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- EMDB-47057: Cryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47057
タイトルCryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex
マップデータconsensus map of Tom1-E2-ubiquitin complex
試料
  • 複合体: Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin conjugating enzyme UBE2D2 and ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
キーワードtransferase / ubiquitin / ubiquitylation / ligase / transferase-ligase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / ubiquitin conjugating enzyme activity ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / protein K48-linked ubiquitination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein autoubiquitination / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Neutrophil degranulation / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Regulation of TNFR1 signaling
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Warner KM / Hunkeler M / Baek K / Roy Burman SS / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation64395403 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2514-24 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural ubiquitin contributes to K48 linkage specificity of the HECT ligase Tom1.
著者: Katrina Warner / Moritz Hunkeler / Kheewoong Baek / Anna Schmoker / Shourya S Roy Burman / Daan Overwijn / Cyrus Jin / Katherine A Donovan / Eric S Fischer /
要旨: Homologous to E6AP C terminus (HECT) ubiquitin ligases play key roles in essential pathways such as DNA repair, cell cycle control, or protein quality control. Tom1 is one of five HECT ubiquitin E3 ...Homologous to E6AP C terminus (HECT) ubiquitin ligases play key roles in essential pathways such as DNA repair, cell cycle control, or protein quality control. Tom1 is one of five HECT ubiquitin E3 ligases in budding yeast S. cerevisiae and is prototypical for a ligase with pleiotropic functions such as ubiquitin chain amplification, orphan quality control, and DNA damage response. Structures of full-length HECT ligases, including the Tom1 ortholog HUWE1, have been reported, but how domains beyond the conserved catalytic module contribute to catalysis remains largely elusive. Here, through cryoelectron microscopy (cryo-EM) snapshots of Tom1 during an active ubiquitination cycle, we demonstrate that the extended domain architecture directly contributes to activity. We identify a Tom1-ubiquitin architecture during ubiquitination involving a non-canonical ubiquitin-binding site in the solenoid shape of Tom1. We demonstrate that this ubiquitin-binding site coordinates a structural ubiquitin contributing to the fidelity of K48 poly-ubiquitin chain assembly.
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47057.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus map of Tom1-E2-ubiquitin complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.05303347 - 0.17059143
平均 (標準偏差)0.00024869142 (±0.0048825536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map of consensus

ファイルemd_47057_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map of consensus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A, consensus

ファイルemd_47057_half_map_1.map
注釈half map A, consensus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B, consensus

ファイルemd_47057_half_map_2.map
注釈half map B, consensus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin con...

全体名称: Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin conjugating enzyme UBE2D2 and ubiquitin
要素
  • 複合体: Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin conjugating enzyme UBE2D2 and ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin

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超分子 #1: Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin con...

超分子名称: Ternary complex of E3 ubiquitin ligase Tom1 with E2 ubiquitin conjugating enzyme UBE2D2 and ubiquitin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex identified by plunge-freezing Tom1 in active ubiquitylation cascade
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 444 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: StrepIItag-TEV-Tom1 fusion / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 377.4125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVLFTR CEKARKEKLA AGYKPLVDYL IDCDTPTFLE RIEAIQEWDR SRDDLYVWIP ILDRMDGLL LKVAEKYKYK QDPKKECEVK LVEMEAHDVD YCLKMLKFTR RLLLNTENRF VYSSGDVLMY LLNCPNFTIK L AVMRILAI ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVLFTR CEKARKEKLA AGYKPLVDYL IDCDTPTFLE RIEAIQEWDR SRDDLYVWIP ILDRMDGLL LKVAEKYKYK QDPKKECEVK LVEMEAHDVD YCLKMLKFTR RLLLNTENRF VYSSGDVLMY LLNCPNFTIK L AVMRILAI LGERFVIARE KIVAHNIFGD HNLRKKTLKL ALSLSSSVMD EDGEHFSLVD LYFDKKKVPQ KWRKLRFTHY TS NDFKKSS QQKNNINETQ TSIKKVTMTT QELCEHSLQQ IFDKGMALLP AESWFDFSIK ASVAKAFSDD SGENIDLRNI IIE TKLNAI AFVNTIFSPP QVSSKLFELD PYAFNSLTDL ISLSETKIPK ELRTDALFTL ECISLKHVWC SDIIRNLGGN ISHG LLFQI LRYIAKTLRE ATDEIDEEYN VRFFYLISNL ADVKPLHESL FAAGLIPTLL EIVSIRNCPY KRTLASATHL LETFI DNSE TTTEFIENDG FTMLITSVAN EIDFTLAHPE TWQPPKYSVV YYSISFRELA YIRSLLKLVL KLLSTDSGDR IRNLID SPI LVSLKKILEN KLVFGLTLIT YTLDVVQKVI NSEPTIYPVL VEAGLIPYVI DNFPKLIGPS AELLSLLPDV VSAICLN PE GLKQVKEKGL INNLFDFLLD ADHARILTGG DRSTEYGTDI DELARHYPDL KANIVEALCN VIRKMPSTFR NEREFLFT S PKDQKYFFHR KNEEILTDKE EHEPAYWELL DKGTMLDTFT SVLFGMSLGN GSFSQVPQHL EARDFLAIIF MENPPYEYF TSVAISNVTE VLQYLDEKYE DYAFMDVMKV LNDQLENLND FLNSPNDRSF FLERDGENSV RSCHSKLCRL AAILNIVTNV YIDLTTLSC KRIMQIYSYF DKRGFSLIKN LKLLFQKCAL EEMYIRQHMP DSVITETMPL PIVDVSGDGP PLQIYIDDPK K GDQKGKIT SVKTRNTLQM RTILYTLQSN TAILFRCFLR LSHSRNMDLE HKDLTTEVHI FENVVENVIE MLKATELEGH LP YILVLLN FNTFVFTIPK ASPNSTEILQ TIPAYIFYQK GGYLLYLHII RDLFTRMTKI KDLSSLDNIN YIDESNGILT LSC LINALT FYNKSMQTET MENVQSIGKY YVSIDDDYNI MKALTVPIKV MALAMILDLD KSDSLFKTQS RNVPYSVFKQ LLSM LKNIF TNVNIYTKEL YELHWDLIFP PIKKISLFEQ VGIPGDVAAN YLTDTGDDLP ADNSIGLFSP EQWEKYKKLI GEDKS IYYP QPMQAQYYKG CSSKELDELR DTFFNDGLPS RIFTVLPFYP KLVNAFAKTL LQIFTKYDEP TEVFAGRILD RILETD LDD PATLSSLIHL FGIFLNEKYI YQKASHLMQR FIEYLEKSLK PEHVNTPWFS KALYVYEIIL AKSELPHLEE LSKDVLL RY PLLSMAKVFR IPDPMKQKLF DILIRVSDIS NFYSALATSR ILIFYSRDEL YANNIARSGI LSRLLKVIGS FQKLDKIN F LESSFLLLTR RCFETTENVD ALIRAEINRS FTARPLGGGD DAVRELTTIL EEKAHVVMRS PSQFIDVLCE TARFHEFDD QGALVDYSLK RFLGEKDKNT QASSTEKSDI YERTGIMHLL LSQLMAASEK DWLSEPANSS DLPENKKAQL DPSRNPVCAY MIFLLKLLV ELVSSYNQCK FEFLTFSRRN TYAERPRPRT TAINFFLYRL LDKPVGTDHD KHEAKRREVI GMLARSVIIG F LATVQDDR TTKTDVKLAD PHMNFIRKFA IEAIIKAIRN ATSSSKLLES NHLKLDMWFR IITSMVYVQA PYLRQLLDSN KV EADQYQL CKLVIDLGLP SVITEAMASI DLNYPFSKKI FNVAVEALNT ISSTRNNFSE HFKIEDHDEV EDEVDESDKE EIP DMFKNS ALGMYDVEDI EEDDDDDTSL IGDDDAMAFV DSDNGFEVVF SDEDDDMGEE DADDARSDSE ENELSSEMQS STAD GTDVD YEVDDADGLI INIDQPSGDD EEMADYDANI SHSSHSENED DASMDVIEVY DDELSSGYDV DLSDYDVDES DWDSG LSSL SISDEDSESS EDEPINSTRM GDSRRRWLIA EGVELTDDSQ GESEEDDRGV FRGIEHIFSN ENEPLFRVHD EMRHRN HHR SINRTHFHSA MSAPSLSLLN RGRRNQSNLI NPLGPTGLEQ VENDISDQVT VAGSGSRPRS HHLHFSEVLV SGSFFDE PV LDGIILKSTV SRWKDIFDMF YDSKTYANCI IPTVINRLYK VSLALQKDLE NKREQEKLKN KNLLFNEAKV ESHNSSDA I SVEQDDIQES NVTHDDHEPV YVTIQGSEVD IGGTDIDPEF MNALPDDIRA DVFAQHVRER RAEARLNSDH NVHSREIDS DFLEAIPEDI REGILDTEAE EQRMFGRIGS SADVIRADDD VSNNDEEVEN GLDHGNSNDR NNADPEKKKP ARIYFAPLID RAGIASLMK SVFISKPYIQ REIYHELFYR LCSSKQNRND LMNTFLFILS EGIIDQHSLE KVYNIISSRA MGHAKTTTVR Q LPSDCTPL TVANQTIEIL QSLIDADSRL KYFLIAEHDN LIVNKANNKS RKEALPDKKL RWPLWHLFSL LDRKLITDES VL MDLLTRI LQVCTKTLAV LSTSSNGKEN LSKKFHLPSF DEDDLMKILS IIMLDSCTTR VFQQTLNIIY NLSKLQGCMS IFT KHLVSL AISIMSKLKS ALDGLSREVG TITTGMEINS ELLQKFTLPS SDQAKLLKIL TTVDFLYTHK RKEEERNVKD LQSL YDKMN GGPVWSSLSE CLSQFEKSQA INTSATILLP LIESLMVVCR RSDLSQNRNT AVKYEDAKLL DFSKTRVENL FFPFT DAHK KLLNQMIRSN PKLMSGPFAL LVKNPKVLDF DNKRYFFNAK LKSDNQERPK LPITVRREQV FLDSYRALFF KTNDEI KNS KLEITFKGES GVDAGGVTRE WYQVLSRQMF NPDYALFLPV PSDKTTFHPN RTSGINPEHL SFFKFIGMII GKAIRDQ CF LDCHFSREVY KNILGRPVSL KDMESLDPDY YKSLVWILEN DITDIIEETF SVETDDYGEH KVINLIEGGK DIIVTEAN K QDYVKKVVEY KLQTSVKEQM DNFLVGFYAL ISKDLITIFD EQELELLISG LPDIDVDDWK NNTTYVNYTA TCKEVSYFW RAVRSFDAEE RAKLLQFVTG TSKVPLNGFK ELSGVNGVCK FSIHRDFGSS ERLPSSHTCF NQLNLPPYES YETLRGSLLL AINEGHEGF GLA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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分子 #2: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: TEV cleavage product GST-TEV-UBE2D2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.899357 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSMALKRIHK ELNDLARDPP AQCSAGPVGD DMFHWQATIM GPNDSPYQGG VFFLTIHFPT DYPFKPPKVA FTTRIYHPNI NSNGSICLD ILRSQWSPAL TISKVLLSIC SLLCDPNPDD PLVPEIARIY KTDREKYNRI AREWTQKYAM

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

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分子 #3: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
30.0 mMHEPESHEPES
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
0.2 mMCHAPSOCHAPSO

詳細: 30 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 0.2 mM CHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 60 seconds / hold time: 10 seconds / Current: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: CHAPSO detergent added to final conc. of 0.2 mM. Sample applied twice..
詳細Sample was prepared by pre-forming Tom1:H2B complex. In tandem, UBE2D2/UBA1/ubiquitin were incubated in reaction buffer containing Mg-ATP for twenty minutes at room temperature, then buffer exchanged. The enzymatic cascade was initiated by mixing both samples and quenched by plunge freezing. Final sample concentrations were: 5 uM Tom1, 10 uM histone H2B, 0.25 uM UBA1, 44 uM UBE2D2, 75 uM ubiquitin, 0.2 mM CHAPSO.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18959 / 平均露光時間: 2.896 sec. / 平均電子線量: 56.13 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 11388836
詳細: Initial 2D classes assisted template picking in cryoSPARC Live.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Data collected from previous EM session
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 246341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 詳細: heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3280

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4v3l

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4v3l

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Phenix real-space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 89.6
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9dns:
Cryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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