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万見
- EMDB-46884: Q23.MD39 in Complex with Fabs from antibodies CH01 iGL and 35O22 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46884
タイトルQ23.MD39 in Complex with Fabs from antibodies CH01 iGL and 35O22
マップデータ
試料
  • 複合体: Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22
    • 複合体: Q23.MD39 Env trimer
      • タンパク質・ペプチド: Q23.MD39 Surface protein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Q23.MD39 Transmembrane protein gp41
    • 複合体: 35O22 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 35O22 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 35O22 Fab Light Chain
    • 複合体: CH01 iGL Fab
      • タンパク質・ペプチド: CH01 iGL Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: CH01 iGL Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAntibody / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Lin ZJ / Cui J / Du J / Habib R / Kulp D / Pallesen J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Deep Mining of the Human Antibody Repertoire Identifies Frequent and Genetically Diverse CDRH3 Topologies Targetable by Vaccination.
著者: Rumi Habib / Shahlo O Solieva / Zi Jie Lin / Sukanya Ghosh / Kelly Bayruns / Maya Singh / Colby J Agostino / Nicholas J Tursi / Kirsten J Sowers / Jinwei Huang / Ryan S Roark / Mansi Purwar / ...著者: Rumi Habib / Shahlo O Solieva / Zi Jie Lin / Sukanya Ghosh / Kelly Bayruns / Maya Singh / Colby J Agostino / Nicholas J Tursi / Kirsten J Sowers / Jinwei Huang / Ryan S Roark / Mansi Purwar / Younghoon Park / Kasirajan Ayyanathan / Hui Li / John W Carey / Amber Kim / Joyce Park / Madison E McCanna / Ashwin N Skelly / Neethu Chokkalingam / Sinja Kriete / Nicholas Shupin / Alana Huynh / Susanne Walker / Roopak Sadeesh / Niklas Laenger / Jianqiu Du / Jiayan Cui / Ami Patel / Amelia Escolano / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / Gregory R Bowman / Beatrice H Hahn / George M Shaw / David B Weiner / Jesper Pallesen / Daniel W Kulp
要旨: Germline targeting vaccination strategies against highly variable pathogens such as HIV aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with particular immunogenetic or structural features. The ...Germline targeting vaccination strategies against highly variable pathogens such as HIV aim to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with particular immunogenetic or structural features. The V2 apex of the HIV Env protein is a promising target for a class of bnAbs that contain conserved structural motifs in the heavy chain complementarity determining region 3 (CDRH3). Here, we show that these structural motifs are targetable by vaccination by characterizing V2 apex 'axe-like' CDRH3s in the human repertoire and developing new immunogens capable of engaging them. We determined the frequency and diversity of axe-like CDHR3s in healthy human donors using a series of structural informatics approaches, finding these precursors in nearly 90% of donors. Axe-targeting immunogens based on the HIV Env Q23.17 bound axe-like precursors in cryo-EM structures, induced V2 apex-specific antibody responses in humanized mice, and induced axe-like heterologous neutralizing antibodies in rhesus macaques infected with a germline-targeted simian-human immunodeficiency virus. These results illustrate a new structure-guided immunoinformatic vaccine design paradigm that can be employed to elicit immunogenetically diverse yet structurally conserved classes of antibodies.
SIGNIFICANCE STATEMENT: Many broadly neutralizing antibodies (bnAbs) utilize modes of epitope recognition dominated by the antibody complementarity determining region 3 (CDRH3). The CDRH3 is the most ...SIGNIFICANCE STATEMENT: Many broadly neutralizing antibodies (bnAbs) utilize modes of epitope recognition dominated by the antibody complementarity determining region 3 (CDRH3). The CDRH3 is the most diverse part of the antibody, posing a challenge for germline targeting vaccine designs that aim to elicit antibodies with particular immunogenetic features. Vaccine design strategies that accommodate CDRH3 variability are therefore needed. Many HIV Env V2 apex bnAbs share "axe-like" CDRH3 microfolds that arise from diverse immunogenetic origins. Here we determined the frequency in humans of B cells with such CDRH3 topologies and designed immunogens to engage their precursors. This work opens a path toward vaccines that engage specific structural classes of B cells, thereby advancing the rational design of immunogens for HIV and other pathogens.
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46884.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 358.36 Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 358.36 Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 358.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-1.7071767 - 3.3147972
平均 (標準偏差)0.0013025425 (±0.07918853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 358.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46884_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_46884_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22

全体名称: Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22
要素
  • 複合体: Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22
    • 複合体: Q23.MD39 Env trimer
      • タンパク質・ペプチド: Q23.MD39 Surface protein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Q23.MD39 Transmembrane protein gp41
    • 複合体: 35O22 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 35O22 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 35O22 Fab Light Chain
    • 複合体: CH01 iGL Fab
      • タンパク質・ペプチド: CH01 iGL Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: CH01 iGL Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22

超分子名称: Q23.MD39 Env trimer in Complex with CH01 iGL and 35O22
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: Q23.MD39 Env trimer

超分子名称: Q23.MD39 Env trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
超分子 #3: 35O22 Fab

超分子名称: 35O22 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: CH01 iGL Fab

超分子名称: CH01 iGL Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Q23.MD39 Surface protein gp120

分子名称: Q23.MD39 Surface protein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.753762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWRDADTT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLDNVTE KFNMWKNNMV EQMHEDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLH CTNVTSVNTT GDREGLKNCS FNMTTELRDK RQKVYSLFYR LDIVPINENQ GSEYRLINCN T SAITQACP ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWRDADTT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLDNVTE KFNMWKNNMV EQMHEDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLH CTNVTSVNTT GDREGLKNCS FNMTTELRDK RQKVYSLFYR LDIVPINENQ GSEYRLINCN T SAITQACP KVSFEPIPIH YCTPAGFAIL KCKDEGFNGT GLCKNVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EKNIIIRSEN IT NNAKIII VQLVQPVTIK CIRPNNNTVK SIRIGPGQAF YYTGDIIGDI RQAHCNVTRS RWNKTLQEVA EKLRTYFGNK TII FAQSSG GDLEITTHSF NCGGEFFYCN TSGLFNSTWY VNSTWNDTDS TQESNDTITL PCRIKQIINM WQRAGQAMYA PPIP GVIKC ESNITGLLLT RDGGKDNNVN ETFRPGGSDM RDNWRSELYK YKVVEIEPLG VAPTRCKRRV VE

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Q23.MD39 Transmembrane protein gp41

分子名称: Q23.MD39 Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.329604 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RQLLSGIVQQ QNNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSLD EIWNNMTWLQ WDKEINNYTQ LIYRLIEESQ NQQEKNEKEL LELD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: 35O22 Fab Heavy Chain

分子名称: 35O22 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.170533 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QGQLVQSGAE LKKPGASVKI SCKTSGYRFN FYHINWIRQT AGRGPEWMGW ISPYSGDKNL APAFQDRVIM TTDTEVPVTS FTSTGAAYM EIRNLKFDDT GTYFCAKGLL RDGSSTWLPY LWGQGTLLTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QGQLVQSGAE LKKPGASVKI SCKTSGYRFN FYHINWIRQT AGRGPEWMGW ISPYSGDKNL APAFQDRVIM TTDTEVPVTS FTSTGAAYM EIRNLKFDDT GTYFCAKGLL RDGSSTWLPY LWGQGTLLTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKGL EV LFQ

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分子 #4: 35O22 Fab Light Chain

分子名称: 35O22 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.318824 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQSASV SGSLGQSVTI SCTGPNSVCC SHKSISWYQW PPGRAPTLII YEDNERAPGI SPRFSGYKSY WSAYLTISDL RPEDETTYY CCSYTHNSGC VFGTGTKVSV LGQSKANPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQSASV SGSLGQSVTI SCTGPNSVCC SHKSISWYQW PPGRAPTLII YEDNERAPGI SPRFSGYKSY WSAYLTISDL RPEDETTYY CCSYTHNSGC VFGTGTKVSV LGQSKANPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #5: CH01 iGL Fab Light Chain

分子名称: CH01 iGL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.663895 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPYTF GQGTKVEIK

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分子 #6: CH01 iGL Fab Heavy Chain

分子名称: CH01 iGL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.540956 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG VVRPGGSLRL SCAASGFTFD DYGMSWVRQA PGKGLEWVSG INWNGGSTGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTALYHCARG TDYTIDDQGI HYYGSGTYWY FDLWGRGTLV TVSS

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分子 #16: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 22 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 1X PBS
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 71949
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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