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- EMDB-47269: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47269
タイトルTernary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione
キーワードCRBN / molecular glue / E3 ligase / PDE6D / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / visual perception / positive regulation of gluconeogenesis / cytoplasmic vesicle membrane / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RAS processing / small GTPase binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / cilium / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain ...Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / Immunoglobulin E-set / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Baek K / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA214608 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2514-24 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Unveiling the hidden interactome of CRBN molecular glues.
著者: Kheewoong Baek / Rebecca J Metivier / Shourya S Roy Burman / Jonathan W Bushman / Hojong Yoon / Ryan J Lumpkin / Julia K Ryan / Dinah M Abeja / Megha Lakshminarayan / Hong Yue / Samuel Ojeda ...著者: Kheewoong Baek / Rebecca J Metivier / Shourya S Roy Burman / Jonathan W Bushman / Hojong Yoon / Ryan J Lumpkin / Julia K Ryan / Dinah M Abeja / Megha Lakshminarayan / Hong Yue / Samuel Ojeda / Yuan Xiong / Jianwei Che / Alyssa L Verano / Anna M Schmoker / Nathanael S Gray / Katherine A Donovan / Eric S Fischer /
要旨: Induced proximity by molecular glues refers to strategies that leverage the recruitment of proteins to facilitate their modification, regulation or degradation. As prospective design of molecular ...Induced proximity by molecular glues refers to strategies that leverage the recruitment of proteins to facilitate their modification, regulation or degradation. As prospective design of molecular glues remains challenging, unbiased discovery methods are necessary to discover new chemical targets. Here we establish a high throughput affinity proteomics workflow leveraging E3 ligase activity-impaired CRBN-DDB1ΔB in cell lysates for the unbiased identification of molecular glue targets. By mapping the interaction landscape of CRBN-binding molecular glues, we unveil 298 protein targets and demonstrate the utility of enrichment methods for identifying targets overlooked by established methods. We use a computational workflow to estimate target confidence and perform biochemical and structural validation of uncharacterized neo-substrates. We further identify a lead compound for the previously untargeted non-zinc finger PPIL4 through a biochemical screen. Our study provides a comprehensive inventory of targets chemically recruited to CRBN and delivers a robust and scalable workflow for identifying drug-induced protein interactions in cell lysates.
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0017076522 - 2.473967
平均 (標準偏差)0.0006128847 (±0.018030921)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47269_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_47269_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_47269_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47269_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47269_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216

全体名称: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216
要素
  • 複合体: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216
    • タンパク質・ペプチド: Protein cereblon
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione

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超分子 #1: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216

超分子名称: Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein cereblon

分子名称: Protein cereblon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.747805 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSMAGEGDQQ DAAHNMGNHL PLLPAESEEE DEMEVEDQDS KEAKKPNIIN FDTSLPTSHT YLGADMEEFH GRTLHDDDSC QVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYSN VQEREAQFGT TAEIYAYREE QDFGIEIVKV K AIGRQRFK ...文字列:
GSMAGEGDQQ DAAHNMGNHL PLLPAESEEE DEMEVEDQDS KEAKKPNIIN FDTSLPTSHT YLGADMEEFH GRTLHDDDSC QVIPVLPQV MMILIPGQTL PLQLFHPQEV SMVRNLIQKD RTFAVLAYSN VQEREAQFGT TAEIYAYREE QDFGIEIVKV K AIGRQRFK VLELRTQSDG IQQAKVQILP ECVLPSTMSA VQLESLNKCQ IFPSKPVSRE DQCSYKWWQK YQKRKFHCAN LT SWPRWLY SLYDAETLMD RIKKQLREWD ENLKDDSLPS NPIDFSYRVA ACLPIDDVLR IQLLKIGSAI QRLRCELDIM NKC TSLCCK QCQETEITTK NEIFSLSLCG PMAAYVNPHG YVHETLTVYK ACNLNLIGRP STEHSWFPGY AWTVAQCKIC ASHI GWKFT ATKKDMSPQK FWGLTRSALL PTIPDTEDEI SPDKVILCL

UniProtKB: Protein cereblon

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分子 #2: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: del 396-705 with GNGNSG linker / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.618383 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGRMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI ...文字列:
GGRMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI DVKFLYGCQA PTICFVYQDP QGRHVKTYEV SLREKEFNKG PWKQENVEAE ASMVIAVPEP FGGAIIIGQE SI TYHNGDK YLAIAPPIIK QSTIVCHNRV DPNGSRYLLG DMEGRLFMLL LEKEEQMDGT VTLKDLRVEL LGETSIAECL TYL DNGVVF VGSRLGDSQL VKLNVDSNEQ GSYVVAMETF TNLGPIVDMC VVDLERQGQG QLVTCSGAFK EGSLRIIRNG IGGN GNSGE IQKLHIRTVP LYESPRKICY QEVSQCFGVL SSRIEVQDTS GGTTALRPSA STQALSSSVS SSKLFSSSTA PHETS FGEE VEVHNLLIID QHTFEVLHAH QFLQNEYALS LVSCKLGKDP NTYFIVGTAM VYPEEAEPKQ GRIVVFQYSD GKLQTV AEK EVKGAVYSMV EFNGKLLASI NSTVRLYEWT TEKELRTECN HYNNIMALYL KTKGDFILVG DLMRSVLLLA YKPMEGN FE EIARDFNPNW MSAVEILDDD NFLGAENAFN LFVCQKDSAA TTDEERQHLQ EVGLFHLGEF VNVFCHGSLV MQNLGETS T PTQGSVLFGT VNGMIGLVTS LSESWYNLLL DMQNRLNKVI KSVGKIEHSF WRSFHTERKT EPATGFIDGD LIESFLDIS RPKMQEVVAN LQYDDGSGMK REATADDLIK VVEELTRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #3: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiestera...

分子名称: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.581094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GGRSAKDERA REILRGFKLN WMNLRDAETG KILWQGTEDL SVPGVEHEAR VPKKILKCKA VSRELNFSST EQMEKFRLEQ KVYFKGQCL EEWFFEFGFV IPNSTNTWQS LIEAAPESQM MPASVLTGNV IIETKFFDDD LLVSTSRVRL FYV

UniProtKB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]pip...

分子名称: (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1BC8
分子量理論値: 292.314 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 515636
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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