeostasis / macroautophagy / liver development / autophagy / endocytosis / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / signaling receptor activity / virus receptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / gene expression / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / lysosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / virion membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 ...NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Bu F / Ye G / Liu B / Li F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI171954 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of Sudan ebolavirus glycoprotein complexed with its human endosomal receptor NPC1.
著者: Fan Bu / Gang Ye / Hailey Turner-Hubbard / Morgan Herbst / Bin Liu / Fang Li /
要旨: Sudan ebolavirus (SUDV), like Ebola ebolavirus (EBOV), poses a significant threat to global health and security due to its high lethality. However, unlike EBOV, there are no approved vaccines or ...Sudan ebolavirus (SUDV), like Ebola ebolavirus (EBOV), poses a significant threat to global health and security due to its high lethality. However, unlike EBOV, there are no approved vaccines or treatments for SUDV, and its structural interaction with the endosomal receptor NPC1 remains unclear. This study compares the glycoproteins of SUDV and EBOV (in their proteolytically primed forms) and their binding to human NPC1 (hNPC1). The findings reveal that the SUDV glycoprotein binds significantly more strongly to hNPC1 than the EBOV glycoprotein. Using cryo-EM, we determined the structure of the SUDV glycoprotein/hNPC1 complex, identifying four key residues in the SUDV glycoprotein that differ from those in the EBOV glycoprotein and influence hNPC1 binding: Ile79, Ala141, and Pro148 enhance binding, while Gln142 reduces it. Collectively, these residue differences account for SUDV's stronger binding affinity for hNPC1. This study provides critical insights into receptor recognition across all viruses in the ebolavirus genus, including their interactions with receptors in bats, their suspected reservoir hosts. These findings advance our understanding of ebolavirus cell entry, tissue tropism, and host range.
履歴
登録2024年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.307 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88533 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00825
最小 - 最大-0.29398918 - 0.5478778
平均 (標準偏差)-0.000019989919 (±0.011310393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 283.30664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex

ファイルemd_47323_additional_1.map
注釈sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex

ファイルemd_47323_half_map_1.map
注釈sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex

ファイルemd_47323_half_map_2.map
注釈sharpened map of SUDV GPcl/NPC1-C complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SUDV GP complexed with NPC1-C

全体名称: SUDV GP complexed with NPC1-C
要素
  • 複合体: SUDV GP complexed with NPC1-C
    • タンパク質・ペプチド: NPC intracellular cholesterol transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Shed GP

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超分子 #1: SUDV GP complexed with NPC1-C

超分子名称: SUDV GP complexed with NPC1-C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sudan ebolavirus (エボラウイルス)

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分子 #1: NPC intracellular cholesterol transporter 1

分子名称: NPC intracellular cholesterol transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.792486 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SASTTNPVDL WSAPSSQARL EKEYFDQHFG PFFRTEQLII RAPLTDKHIY QPYPSGADVP FGPPLDIQI LHQVLDLQIA IENITASYDN ETVTLQDICL APLSPYNTNC TILSVLNYFQ NSHSVLDHKK GDDFFVYADY H THFLYCVR ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SASTTNPVDL WSAPSSQARL EKEYFDQHFG PFFRTEQLII RAPLTDKHIY QPYPSGADVP FGPPLDIQI LHQVLDLQIA IENITASYDN ETVTLQDICL APLSPYNTNC TILSVLNYFQ NSHSVLDHKK GDDFFVYADY H THFLYCVR APASLNDTSL LHDPCLGTFG GPVFPWLVLG GYDDQNYNNA TALVITFPVN NYYNDTEKLQ RAQAWEKEFI NF VKNYKNP NLTISFTAER SIEDELNRES DSDGSWSHPQ FEK

UniProtKB: NPC intracellular cholesterol transporter 1

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分子 #2: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 21.546752 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGGLSLLQLP RDKFRKSSFF VWVIILFQKA FSMPLGVVTN STLEVTEIDQ LVCKDHLAST DQLKSVGLNL EGSGVSTDIP SATKRWGFR SGVPPKVVSY EAGEWAENCY NLEIKKPDGS ECLPPPPDGV RGFPRCRYVH KAQGTGPCPG DYAFHKDGAF F LYDRLAST ...文字列:
MGGLSLLQLP RDKFRKSSFF VWVIILFQKA FSMPLGVVTN STLEVTEIDQ LVCKDHLAST DQLKSVGLNL EGSGVSTDIP SATKRWGFR SGVPPKVVSY EAGEWAENCY NLEIKKPDGS ECLPPPPDGV RGFPRCRYVH KAQGTGPCPG DYAFHKDGAF F LYDRLAST VIYRGVNFAE GVIAFLILAK PKETFLQ

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #3: Shed GP

分子名称: Shed GP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 18.787199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GKCNPNLHYW TAQEQHNAAG IAWIPYFGPG AEGIYTEGLM HNQNALVCGL RQLANETTQA LQLFLRATTE LRTYTILNRK AIDFLLRRW GGTCRILGPD CCIEPHDWTK NITDKINQII HDFIDNPLPN GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG H HHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159976
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5f1b


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9dz2:
Cryo-EM structure of Sudan ebolavirus glycoprotein complexed with hNPC1-C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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