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万見
- EMDB-46903: Apo aplysia Slo1 - R196Q -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46903
タイトルApo aplysia Slo1 - R196Q
マップデータ
試料
  • 複合体: homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ channel
    • タンパク質・ペプチド: BK channel
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードPotassium Channel / Voltage sensor / calcium bound / open channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


large conductance calcium-activated potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Contreras GF / Shen R / Latorre R / Perozo E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM150272-02 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural Basis of Voltage-Dependent Gating in BK Channels
著者: Contreras GF / Shen R / Latorre R / Perozo E
履歴
登録2024年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.128 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.128 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.128 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.019026553 - 0.06369012
平均 (標準偏差)0.000592477 (±0.0035391608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46903_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46903_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ ...

全体名称: homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ channel
要素
  • 複合体: homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ channel
    • タンパク質・ペプチド: BK channel
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ ...

超分子名称: homotetramer large-conductance calcium- and voltage-activated K+ channel
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)

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分子 #1: BK channel

分子名称: BK channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aplysia californica (無脊椎動物)
分子量理論値: 119.684297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASSSSTSCE PGDRQWYSFL ASSLVTFGSG LVVIIIYRIV LWLCCRKKKC IQVSNPVPTA RTTSLDQKSF MKNSDPEIGW MTEAKDWAG ELISGQTTTG RILVGLVFLL SIASLIIYFI DASTNTSVET CLPWSSSTTQ QVDLAFNVFF MIYFFIRFVA A NDKLWFWV ...文字列:
MASSSSTSCE PGDRQWYSFL ASSLVTFGSG LVVIIIYRIV LWLCCRKKKC IQVSNPVPTA RTTSLDQKSF MKNSDPEIGW MTEAKDWAG ELISGQTTTG RILVGLVFLL SIASLIIYFI DASTNTSVET CLPWSSSTTQ QVDLAFNVFF MIYFFIRFVA A NDKLWFWV ELFSFVDYFT IPPSFVAIYL DRNWLGLQFL RALRLMSIPD ILTYLNVLKT STLIRLVQLV VSFVSLWLTA AG FLHLLEN SGDPFFDFGN AQHLTYWECL YFLMVTMSTV GFGDIFATTV LGRTFVVIFI MIFIGLFASF IPEIAEILGK RQK YGGSYK KERGKRHVVV CGYITFDSVS NFLKDFLHKD REDVDVEIVF LHKGLPGLEL EGLLKRHFTQ VEYFWGSVMD ANDL ERVKI QEADACLVLA NKYCQDPDQE DAANIMRVIS IKNYHSDIKV IVQLLQYHNK AYLLNIPSWD WKRGDDAVCV AELKL GFIA QSCLAPGFST LMANLFTMRS YKPTPEMSQW QTDYMRGTGM EMYTEYLSSA FNALTFPEAA ELCFSKLKLL LLAIEV RQE DTRESTLAIN PGPKVKIENA TQGFFIAESA EEVKRAFYYC KNCHANVSDV RQIKKCKCRP LAMFKKGAAA VLALQRT PG LAVEPDGEAN DKDKSRGTST SKAVTSFPEK RKPQSRRKPS TTLKSKSPSE DSVPPPPPPV DEPRKFDSTG MFHWCPDR P LNDCLQDRSQ ASASGLRNHV VVCLFADAAS PLIGLRNLVM PLRASNFHYH ELKPTIIVGN LDYLHREWKT LQNFPKLSI LPGSPLNRAN LRAVNINLCD MCVIVSAKDR NMEDPNLVDK EAILCSLNIK AMTFDDTMGL IQSSNFVPGG FSPLHENKRS QAGANVPLI TELANDSNVQ FLDQDDDDDP DTELYMTQPF ACGTAFAVSV LDSLMSTSYF NDNALTLIRT LITGGATPEL E QILAEGAG MRGGYCSPAV LANRDRCRVA QISLFDGPLA QFGQGGHYGE LFVYALRHFG ILCIGLYRFR DTNESVRSPS SK RYVITNP PEDFPLLPTD QVYVLTYK

UniProtKB: BK channel

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5tj6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 243000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9dic:
Apo aplysia Slo1 - R196Q

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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