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- EMDB-46797: Mycobacterium tuberculosis UvrD1: DNA-bound dimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46797
タイトルMycobacterium tuberculosis UvrD1: DNA-bound dimer.
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase UvrD1
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
キーワードDNA Helicase / DNA Translocase / ATPase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of strand invasion / DNA helicase complex / UV protection / recombinational repair / dATP binding / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / peptidoglycan-based cell wall / double-strand break repair ...negative regulation of strand invasion / DNA helicase complex / UV protection / recombinational repair / dATP binding / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / peptidoglycan-based cell wall / double-strand break repair / DNA replication / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase PcrA / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase UvrD1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Chadda A / Galburt EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM144282 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis for dimerization and activation of UvrD-family helicases.
著者: Ankita Chadda / Binh Nguyen / Timothy M Lohman / Eric A Galburt /
要旨: UvrD-family helicases are superfamily 1A motor proteins that function during DNA replication, recombination, repair, and transcription. UvrD family monomers translocate along single-stranded (ss) DNA ...UvrD-family helicases are superfamily 1A motor proteins that function during DNA replication, recombination, repair, and transcription. UvrD family monomers translocate along single-stranded (ss) DNA but need to be activated by dimerization to unwind DNA in the absence of force or accessory factors. However, prior structural studies have only revealed monomeric complexes. Here, we report the first structures of a dimeric UvrD-family helicase, UvrD1, both free and bound to a DNA junction. In each structure, the dimer interface occurs between the 2B subdomains of each subunit. The apo UvrD1 dimer is observed in symmetric compact and extended forms indicating substantial flexibility. This symmetry is broken in the DNA-bound dimer complex with leading and trailing subunits adopting distinct conformations. Biochemical experiments reveal that the UvrD dimer shares the same 2B-2B interface. In contrast to the dimeric structures, an inactive, autoinhibited UvrD1 DNA-bound monomer structure reveals 2B subdomain-DNA contacts that are likely inhibitory. The major reorientation of the 2B subdomains that occurs upon UvrD1 dimerization prevents these duplex DNA interactions, thus relieving the autoinhibition. These structures reveal that the 2B subdomain serves a major regulatory role rather than participating directly in DNA unwinding.
履歴
登録2024年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 324.8 Å		1.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 324.8 Å		1.62 Å/pix.
x 200 pix.
= 324.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.624 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.1055188 - 5.132851
平均 (標準偏差)-0.0008602379 (±0.0807419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 324.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_46797_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_46797_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_46797_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction

全体名称: UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction
要素
  • 複合体: UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase UvrD1
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*C)-3')

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超分子 #1: UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction

超分子名称: UvrD1 dimer bound to dsDNA-ssDNA junction / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: ATP-dependent DNA helicase UvrD1

分子名称: ATP-dependent DNA helicase UvrD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA 3'-5' helicase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 85.154898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSVHATDAKP PGPSPADQLL DGLNPQQRQA VVHEGSPLLI VAGAGSGKTA VLTRRIAYLM AARGVGVGQI LAITFTNKAA AEMRERVVG LVGEKARYMW VSTFHSTCVR ILRNQAALIE GLNSNFSIYD ADDSRRLLQM VGRDLGLDIK RYSPRLLANA I SNLKNELI ...文字列:
MSVHATDAKP PGPSPADQLL DGLNPQQRQA VVHEGSPLLI VAGAGSGKTA VLTRRIAYLM AARGVGVGQI LAITFTNKAA AEMRERVVG LVGEKARYMW VSTFHSTCVR ILRNQAALIE GLNSNFSIYD ADDSRRLLQM VGRDLGLDIK RYSPRLLANA I SNLKNELI DPHQALAGLT EDSDDLARAV ASVYDEYQRR LRAANALDFD DLIGETVAVL QAFPQIAQYY RRRFRHVLVD EY QDTNHAQ YVLVRELVGR DSNDGIPPGE LCVVGDADQS IYAFRGATIR NIEDFERDYP DTRTILLEQN YRSTQNILSA ANS VIARNA GRREKRLWTD AGAGELIVGY VADNEHDEAR FVAEEIDALA EGSEITYNDV AVFYRTNNSS RSLEEVLIRA GIPY KVVGG VRFYERKEIR DIVAYLRVLD NPGDAVSLRR ILNTPRRGIG DRAEACVAVY AENTGVGFGD ALVAAAQGKV PMLNT RAEK AIAGFVEMFD ELRGRLDDDL GELVEAVLER TGYRRELEAS TDPQELARLD NLNELVSVAH EFSTDRENAA ALGPDD EDV PDTGVLADFL ERVSLVADAD EIPEHGAGVV TLMTLHTAKG LEFPVVFVTG WEDGMFPHMR ALDNPTELSE ERRLAYV GI TRARQRLYVS RAIVRSSWGQ PMLNPESRFL REIPQELIDW RRTAPKPSFS APVSGAGRFG SARPSPTRSG ASRRPLLV L QVGDRVTHDK YGLGRVEEVS GVGESAMSLI DFGSSGRVKL MHNHAPVTKL

UniProtKB: ATP-dependent DNA helicase UvrD1

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分子 #2: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.69747 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 5.422508 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.38 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
ソフトウェア名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 49.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 634557
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 79864
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 200 / 平均メンバー数/クラス: 3500
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

a5a4


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9des:
Mycobacterium tuberculosis UvrD1: DNA-bound dimer.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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