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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4686 | |||||||||
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タイトル | Human U5.U4/U6 tri-snRNP, refined after focused classification on Prp28 | |||||||||
マップデータ | Human U5.U4/U6 tri-snRNP, refined after focused classification on Prp28 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Charenton C / Wilkinson ME / Nagai K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Mechanism of 5' splice site transfer for human spliceosome activation. 著者: Clément Charenton / Max E Wilkinson / Kiyoshi Nagai / 要旨: The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 ...The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 tri-snRNP to form the fully assembled precatalytic pre-B spliceosome. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human pre-B complex captured before U1 snRNP dissociation at 3.3-angstrom core resolution and the human tri-snRNP at 2.9-angstrom resolution. U1 snRNP inserts the 5'SS-U1 snRNA helix between the two RecA domains of the Prp28 DEAD-box helicase. Adenosine 5'-triphosphate-dependent closure of the Prp28 RecA domains releases the 5'SS to pair with the nearby U6 ACAGAGA-box sequence presented as a mobile loop. The structures suggest that formation of the 5'SS-ACAGAGA helix triggers remodeling of an intricate protein-RNA network to induce Brr2 helicase relocation to its loading sequence in U4 snRNA, enabling Brr2 to unwind the U4/U6 snRNA duplex to allow U6 snRNA to form the catalytic center of the spliceosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4686.map.gz | 260.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4686-v30.xml emd-4686.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4686_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4686.png | 204.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4686 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4658C 4665C 4672C 4673C 4674C 4675C 4676C 4687C 4688C 4689C 4690C 6qw6C 6qx9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10307 (タイトル: Human pre-B spliceosome and U4/U6.U5 tri-snRNP Data size: 2.3 TB Data #1: Dataset 1 of human pre-B spliceosome; motion-corrected micrographs [micrographs - single frame] Data #2: Dataset 2 of human pre-B spliceosome; motion-corrected micrographs [micrographs - single frame] Data #3: Dataset 3 of human pre-B spliceosome; motion-corrected micrographs [micrographs - single frame] Data #4: Dataset 4 of human pre-B spliceosome; motion-corrected micrographs [micrographs - single frame] Data #5: Dataset 5 of human pre-B spliceosome; motion-corrected micrographs [micrographs - single frame] Data #6: Selected U4/U6.U5 tri-snRNP particles after Bayesian polishing [picked particles - single frame - processed] Data #7: Crude shifted preB particles [picked particles - single frame - unprocessed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human U5.U4/U6 tri-snRNP, refined after focused classification on Prp28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.022 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human U4/U6.U5 tri-snRNP
全体 | 名称: Human U4/U6.U5 tri-snRNP |
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要素 |
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-超分子 #1: Human U4/U6.U5 tri-snRNP
超分子 | 名称: Human U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.3 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Wait 30s, blot for 2s to 3s.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |