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万見
- EMDB-46581: Apo ACE full dimer 3 prepared by chameleon -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46581
タイトルApo ACE full dimer 3 prepared by chameleon
マップデータ
試料
  • 複合体: Angiotensin I converting enzyme homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhomodimer / zinc metalloprotease / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / negative regulation of calcium ion import / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / cellular response to aldosterone / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of D-glucose import / vasoconstriction / regulation of smooth muscle cell migration / neutrophil mediated immunity / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / hormone metabolic process / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of neurogenesis / arachidonate secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / heterocyclic compound binding / peptide catabolic process / lung alveolus development / heart contraction / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of systemic arterial blood pressure / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / hematopoietic stem cell differentiation / regulation of vasoconstriction / animal organ regeneration / peptidyl-dipeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / basal plasma membrane / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / brush border membrane / response to nutrient levels / cellular response to glucose stimulus / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / male gonad development / metallopeptidase activity / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / lysosome / calmodulin binding / endosome / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Mancl JM / Tang WJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Dimerization and dynamics of angiotensin-I converting enzyme revealed by cryoEM and MD simulations
著者: Mancl JM / Wu X / Zhao M / Tang WJ
履歴
登録2024年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.4721217 - 0.6428531
平均 (標準偏差)0.00037100905 (±0.015645374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46581_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46581_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Angiotensin I converting enzyme homodimer

全体名称: Angiotensin I converting enzyme homodimer
要素
  • 複合体: Angiotensin I converting enzyme homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Angiotensin I converting enzyme homodimer

超分子名称: Angiotensin I converting enzyme homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidyl-dipeptidase A
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 142.804797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGAASGRRGP GLLLPLPLLL LLPPQPALAL DPGLQPGNFS ADEAGAQLFA QSYNSSAEQV LFQSVAASWA HDTNITAENA RRQEEAALL SQEFAEAWGQ KAKELYEPIW QNFTDPQLRR IIGAVRTLGS ANLPLAKRQQ YNALLSNMSR IYSTAKVCLP N KTATCWSL ...文字列:
MGAASGRRGP GLLLPLPLLL LLPPQPALAL DPGLQPGNFS ADEAGAQLFA QSYNSSAEQV LFQSVAASWA HDTNITAENA RRQEEAALL SQEFAEAWGQ KAKELYEPIW QNFTDPQLRR IIGAVRTLGS ANLPLAKRQQ YNALLSNMSR IYSTAKVCLP N KTATCWSL DPDLTNILAS SRSYAMLLFA WEGWHNAAGI PLKPLYEDFT ALSNEAYKQD GFTDTGAYWR SWYNSPTFED DL EHLYQQL EPLYLNLHAF VRRALHRRYG DRYINLRGPI PAHLLGDMWA QSWENIYDMV VPFPDKPNLD VTSTMLQQGW NAT HMFRVA EEFFTSLELS PMPPEFWEGS MLEKPADGRE VVCHASAWDF YNRKDFRIKQ CTRVTMDQLS TVHHEMGHIQ YYLQ YKDLP VSLRRGANPG FHEAIGDVLA LSVSTPEHLH KIGLLDRVTN DTESDINYLL KMALEKIAFL PFGYLVDQWR WGVFS GRTP PSRYNFDWWY LRTKYQGICP PVTRNETHFD AGAKFHVPNV TPYIRYFVSF VLQFQFHEAL CKEAGYEGPL HQCDIY RST KAGAKLRKVL QAGSSRPWQE VLKDMVGLDA LDAQPLLKYF QPVTQWLQEQ NQQNGEVLGW PEYQWHPPLP DNYPEGI DL VTDEAEASKF VEEYDRTSQV VWNEYAEANW NYNTNITTET SKILLQKNMQ IANHTLKYGT QARKFDVNQL QNTTIKRI I KKVQDLERAA LPAQELEEYN KILLDMETTY SVATVCHPNG SCLQLEPDLT NVMATSRKYE DLLWAWEGWR DKAGRAILQ FYPKYVELIN QAARLNGYVD AGDSWRSMYE TPSLEQDLER LFQELQPLYL NLHAYVRRAL HRHYGAQHIN LEGPIPAHLL GNMWAQTWS NIYDLVVPFP SAPSMDTTEA MLKQGWTPRR MFKEADDFFT SLGLLPVPPE FWNKSMLEKP TDGREVVCHA S AWDFYNGK DFRIKQCTTV NLEDLVVAHH EMGHIQYFMQ YKDLPVALRE GANPGFHEAI GDVLALSVST PKHLHSLNLL SS EGGSDEH DINFLMKMAL DKIAFIPFSY LVDQWRWRVF DGSITKENYN QEWWSLRLKY QGLCPPVPRT QGDFDPGAKF HIP SSVPYI RYFVSFIIQF QFHEALCQAA GHTGPLHKCD IYQSKEAGQR LATAMKLGFS RPWPEAMQLI TGQPNMSASA MLSY FKPLL DWLRTENELH GEKLGWPQYN WTPNSARSEG HHHHHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Grids prepared at NCCAT using Chameleon.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.82 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48375
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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