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- EMDB-47099: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47099
タイトルStructure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA
    • RNA: RNA (440-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードVirus / RNA / xrRNA / Exonuclease
生物種Powassan virus (ポワッサンウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Langeberg CJ / Kieft JS / Sherlock ME / Szucs MJ / Vicens Q
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI133348 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Tick-borne flavivirus exoribonuclease-resistant RNAs contain a double loop structure.
著者: Conner J Langeberg / Matthew J Szucs / Madeline E Sherlock / Quentin Vicens / Jeffrey S Kieft /
要旨: Viruses from the Flaviviridae family contain human relevant pathogens that generate subgenomic noncoding RNAs during infection using structured exoribonuclease resistant RNAs (xrRNAs). These xrRNAs ...Viruses from the Flaviviridae family contain human relevant pathogens that generate subgenomic noncoding RNAs during infection using structured exoribonuclease resistant RNAs (xrRNAs). These xrRNAs block progression of host cell's 5' to 3' exoribonucleases. The structures of several xrRNAs from mosquito-borne and insect-specific flaviviruses reveal a conserved fold in which a ring-like motif encircles the 5' end of the xrRNA. However, the xrRNAs found in tick-borne and no known vector flaviviruses have distinct characteristics, and their 3-D fold was unsolved. Here, we verify the presence of xrRNAs in the encephalitis-causing tick-borne Powassan Virus. We characterize their secondary structure and obtain a mid-resolution map of one of these xrRNAs using cryo-EM, revealing a unique double-loop ring element. Integrating these results with covariation analysis, biochemical data, and existing high-resolution structural information yields a model in which the core of the fold matches the previously solved xrRNA fold, but the expanded double loop ring is remodeled upon encountering the exoribonuclease. These results are representative of a broad class of xrRNAs and reveal a conserved strategy of structure-based exoribonuclease resistance achieved through a unique topology across a viral family of importance to global health.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å		0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å		0.79 Å/pix.
x 512 pix.
= 403.456 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.06245186 - 0.34797153
平均 (標準偏差)0.00009042955 (±0.0070658536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 403.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47099_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47099_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA

全体名称: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA
要素
  • 複合体: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA
    • RNA: RNA (440-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA

超分子名称: Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Powassan virus (ポワッサンウイルス)
分子量理論値: 142.44 KDa

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分子 #1: RNA (440-MER)

分子名称: RNA (440-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Powassan virus (ポワッサンウイルス)
分子量理論値: 142.224047 KDa
配列文字列: UAGGGGGUGA UGUGGCAGCG CACUUGAUAU GGAUGCAGUU CACAGACUAA AUGUCGGUCG GGGAAGAUGU AUUCUUCUCA UAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAGCUAGCGG AUGAAGUGAU GCAACACUGG AGCCGCUGGG AACUAAUUUG U AUGCGAAA ...文字列:
UAGGGGGUGA UGUGGCAGCG CACUUGAUAU GGAUGCAGUU CACAGACUAA AUGUCGGUCG GGGAAGAUGU AUUCUUCUCA UAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAGCUAGCGG AUGAAGUGAU GCAACACUGG AGCCGCUGGG AACUAAUUUG U AUGCGAAA GUAUAUUGAU UAGUUUUGGA GAAAGUUAUC AGGCAUGCAC CUGGUAGCUA GUCUUUAAAC CAAUAGAUUG CA UCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAAU UGCGGGAAAG GGGUCAACAG CCGUUCAGUA CCAAGUCUCA GGGGAAACUU UGA GAUGGC CUUGCAAAGG GUAUGGUAAU AAGCUGACGG ACAUGGUCCU AACCACGCAG CCAAGUCCUA AGUCAAGUGA CGGG AAAAG GUCGUCCCCG ACGCAUCAUC CCUCUAUGCG AGACC

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 19 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1061023
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 55485
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 65000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7k16

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8tjx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 150.22
得られたモデル

PDB-9dp9:
Structure of a Tick-Borne Flavivirus xrRNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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