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- EMDB-46691: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nat... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46691
タイトルMerbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
    • タンパク質・ペプチド: ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein receptor binding domain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードMerbecovirus / Spike glycoprotein / fusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / inhibitor / VIRAL PROTEIN
生物種Merbecovirus (ウイルス) / Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Multiple independent acquisitions of ACE2 usage in MERS-related coronaviruses.
著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun ...著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun / Yuan-Mei Chen / Xiao Yu / Jun-Yu Si / Peng Liu / Fei Tong / Mei-Ling Huang / Jing Li / Zheng-Li Shi / Zengqin Deng / David Veesler / Huan Yan /
要旨: The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition ...The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition events remains elusive. Here, we report that two bat MERS-related coronaviruses (MERSr-CoVs) infecting Pipistrellus nathusii (P.nat)-MOW15-22 and PnNL2018B-use ACE2 as their receptor, with narrow ortholog specificity. Cryoelectron microscopy structures of the MOW15-22/PnNL2018B RBD-ACE2 complexes unveil an unexpected and entirely distinct binding mode, mapping >45 Å away from that of any other known ACE2-using coronaviruses. Functional profiling of ACE2 orthologs from 105 mammalian species led to the identification of host tropism determinants, including an ACE2 N432-glycosylation restricting viral recognition, and the design of a soluble P.nat ACE2 mutant with potent viral neutralizing activity. Our findings reveal convergent acquisition of ACE2 usage for merbecoviruses found in European bats, underscoring the extraordinary diversity of ACE2 recognition modes among coronaviruses and the promiscuity of this receptor.
履歴
登録2024年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_46691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0011 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.7472872 - 3.3089924
平均 (標準偏差)0.0006914455 (±0.047204092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_46691_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46691_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46691_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nat...

全体名称: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
要素
  • 複合体: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
    • タンパク質・ペプチド: ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein receptor binding domain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nat...

超分子名称: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Merbecovirus (ウイルス)

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分子 #1: ACE2

分子名称: ACE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-terminal tag: MGGEGLRASPRRRPLLPLQPRGCPRGDGCLRGGRGRAGFGFWRVTGGSRASANHVHAFFFFLQLLGNVLVIVLSHHFGKEFATMPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLA C-terminal tag: ...詳細: N-terminal tag: MGGEGLRASPRRRPLLPLQPRGCPRGDGCLRGGRGRAGFGFWRVTGGSRASANHVHAFFFFLQLLGNVLVIVLSHHFGKEFATMPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLA C-terminal tag: PTLGPPYQPPVTGTGGGSWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGGGGSDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKL
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)
分子量理論値: 102.102375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSRA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV IVLSHHFGKE FATMPMGSL QPLATLYLLG MLVASVLAQS LTTEEKAREF LDKFNSEAEN WSHESALASW DYNTNINDKN AQKMNEADSK W SAFYKEHS ...文字列:
MGGEGLRASP RRRPLLPLQP RGCPRGDGCL RGGRGRAGFG FWRVTGGSRA SANHVHAFFF FLQLLGNVLV IVLSHHFGKE FATMPMGSL QPLATLYLLG MLVASVLAQS LTTEEKAREF LDKFNSEAEN WSHESALASW DYNTNINDKN AQKMNEADSK W SAFYKEHS KLAQGFPLQE IQNSTIKLQL QILQQNGSSV LTAEKSKRLS TILTTMSTIY STGKVCNPNN PQQCFTLSGL ED IMEKSKD YHQRLWIWEG WRSEVGKQLR PLYEEYVALK NEMARGNNYK DYGDYWRGDY ETEGGDGYNY SRNHLIEDVD RIF LEIKPL YEQLHAYVRA KLMNAYPSRI SPTGCLPAHL LGDMWGRFWT NLYNLTVPFE KKQNIDVTDT MKKQSWDAEK IFKE AEKFY LSVGLHNMTP EFWNNSMLTE PSDGRQVVCH PTAWDLGKND FRIKMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AKQPY LLRN GANEGFHEAV GEIMSLSAAT PKHLKDLGLL AQNYPEDYET EINFLLKQAL NIVGTLPFTY MLEKWRWMVF EGKIPK EQW MEKWWEMKRE IVGVVEPLPH DETYCDPASL FHVANDYSFI RYFTRTILEF QFQEALCQIA NHTGPLHKCD ISNSTEA GK QLKNMLELGK SKPWTFALEQ IARTKEMDAK PLLNYFKPLF SWLKELNGNS VGWSADWSPY SEQSIKVRIS LKSALGEK A YEWNDNEMYL FRSSVAYAMR VYFLKVKNET IPFRAEDVWV SDEKIRVSFK FFVTSPTNVS DIIPRSEVED AIRMSRGRI NDAFRLDDKT LEFLGIQPTL GPPYQPPVTG TGGGSWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGGGGSDY KDHDGDYKDH DIDYKDDDD KL

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分子 #2: Spike glycoprotein receptor binding domain

分子名称: Spike glycoprotein receptor binding domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: N-terminal tag: MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGT C-terminal tag: LVPRGSSSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGGSHHHHHHHH
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Merbecovirus (ウイルス) / 株: PnNL2018B
分子量理論値: 34.357488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTYSVSSFEA RPQGSFVESV YEGNECDFTK LFRGPVPQPY EFGRLVFTNC NYNFTKLLS YFQVDAFECK KVTPESIATG CYSSLTVDWF AYRVADKSDL LPGSSSDLQR FNYKPTYAHP TCLISAYTDL S ALGGSNPT ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTYSVSSFEA RPQGSFVESV YEGNECDFTK LFRGPVPQPY EFGRLVFTNC NYNFTKLLS YFQVDAFECK KVTPESIATG CYSSLTVDWF AYRVADKSDL LPGSSSDLQR FNYKPTYAHP TCLISAYTDL S ALGGSNPT NYTLLTNCYG CVGQPPKRTC LEEFPSFVEA GYRPKPSCAR IGMQGHASGN ETYTAVVTNN ELDSVGDPIW RM GVAQTKE PSVTDKAELA FFVSVQIDSQ SSSVCPLGSP KLVPRGSSSG GSGLNDIFEA QKIEWHEGGS HHHHHHHH

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 144 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1555546
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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