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万見
- EMDB-47104: CryoEM Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with TCR-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47104
タイトルCryoEM Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with TCR-blocking 2A1.12 Fab
マップデータRELION multi-body refinement, body 1 full map
試料
  • 複合体: Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1.12 Fab and bulking Nanobody
    • 細胞器官・細胞要素: Human BTN2A1 ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 2 member A1
    • 細胞器官・細胞要素: Anti-BTN2A1 Fab 2A1.12
      • 細胞器官・細胞要素: Heavy chain of 2A1.12 Fab
        • タンパク質・ペプチド: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
      • 細胞器官・細胞要素: Light chain of 2A1.12 Fab
        • タンパク質・ペプチド: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
    • 細胞器官・細胞要素: Variable heavy chain domain nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Human variable heavy-chain domain Nanobody
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / Antibody / Immune Recognition / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / regulation of cytokine production / lipid metabolic process / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Ramesh A / Fuller JR / Roy S / Adams E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Mapping the extracellular molecular architecture of the pAg-signaling complex with α-Butyrophilin antibodies.
著者: Amrita Ramesh / Sobhan Roy / Tomasz Slezak / James Fuller / Hortencia Graves / Murad R Mamedov / Alexander Marson / Anthony A Kossiakoff / Erin J Adams /
要旨: Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell ...Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell receptor (TCR). An incomplete understanding of the molecular dynamics in this signaling complex hampers Vγ9Vδ2 T cell immunotherapeutic efficacy. A panel of engineered α-BTN3A1 and α-BTN2A1 antibody (mAb) reagents was used to probe the roles of BTN3A1 and BTN2A1 in pAg signaling. Modified α-BTN3A1 mAbs with increased inter-Fab distances establish that tight clustering of BTN3A1 is not necessary to stimulate Vγ9Vδ2 T cell activation, and that antagonism may occur through occlusion of a critical binding interaction between BTN3A1 and a yet unknown co-receptor. Finally, a panel of additional α-BTN2A1 antagonists utilize different biophysical mechanisms to compete with Vγ9Vδ2 TCRs for BTN2A1 binding. The complex structures of BTN2A1 ectodomain and Fabs from three antagonist mAbs provide molecular insights into BTN2A1 epitopes critical for pAg-signaling.
履歴
登録2024年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47104.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47104.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RELION multi-body refinement, body 1 full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 408.96 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 408.96 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 408.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.005612341 - 0.020239888
平均 (標準偏差)-0.000012277883 (±0.00040133198)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 408.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47104_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RELION multi-body refinement, body 1 half map 2

ファイルemd_47104_half_map_1.map
注釈RELION multi-body refinement, body 1 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: RELION multi-body refinement, body 1 half map 1

ファイルemd_47104_half_map_2.map
注釈RELION multi-body refinement, body 1 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1....

全体名称: Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1.12 Fab and bulking Nanobody
要素
  • 複合体: Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1.12 Fab and bulking Nanobody
    • 細胞器官・細胞要素: Human BTN2A1 ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 2 member A1
    • 細胞器官・細胞要素: Anti-BTN2A1 Fab 2A1.12
      • 細胞器官・細胞要素: Heavy chain of 2A1.12 Fab
        • タンパク質・ペプチド: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
      • 細胞器官・細胞要素: Light chain of 2A1.12 Fab
        • タンパク質・ペプチド: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
    • 細胞器官・細胞要素: Variable heavy chain domain nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Human variable heavy-chain domain Nanobody
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1....

超分子名称: Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1.12 Fab and bulking Nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human BTN2A1 ectodomain

超分子名称: Human BTN2A1 ectodomain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Anti-BTN2A1 Fab 2A1.12

超分子名称: Anti-BTN2A1 Fab 2A1.12 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Heavy chain of 2A1.12 Fab

超分子名称: Heavy chain of 2A1.12 Fab / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: Light chain of 2A1.12 Fab

超分子名称: Light chain of 2A1.12 Fab / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 5 / 親要素: 3 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #6: Variable heavy chain domain nanobody

超分子名称: Variable heavy chain domain nanobody / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Butyrophilin subfamily 2 member A1

分子名称: Butyrophilin subfamily 2 member A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: BTN2A1 ectodomain with N- and C-terminal linkers. N-terminal (ADLQ) and C-terminal (VSPCGSGLEVLFQ) residues are disordered and not modeled. 3 glycans are denoted as NAG.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.741371 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ADLQFIVVGP TDPILATVGE NTTLRCHLSP EKNAEDMEVR WFRSQFSPAV FVYKGGRERT EEQMEEYRGR TTFVSKDISR GSVALVIHN ITAQENGTYR CYFQEGRSYD EAILHLVVAG LGSKPLISMR GHEDGGIRLE CISRGWYPKP LTVWRDPYGG V APALKEVS ...文字列:
ADLQFIVVGP TDPILATVGE NTTLRCHLSP EKNAEDMEVR WFRSQFSPAV FVYKGGRERT EEQMEEYRGR TTFVSKDISR GSVALVIHN ITAQENGTYR CYFQEGRSYD EAILHLVVAG LGSKPLISMR GHEDGGIRLE CISRGWYPKP LTVWRDPYGG V APALKEVS MPDADGLFMV TTAVIIRDKS VRNMSCSINN TLLGQKKESV IFIPESFMPS VSPCGSGLEV LFQ

UniProtKB: Butyrophilin subfamily 2 member A1

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分子 #2: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain

分子名称: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: FSSSI) (CDR2: SIYSSSGYTY) (CDR3: IEYGRGYWDAF). N-terminal (EIS) is a linker/restriction ...詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: FSSSI) (CDR2: SIYSSSGYTY) (CDR3: IEYGRGYWDAF). N-terminal (EIS) is a linker/restriction enzyme artifact and first residue of Fab, and disordered and not modeled.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.775504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASIYSSSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARIEYGRGYW DAFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSSSSIHWV RQAPGKGLEW VASIYSSSGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARIEYGRGYW DAFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DKTHT

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分子 #3: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain

分子名称: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Light chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: VSSAV) (CDR2: IYSASSLY) (CDR3: SSSSLI). N-terminal (S) residue is a linker/restriction enzyme artifact.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.258783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: Human variable heavy-chain domain Nanobody

分子名称: Human variable heavy-chain domain Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Human variable heavy-chain domain Nanobody specific for human Fab kappa light chain with a hexahistidine tag and linker (HHHHHHGENLYFQGS). Tag and linker are disordered and not shown.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.071431 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHGENL YFQGSQVQLQ ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GRTISRYAMS WFRQAPGKER EFVAVARRSG DGAFYADSVQ GRFTVSRDD AKNTVYLQMN SLKPEDTAVY YCAIDSDTFY SGSYDYWGQG TQVTVSS

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.85 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5438 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 898426
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION 3D initial model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta2) / 使用した粒子像数: 213773
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8dfw

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: L, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: N, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-9dpe:
CryoEM Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with TCR-blocking 2A1.12 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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