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万見
- EMDB-46832: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46832
タイトルPolyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA
マップデータNegative stain global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from Cynomolgus Macaque R996 at week 12
試料
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA
キーワードinfluenza / hemagglutinin / H1 / polyclonal / complex / Fab complex / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Han J / Rodriguez AJ / Ferguson JA / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Functional, Immunogenetic, and Structural Convergence in Influenza Immunity between Humans and Macaques.
著者: Maya Sangesland / Ning Li / Yaroslav Tsybovsky / Megan D Rodgers / Julianna Han / Alesandra J Rodriguez / James A Ferguson / Amy R Henry / Sarah C Smith / Jesmine Roberts-Torres / Rebecca A ...著者: Maya Sangesland / Ning Li / Yaroslav Tsybovsky / Megan D Rodgers / Julianna Han / Alesandra J Rodriguez / James A Ferguson / Amy R Henry / Sarah C Smith / Jesmine Roberts-Torres / Rebecca A Gillespie / Cuiping Liu / Jonah S Merriam / Tyler Stephens / Connor Williams / Emma Maestle / Martin Corcoran / Michelle Ravichandran / Adrian Creanga / Sarah F Andrews / Theodore C Pierson / Gunilla B Karlsson Hedestam / Chaim A Schramm / Douglas S Reed / Daniel C Douek / Tongqing Zhou / Andrew B Ward / Masaru Kanekiyo
要旨: Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside ...Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside humans. Here, we show that macaques vaccinated with a HA stem immunogen elicit human-like public B cell lineages targeting two major conserved sites of vulnerability, the central stem and anchor epitopes. Central stem antibodies were predominantly derived from V 1-138, the macaque homolog of human V 1-69, a V -gene preferentially used in human central stem broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Similarly, macaques produced anchor bnAbs with the human-like NWP motif. Both bnAb lineages were functionally and structurally analogous to their human counterparts, with recognition mediated largely by germline-encoded motifs. Thus the macaque immunoglobulin repertoire supports human-like public bnAb responses to influenza HA. Moreover, this underscores the utility of homologous germline-encoded immunity, suggesting that immune repertoires of macaques and humans may have been similarly shaped during evolution.
HIGHLIGHTS: Functional human-like public antibody lineages can be elicited to HA stem supersites in macaques. Macaque central stem bnAbs are predominantly derived from V 1-138, a V -gene homologous ...HIGHLIGHTS: Functional human-like public antibody lineages can be elicited to HA stem supersites in macaques. Macaque central stem bnAbs are predominantly derived from V 1-138, a V -gene homologous to human V 1-69. The human-like CDR L3 NWP anchor epitope-targeting lineage can be elicited in macaques.Central stem and anchor bnAbs from humans and macaques engage their respective epitopes with atomic level similarity.
履歴
登録2024年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from Cynomolgus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 208 pix.
= 428.48 Å		2.06 Å/pix.
x 208 pix.
= 428.48 Å		2.06 Å/pix.
x 208 pix.
= 428.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0186
最小 - 最大-0.028067697 - 0.083034426
平均 (標準偏差)0.000085103864 (±0.0031584203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 428.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_46832_additional_1.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA low stem epitope from Rhesus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_46832_additional_2.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA central stem 2 epitope from Rhesus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_46832_additional_3.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA central stem 1 epitope from Rhesus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map A for global refinement...

ファイルemd_46832_half_map_1.map
注釈Negative stain half map A for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from Cynomolgus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map B for global refinement...

ファイルemd_46832_half_map_2.map
注釈Negative stain half map B for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA from Cynomolgus Macaque R996 at week 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at ...

全体名称: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA
要素
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA

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超分子 #1: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at ...

超分子名称: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 280 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 20847
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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