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- EMDB-46569: Structure of HKU5-20s spike glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46569
タイトルStructure of HKU5-20s spike glycoprotein
マップデータ
試料
  • 複合体: HKU5-20s Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMerbecovirus / HKU5 / HKU5-20s / Spike / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu Z / Fan C / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-034638 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI165075 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: ACE2 from Pipistrellus abramus bats is a receptor for HKU5 coronaviruses.
著者: Nicholas J Catanzaro / Ziyan Wu / Chengcheng Fan / Victoria Jefferson / Anfal Abdelgadir / Alexandra Schäfer / Boyd L Yount / Pamela J Bjorkman / Ralph Baric / Michael Letko /
要旨: The merbecovirus subgenus of coronaviruses includes Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), a zoonotic pathogen transmitted from dromedary camels to humans that causes severe ...The merbecovirus subgenus of coronaviruses includes Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), a zoonotic pathogen transmitted from dromedary camels to humans that causes severe respiratory disease. Viral discovery efforts uncover hundreds of merbecoviruses in different species across multiple continents, but few are studied under laboratory conditions, leaving basic questions regarding their human threat potential unresolved. Viral entry into host cells is a critical step for transmission between hosts. Here, we develop and apply a scalable approach to assesses novel merbecovirus cell entry across the entire merbecovirus subgenus. Merbecoviruses are sorted into clades based on the receptor-binding domain of the spike glycoprotein. Receptor tropism is clade-specific, with the clade including MERS-CoV using DPP4 and multiple clades using ACE2, including HKU5 bat coronaviruses. Mutational analysis identifies possible structural limitations to HKU5 adaptability and a cryo-EM structure of the HKU5-20s spike trimer reveals only 'down' RBDs.
履歴
登録2024年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 312.84 Å		0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 312.84 Å		0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 312.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.869 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0649
最小 - 最大-0.1788785 - 0.4850626
平均 (標準偏差)-0.000008524979 (±0.017625201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 312.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_46569_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46569_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46569_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HKU5-20s Spike glycoprotein

全体名称: HKU5-20s Spike glycoprotein
要素
  • 複合体: HKU5-20s Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HKU5-20s Spike glycoprotein

超分子名称: HKU5-20s Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
分子量理論値: 148.600734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VDMGTTGSGN CIESQVAPDF FETARNIWPL PIDTSKAEGV IYPNGKSYSN ISLTYTGLYP KANDLGKQYI FSDGHSSPGT LSRLFVSNY SRQVETFDDG FIVRIGAASN KTGTTVISQS TNRPIKKIYP AFMLGHSVGN YTPTNITGRY LNHTLVILPD G CGTLVHAF ...文字列:
VDMGTTGSGN CIESQVAPDF FETARNIWPL PIDTSKAEGV IYPNGKSYSN ISLTYTGLYP KANDLGKQYI FSDGHSSPGT LSRLFVSNY SRQVETFDDG FIVRIGAASN KTGTTVISQS TNRPIKKIYP AFMLGHSVGN YTPTNITGRY LNHTLVILPD G CGTLVHAF YCILQPRTQA YCAGASTFTS VTVWDTPASD CANSQSYNQL ANLNAFKLYF DLINCTFRYN YTITEDENAE WF GITQDTQ GVHLYSSRKE NVFRNNMFHF ATLPVYQKIL YYTVIPRSIR SPFNDRKAWA AFYIYKLHPL TYLLNFDVEG YIT KAVDCG YDDFAQLQCS YENFDVETGV YSVSSFEASP RGEFIEQSVT KECDFSPMLT GTPPPIYDFK RLVFTNCNYN LTKL LSLFQ VSEFSCHQVS PSSLATGCYS SLTVDYFAYS TDMSSYLQPG SAGEIVQFNY KQDFSNPTCR VLATVPTNLT TITKP SNYV HLTECYISTA YGKNYLFNAP GGYTPCLSLA SSGFSRDRQS HSQELPDGSF LTTTGSVYSV GSNLQMAFII SVQYGT DTN SVCPMQALRN DTSIEDKLDV CVEYSLHGIT GRGVFHNCTS VGLRNQRFVY DTFDNLVGYH SHNGNYYCVR PCVSVPV SV IYDKVSNSHA TLFGSVACSH VTTMMSQFSR MTKTNLLART TPGPLQTTVG CAMGFINSSM VVDECQLPLG QSLCAIPP T ISTASVGATS GVSDVFQIAT LNFTSPLTLA PINSTGFVVA VPTNFTFGVT QEFIETTIQK ITVDCKQYVC NGFKKCEDL LKEYGQFCSK INQALHGANL RQDESIANLF SSIKTQNTQP LQAGLNGDFN LTMLQIPQVT TGERKYRSAI EDLLFNKVTI ADPGYMQGY DECMQQGPQS ARDLICAQYV AGYKVLPPLY DPYMEAAYTS SLLGSIAGAS WTAGLSSFAA IPFAQSIFYR L NGVGITQQ VLSENQKIIA NKFNQALGAM QTGFTTTNLA FNKVQDAVNA NAMALSKLAA ELSNTFGAIS SSISDILARL DP PEQEAQI DRLINGRLTS LNAFVAQQLV RTEAAARSAQ LAQDKVNECV KSQSKRNGFC GTGTHIVSFA INAPNGLYFF HVG YQPTSH VNATAAYGLC NTENPPKCIA PIDGYFVLNQ TISTVANSDQ QWYYTGSSFF HPEPITEANS KYVSMDVKFE NLTN KLPPP LLSNSTDLDF KEELEEFFKN VSSQGPNFQE ISKINTTLLN LNTELMVLSE VVKQLNESYI DLKELGNYTF YQKGS GREN LYFQGGGGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGHHH HHHHHGLNDI FEAQKIEWHE

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
0.05 mol/LTris
0.15 mol/Lsodium chlorideNaCl
0.02 %NaN3NaN3
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細HKU5-20s Spike mix with paACE2-Fc (1:3 molar ratio)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 2478 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 532998
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6nb3

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 270453
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nb3


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.8)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9d4t:
Structure of HKU5-20s spike glycoprotein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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