EMDB-46519: Consensus map of Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46519

タイトル

Consensus map of Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR

マップデータ

Consensus map of Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR

試料

複合体: tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR

キーワード

N-methyl-D-aspartate receptor / (S)-DQP-997-74 / GluN2B / GluN2D / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å

データ登録者

Hyunook K / Hiro F

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	MH085926	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS111745	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of ligand-gating, allosteric modulation, and channel blockade in human GluN1a-2B-2D tri-heteromeric NMDA receptor
著者: Hyunook K / Max E / Tue GB / Riley EP / Noriko S / Stephen FT / Hiro F

履歴

登録	2024年8月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月20日	-
マップ公開	2025年8月20日	-
更新	2025年8月20日	-
現状	2025年8月20日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46519.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46519.map.gz	230.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46519-v30.xml emd-46519.xml	16.8 KB 16.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46519_fsc.xml	13.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46519.png	61.1 KB
Filedesc metadata	emd-46519.cif.gz	4.4 KB
その他	emd_46519_half_map_1.map.gz emd_46519_half_map_2.map.gz	226.7 MB 226.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46519	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46519_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46519_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_46519_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_46519_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46519	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46509C 46510C 46511C 46513C 46514C 46515C 46516C 46517C 46518C 46520C 46521C 46522C 46523C 46524C 9d3b C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Consensus map of Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.86 Å/pix. x 400 pix. = 344.4 Å	0.86 Å/pix. x 400 pix. = 344.4 Å	0.86 Å/pix. x 400 pix. = 344.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.861 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.25
最小 - 最大	-1.3764774 - 2.1479375
平均 (標準偏差)	0.0015383731 (±0.04216022)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_46519_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_46519_half_map_2.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR

全体	名称: tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR
要素	複合体: tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR

-
超分子 #1: tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR

超分子	名称: tri-heteromeric GluN1-2B-2D NMDAR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 377 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	2 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 14 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 1317548
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 100870
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル

PDB ID	Chain
7saa	chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
7saa	chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
7saa	chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
8e96	chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

精密化

空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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