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- EMDB-47102: Structure of Fab 297 in complex with influenza H1N1 A/Victoria/48... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47102
タイトルStructure of Fab 297 in complex with influenza H1N1 A/Victoria/4897/2022 neuraminidase
マップデータ
試料
  • 複合体: A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 with human Fab 297
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab 297
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab 297
キーワードInfluenza / Neuraminidase / Antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Pholcharee T / Wu NC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI165475 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Emerging Pathogens Initiative 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2025
タイトル: Identification of a seasonal influenza vaccine-induced broadly protective neuraminidase antibody.
著者: Anders Madsen / Nisreen M A Okba / Tossapol Pholcharee / Hanover C Matz / Huibin Lv / Maria Ibanez Trullen / Julian Q Zhou / Jackson S Turner / Aaron J Schmitz / Fangjie Han / Stephen C ...著者: Anders Madsen / Nisreen M A Okba / Tossapol Pholcharee / Hanover C Matz / Huibin Lv / Maria Ibanez Trullen / Julian Q Zhou / Jackson S Turner / Aaron J Schmitz / Fangjie Han / Stephen C Horvath / Sameer Kumar Malladi / Florian Krammer / Nicholas C Wu / Ali H Ellebedy /
要旨: Seasonal influenza viruses cause significant global illness and death annually, and the potential spillover of avian H5N1 poses a serious pandemic threat. Traditional influenza vaccines target the ...Seasonal influenza viruses cause significant global illness and death annually, and the potential spillover of avian H5N1 poses a serious pandemic threat. Traditional influenza vaccines target the variable hemagglutinin (HA) protein, necessitating annual vaccine updates, while the slower-evolving neuraminidase (NA) presents a promising target for broader protection. We investigated the breadth of anti-NA B cell responses to seasonal influenza vaccination in humans. We screened plasmablast-derived monoclonal antibodies (mAbs) from three donors, identifying 11 clonally distinct NA mAbs from 268 vaccine-specific mAbs. Among these, mAb-297 showed exceptionally broad NA inhibition, effectively protecting mice against lethal doses of influenza A and B viruses, including H5N1. We show that mAb-297 targets a common binding motif in the conserved NA active site. Our findings show that while B cell responses against NA following conventional, egg-derived influenza vaccines are rare, inducing broadly protective NA antibodies through such vaccination remains feasible, highlighting the importance of improving NA immunogens to develop a more broadly protective influenza vaccine.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47102.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.529 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.058
最小 - 最大-0.0018118906 - 1.7350239
平均 (標準偏差)0.0005213594 (±0.017198224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 380.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47102_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47102_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 ...

全体名称: A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 with human Fab 297
要素
  • 複合体: A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 with human Fab 297
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab 297
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab 297

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超分子 #1: A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 ...

超分子名称: A complex of neuraminidase from influenza A A/Victoria/4897/2022 with human Fab 297
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Neuraminidase was expressed recombinantly in SF9 cells. Fab 297 was expressed recombinantly in Expi293F cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/4897/2022
分子量理論値: 51.750938 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNPNQKIITI GSICMTIGTA NLILQIGNII SIWVSHSIQI GNQSQIETCD KSVITYENNT WVNQTFVNIS NTNSAARQSV ASVKLAGNS SLCPVSGWAI YSKDNSVRIG SKGDVFVIRE PFISCSPLEC RTFFLTQGAL LNDKHSNGTI KDRSPYRTLM S CPIGEVPS ...文字列:
MNPNQKIITI GSICMTIGTA NLILQIGNII SIWVSHSIQI GNQSQIETCD KSVITYENNT WVNQTFVNIS NTNSAARQSV ASVKLAGNS SLCPVSGWAI YSKDNSVRIG SKGDVFVIRE PFISCSPLEC RTFFLTQGAL LNDKHSNGTI KDRSPYRTLM S CPIGEVPS PYNSRFESVA WSASACHDGT NWLTIGISGP DSGAVAVLKY NGIITDTIKS WRNKILRTQE SECACVNGSC FT IMTDGPS DGQASYKIFR IEKGKIIKSV EMKAPNYHYE ECSCYPDSSE ITCVCRDNWH GSNRPWVSFN QNLEYQMGYI CSG VFGDNP RPNDKTGSCG PVSSNGANGV KGFSFKYGNG VWIGRTKSIS SRKGFEMIWD PNGWTETDNK FSKKQDIVGI NEWS GYSGS FVQHPELTGL NCIRPCFWVE LIRGRPEENT IWTSGSSISF CGVDSDIMGW SWPDGAELPF TIDN

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: Variable domain of the heavy chain of Fab 297

分子名称: Variable domain of the heavy chain of Fab 297 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.670041 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGDTFS SYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPFLGTTNY AQKFQGRVTI TTDESSTTAD MELSSLRSE DTAVYYCATS YSGYDRIQYY YSGMDVWGQG TTVTVSS

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分子 #3: Variable domain of the light chain of Fab 297

分子名称: Variable domain of the light chain of Fab 297 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.450699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPSS LSASVRDRVT ITCRSSQSVF TYLNWYQQKP GKAPKLLISA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTINSLQP EDFATYYCQ QSFSTPLTFG GGTKVDI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 10 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The sample was also mixed with octyl glucoside to 0.1% w/v of the detergent final concentration piror to applying on the grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was built directly into the map using automated model building algorithm ModelAngelo (DOI: 10.1038/s41586-024-07215-4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 288521
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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