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万見
- EMDB-47123: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47123
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region
マップデータCryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region (sharpened)
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles
キーワードATP synthase Inverted membrane vesicles / TRANSLOCASE
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Courbon GM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM of native membranes reveals an intimate connection between the Krebs cycle and aerobic respiration in mycobacteria.
著者: Justin M Di Trani / Jiacheng Yu / Gautier M Courbon / Ana Paula Lobez Rodriguez / Chen-Yi Cheung / Yingke Liang / Claire E Coupland / Stephanie A Bueler / Gregory M Cook / Peter Brzezinski / ...著者: Justin M Di Trani / Jiacheng Yu / Gautier M Courbon / Ana Paula Lobez Rodriguez / Chen-Yi Cheung / Yingke Liang / Claire E Coupland / Stephanie A Bueler / Gregory M Cook / Peter Brzezinski / John L Rubinstein /
要旨: To investigate the structure of the mycobacterial oxidative phosphorylation machinery, we prepared inverted membrane vesicles from , enriched for vesicles containing complexes of interest, and imaged ...To investigate the structure of the mycobacterial oxidative phosphorylation machinery, we prepared inverted membrane vesicles from , enriched for vesicles containing complexes of interest, and imaged the vesicles with electron cryomicroscopy. We show that this analysis allows determination of the structure of both mycobacterial ATP synthase and the supercomplex of respiratory complexes III and IV in their native membrane. The latter structure reveals that the enzyme malate:quinone oxidoreductase (Mqo) physically associates with the respiratory supercomplex, an interaction that is lost on extraction of the proteins from the lipid bilayer. Mqo catalyzes an essential reaction in the Krebs cycle, and in vivo survival of mycobacterial pathogens is compromised when its activity is absent. We show with high-speed spectroscopy that the Mqo:supercomplex interaction enables rapid electron transfer from malate to the supercomplex. Further, the respiratory supercomplex is necessary for malate-driven, but not NADH-driven, electron transport chain activity and oxygen consumption. Together, these findings indicate a connection between the Krebs cycle and aerobic respiration that directs electrons along a single branch of the mycobacterial electron transport chain.
履歴
登録2024年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47123.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47123.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 220 pix.
= 395.516 Å		1.8 Å/pix.
x 220 pix.
= 395.516 Å		1.8 Å/pix.
x 220 pix.
= 395.516 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7978 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.40135446 - 0.7621006
平均 (標準偏差)0.0003190902 (±0.03986038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 395.516 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational...

ファイルemd_47123_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational...

ファイルemd_47123_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region (Half A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational...

ファイルemd_47123_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles - F1 region (Half B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in invert...

全体名称: Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles

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超分子 #1: Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in invert...

超分子名称: Mycobacterium smegmatis ATP synthase rotational state 1 in inverted membrane vesicles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3148
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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