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- EMDB-47035: Cryo-EM map of full-length Tom1 (S. cerevisiae), HECT focus map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47035
タイトルCryo-EM map of full-length Tom1 (S. cerevisiae), HECT focus map
マップデータconsensus, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map
試料
  • 複合体: Full length structure, S. cerevisiae Tom1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase Tom1
キーワードtransferase / ubiquitin / ubiquitylation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cell size / nucleus organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Warner KM / Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation64395403 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2514-24 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural ubiquitin contributes to K48 linkage specificity of the HECT ligase Tom1.
著者: Katrina Warner / Moritz Hunkeler / Kheewoong Baek / Anna Schmoker / Shourya S Roy Burman / Daan Overwijn / Cyrus Jin / Katherine A Donovan / Eric S Fischer /
要旨: Homologous to E6AP C terminus (HECT) ubiquitin ligases play key roles in essential pathways such as DNA repair, cell cycle control, or protein quality control. Tom1 is one of five HECT ubiquitin E3 ...Homologous to E6AP C terminus (HECT) ubiquitin ligases play key roles in essential pathways such as DNA repair, cell cycle control, or protein quality control. Tom1 is one of five HECT ubiquitin E3 ligases in budding yeast S. cerevisiae and is prototypical for a ligase with pleiotropic functions such as ubiquitin chain amplification, orphan quality control, and DNA damage response. Structures of full-length HECT ligases, including the Tom1 ortholog HUWE1, have been reported, but how domains beyond the conserved catalytic module contribute to catalysis remains largely elusive. Here, through cryoelectron microscopy (cryo-EM) snapshots of Tom1 during an active ubiquitination cycle, we demonstrate that the extended domain architecture directly contributes to activity. We identify a Tom1-ubiquitin architecture during ubiquitination involving a non-canonical ubiquitin-binding site in the solenoid shape of Tom1. We demonstrate that this ubiquitin-binding site coordinates a structural ubiquitin contributing to the fidelity of K48 poly-ubiquitin chain assembly.
履歴
登録2024年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.37915686 - 0.64909583
平均 (標準偏差)0.00030186787 (±0.009499375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47035_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_47035_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer map, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map

ファイルemd_47035_additional_1.map
注釈DeepEMhancer map, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map

ファイルemd_47035_half_map_1.map
注釈half map A, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map

ファイルemd_47035_half_map_2.map
注釈half map B, Tom1 BS3 crosslink HECT domain focus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full length structure, S. cerevisiae Tom1

全体名称: Full length structure, S. cerevisiae Tom1
要素
  • 複合体: Full length structure, S. cerevisiae Tom1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase Tom1

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超分子 #1: Full length structure, S. cerevisiae Tom1

超分子名称: Full length structure, S. cerevisiae Tom1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Tom1 closed-ring conformation, stabilized
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 376 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase Tom1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase Tom1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: StrepIItag-TEV-Tom1 fusion / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVLFTR CEKARKEKLA AGYKPLVDYL IDCDTPTFLE RIEAIQEWDR SRDDLYVWIP ILDRMDGLLL KVAEKYKYKQ DPKKECEVKL VEMEAHDVDY CLKMLKFTRR LLLNTENRFV YSSGDVLMYL LNCPNFTIKL AVMRILAILG ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVLFTR CEKARKEKLA AGYKPLVDYL IDCDTPTFLE RIEAIQEWDR SRDDLYVWIP ILDRMDGLLL KVAEKYKYKQ DPKKECEVKL VEMEAHDVDY CLKMLKFTRR LLLNTENRFV YSSGDVLMYL LNCPNFTIKL AVMRILAILG ERFVIAREKI VAHNIFGDHN LRKKTLKLAL SLSSSVMDED GEHFSLVDLY FDKKKVPQKW RKLRFTHYTS NDFKKSSQQK NNINETQTSI KKVTMTTQEL CEHSLQQIFD KGMALLPAES WFDFSIKASV AKAFSDDSGE NIDLRNIIIE TKLNAIAFVN TIFSPPQVSS KLFELDPYAF NSLTDLISLS ETKIPKELRT DALFTLECIS LKHVWCSDII RNLGGNISHG LLFQILRYIA KTLREATDEI DEEYNVRFFY LISNLADVKP LHESLFAAGL IPTLLEIVSI RNCPYKRTLA SATHLLETFI DNSETTTEFI ENDGFTMLIT SVANEIDFTL AHPETWQPPK YSVVYYSISF RELAYIRSLL KLVLKLLSTD SGDRIRNLID SPILVSLKKI LENKLVFGLT LITYTLDVVQ KVINSEPTIY PVLVEAGLIP YVIDNFPKLI GPSAELLSLL PDVVSAICLN PEGLKQVKEK GLINNLFDFL LDADHARILT GGDRSTEYGT DIDELARHYP DLKANIVEAL CNVIRKMPST FRNEREFLFT SPKDQKYFFH RKNEEILTDK EEHEPAYWEL LDKGTMLDTF TSVLFGMSLG NGSFSQVPQH LEARDFLAII FMENPPYEYF TSVAISNVTE VLQYLDEKYE DYAFMDVMKV LNDQLENLND FLNSPNDRSF FLERDGENSV RSCHSKLCRL AAILNIVTNV YIDLTTLSCK RIMQIYSYFD KRGFSLIKNL KLLFQKCALE EMYIRQHMPD SVITETMPLP IVDVSGDGPP LQIYIDDPKK GDQKGKITSV KTRNTLQMRT ILYTLQSNTA ILFRCFLRLS HSRNMDLEHK DLTTEVHIFE NVVENVIEML KATELEGHLP YILVLLNFNT FVFTIPKASP NSTEILQTIP AYIFYQKGGY LLYLHIIRDL FTRMTKIKDL SSLDNINYID ESNGILTLSC LINALTFYNK SMQTETMENV QSIGKYYVSI DDDYNIMKAL TVPIKVMALA MILDLDKSDS LFKTQSRNVP YSVFKQLLSM LKNIFTNVNI YTKELYELHW DLIFPPIKKI SLFEQVGIPG DVAANYLTDT GDDLPADNSI GLFSPEQWEK YKKLIGEDKS IYYPQPMQAQ YYKGCSSKEL DELRDTFFND GLPSRIFTVL PFYPKLVNAF AKTLLQIFTK YDEPTEVFAG RILDRILETD LDDPATLSSL IHLFGIFLNE KYIYQKASHL MQRFIEYLEK SLKPEHVNTP WFSKALYVYE IILAKSELPH LEELSKDVLL RYPLLSMAKV FRIPDPMKQK LFDILIRVSD ISNFYSALAT SRILIFYSRD ELYANNIARS GILSRLLKVI GSFQKLDKIN FLESSFLLLT RRCFETTENV DALIRAEINR SFTARPLGGG DDAVRELTTI LEEKAHVVMR SPSQFIDVLC ETARFHEFDD QGALVDYSLK RFLGEKDKNT QASSTEKSDI YERTGIMHLL LSQLMAASEK DWLSEPANSS DLPENKKAQL DPSRNPVCAY MIFLLKLLVE LVSSYNQCKF EFLTFSRRNT YAERPRPRTT AINFFLYRLL DKPVGTDHDK HEAKRREVIG MLARSVIIGF LATVQDDRTT KTDVKLADPH MNFIRKFAIE AIIKAIRNAT SSSKLLESNH LKLDMWFRII TSMVYVQAPY LRQLLDSNKV EADQYQLCKL VIDLGLPSVI TEAMASIDLN YPFSKKIFNV AVEALNTISS TRNNFSEHFK IEDHDEVEDE VDESDKEEIP DMFKNSALGM YDVEDIEEDD DDDTSLIGDD DAMAFVDSDN GFEVVFSDED DDMGEEDADD ARSDSEENEL SSEMQSSTAD GTDVDYEVDD ADGLIINIDQ PSGDDEEMAD YDANISHSSH SENEDDASMD VIEVYDDELS SGYDVDLSDY DVDESDWDSG LSSLSISDED SESSEDEPIN STRMGDSRRR WLIAEGVELT DDSQGESEED DRGVFRGIEH IFSNENEPLF RVHDEMRHRN HHRSINRTHF HSAMSAPSLS LLNRGRRNQS NLINPLGPTG LEQVENDISD QVTVAGSGSR PRSHHLHFSE VLVSGSFFDE PVLDGIILKS TVSRWKDIFD MFYDSKTYAN CIIPTVINRL YKVSLALQKD LENKREQEKL KNKNLLFNEA KVESHNSSDA ISVEQDDIQE SNVTHDDHEP VYVTIQGSEV DIGGTDIDPE FMNALPDDIR ADVFAQHVRE RRAEARLNSD HNVHSREIDS DFLEAIPEDI REGILDTEAE EQRMFGRIGS SADVIRADDD VSNNDEEVEN GLDHGNSNDR NNADPEKKKP ARIYFAPLID RAGIASLMKS VFISKPYIQR EIYHELFYRL CSSKQNRNDL MNTFLFILSE GIIDQHSLEK VYNIISSRAM GHAKTTTVRQ LPSDCTPLTV ANQTIEILQS LIDADSRLKY FLIAEHDNLI VNKANNKSRK EALPDKKLRW PLWHLFSLLD RKLITDESVL MDLLTRILQV CTKTLAVLST SSNGKENLSK KFHLPSFDED DLMKILSIIM LDSCTTRVFQ QTLNIIYNLS KLQGCMSIFT KHLVSLAISI MSKLKSALDG LSREVGTITT GMEINSELLQ KFTLPSSDQA KLLKILTTVD FLYTHKRKEE ERNVKDLQSL YDKMNGGPVW SSLSECLSQF EKSQAINTSA TILLPLIESL MVVCRRSDLS QNRNTAVKYE DAKLLDFSKT RVENLFFPFT DAHKKLLNQM IRSNPKLMSG PFALLVKNPK VLDFDNKRYF FNAKLKSDNQ ERPKLPITVR REQVFLDSYR ALFFKTNDEI KNSKLEITFK GESGVDAGGV TREWYQVLSR QMFNPDYALF LPVPSDKTTF HPNRTSGINP EHLSFFKFIG MIIGKAIRDQ CFLDCHFSRE VYKNILGRPV SLKDMESLDP DYYKSLVWIL ENDITDIIEE TFSVETDDYG EHKVINLIEG GKDIIVTEAN KQDYVKKVVE YKLQTSVKEQ MDNFLVGFYA LISKDLITIF DEQELELLIS GLPDIDVDDW KNNTTYVNYT ATCKEVSYFW RAVRSFDAEE RAKLLQFVTG TSKVPLNGFK ELSGVNGVCK FSIHRDFGSS ERLPSSHTCF NQLNLPPYES YETLRGSLLL AINEGHEGFG LA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
30.0 mMHEPESHEPES
2.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
0.3 mMCHAPSOCHAPSO

詳細: 30 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.3 mM CHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 60 seconds, hold time 10 seconds, Current 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: CHAPSO detergent added to final conc. of 0.3 mM. Sample applied twice..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11583 / 平均露光時間: 2.8 sec. / 平均電子線量: 53.687 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4216890
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 174094
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3280


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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